Cadnano
cadnano simplifies and enhances the process of designing three-dimensional DNA origami nanostructures. Through its user-friendly 2D and 3D interfaces it accelerates the creation of arbitrary designs. The embedded rules within cadnano paired with the finite element analysis performed by cando, provide relative certainty of the stability of the structures. cadnano features: Platform independent (tes
DNAに人工塩基対を組み入れる | Chem-Station (ケムステ)
地球上の生命体が遺伝物質としてDNAを使っていること、またその遺伝情報はアデニン(A)、チミン(T)、グアニン(G)、シトシン(C)という僅か4種類の塩基でコードされることは、よく知られた事実です。 このシンプルな遺伝暗号が生み出す20種類のアミノ酸配列（タンパク質）が多種多様な生物機能を担っているわけで、生命の神秘には感動を覚えるほかありません。 しかし現代の化学者は飽くなき野望から、その神秘すら制御しようと考えています。 DNA/RNAに人工塩基対を組み込むアプローチはその一つです。 核酸機能の人工的拡張を目指して 人工塩基対（ここではATCGとは全く骨格の異なるものを指します）の開発研究は、生化学者Alexander Richが1962年に提唱した以下の仮説に端を発しています。 「DNAの塩基の種類を増やすことができれば、DNAの情報や機能を拡張できるはずだ」 仮に第５と第６の人工塩
ゲーマーの力添えでRNAの高次構造を作る新たなアルゴリズムが誕生した - アレ待チろまん
2014-02-04 ゲーマーの力添えでRNAの高次構造を作る新たなアルゴリズムが誕生した 科学 人間の柔軟な思考と大規模なデータ解析とを融合させると、単にコンピューターだけを使うよりも素晴らしい成果が出せると考えられています。これを研究に適用したのが市民参加型の科学プロジェクトです。これまでに以下のような科学ゲームが研究者によって作られてきました。 タンパク質構造予測ゲーム『fold it』 銀河系ゲーム『Galaxy Zoo』 神経細胞塗り絵ゲーム『EyeWire』 最新のPNAS誌には「科学ゲームのデータから効率よくRNAを設計するアルゴリズムを生み出した」と言う論文が発表されました。 RNA design rules from a massive open laboratory (PNAS, 2014) 研究グループはなぜRNAを折り畳むゲームをわざわざ開発したのでしょうか？またそ
Pursuing Big Oceans : さらに、これからのduonの話をしよう - livedoor Blog（ブログ）
実は少しばかり忙しいのだけど、Twitterに「書こうかなー」とか書いちゃったし、ざっと書いてみよう。つい数日前のことだけど、「新たな遺伝コードを発見、遺伝子制御に関与か」というニュースが話題になった（参考）。元の論文はこれ（参考）。 このニュースもメディアにありがちなキャッチーなタイトルを付けて、読者の気を引くという手法が悪く作用してしまった例だ。しかも、事の発端が大学のプレスリリースだけにひょっとしたら研究者本人の意図もあるかもしれない・・・というのが情けない（参考）。 一部で紛糾（参考）していたように、タンパク質のコード領域が転写因子の結合領域としても機能するduonの報告は以前からあった（参考）。duon自体は新しい知見ではない。というか、研究者自身もそのことは理解しているようで、今回Scienceに出た論文でも関連論文（ぱんつさんがググって見つけていたのもあった）が5報も引用され
OpenPCR - the $499 Open Source PCR Machine / Thermal Cycler
PCR Reactions� that Work Eliminate failed reactions and inconsistent results� caused by poor thermal control on older equipment. �OpenPCR delivers temperatures within +/- 0.5 C of the target LEARN MORE A Thermocycler �for Anywhere Whether you are a small lab on a budget or looking �to do PCR in the field, the low cost and small size of �OpenPCR makes PCR accessible to anyone. LEARN MORE Anyone can
DNA情報をネットラジオでストリーミングする「DNA-Radio」 | スラド
ストーリー by kashibat-svt 2009年03月06日 12時26分 ジー・ジー・エー・エー・シー・ティー… 部門より 人間の染色体が含むDNA情報を画像化して公開していた「DNA rainbow」プロジェクトが、今度はDNA情報をオーディオデータに変換してストリーミング配信する「DNA-Radio」を開始した。 DNA rainbowでは人間の細胞が持つ23対の染色体について、それぞれの染色体が持つ4種類の塩基対をそれぞれ4色の色として画像化していたが、DNA-Radioでは色ではなく音声に変換し、それをネットラジオとしてストリーミングしている。このネットラジオには再放送はなく、現在進行形で遺伝子情報が読み上げられている。1秒に3文字のペースで遺伝子情報を配信した場合、人間の全遺伝子を読み終わるには23.5年もかかる計算だそうだ。 ちょっとだけ聴いてみたのですが、音声合成によ
404 Not Found | 理化学研究所
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「HIVに感染しない突然変異者たち」を応用した遺伝子治療研究 | WIRED VISION
「HIVに感染しない突然変異者たち」を応用した遺伝子治療研究 2008年7月 2日 サイエンス・テクノロジー コメント： トラックバック (0) Aaron Rowe CCR5遺伝子をT細胞から切り取るジンク・フィンガー・ヌクレアーゼ Photo credit: Sangamo Biosciences 一部の人々の体内では、HIV(ヒト免疫不全ウイルス)に対して驚くほどの抵抗力がつく突然変異が起きている。そして研究者たちは、そのような抵抗力を誰にでも持たせるための方法をついに見つけたのかもしれない。 ウイルスは細胞に入り込んで乗っ取るが、細胞に入り込むには手がかりが必要だ。HIVは、T細胞の表面を覆っている、CCR5と呼ばれるタンパク質を手がかりにして侵入する(T細胞は主要な2種類の白血球細胞のうちの1つで、身体がウイルスと戦うのを助ける重要な役割を担っている)。 1990年代に、不特定
RNA二次構造の予測アルゴリズム
RNAの二次構造，タンパクの二次構造，遺伝子の構造など，原理的には観察することが可能であったとしても，そのためには経済的，時間的コストがかかります．そこで，配列に基づいてこれらの構造を予測する手法が開発されています． 分子生物学におけるRNAの重要性が強く認識されるようになっています．セントラルドグマに直接に関わるrRNA, mRNA, tRNAだけでなく，ncRNA(non-coding RNA; タンパクではないが機能をもつRNA)，RNA editingやRNAiが様々な生命現象に関わっていることが示唆されています． [練習] RNAファミリーのデータベースRfamで興味のあるRNAを探してみましょう． RNAの二次構造は，相補的な塩基のペアであるAU, GC，もしくはGUが水素結合により対合することにより形成されます．それらの構造は，A: hairpin loop, B: inte
平成１４年度未踏ソフトウェア創造事業（未踏ユース） 採択案件評価 2-16(西尾)
６．テーマ概要 このプロジェクトは，4次元的な情報を可視化することが出来るJavaアプレットを開発することが目的である． そのために，まず3次元のグラフを，直感的な操作で回転し任意の方向から見ることが出来る汎用的なアプレットを作成する．このアプレットによって，今までインターネット上では2次元的な画像に変換して掲載せざるを得なかった3次元的なデータを，3次元のまま掲載できるようになる．このような機能の需要は高い． そして，そのアプレットを4次元情報の可視化ができるように拡張する．4次元に拡張することで3次元上に分布するスカラー場，2次元平面上のベクトル場，複素関数などを描画することが可能になる．また，ゲノムの情報を4次元の曲線で表現する独自の可視化手法によって塩基含有率の偏りなどの情報をわかりやすく可視化することができるようになる． 余裕があれば高次元ではローカルミニマムに陥りにくい
RNA world - Wikipedia
For the general discussion about the origin of life, see abiogenesis. A comparison of RNA (left) with DNA (right), showing the helices and nucleobases each employs The RNA world is a hypothetical stage in the evolutionary history of life on Earth in which self-replicating RNA molecules proliferated before the evolution of DNA and proteins.[1] The term also refers to the hypothesis that posits the
BBC NEWS | Science/Nature | Synthetic life 'advance' reported
M. genitalium has one of the smallest known genomes An important step has been taken in the quest to create a synthetic lifeform. A US team reports in Science magazine how it built the entire DNA code of a common bacterium in the laboratory using blocks of genetic material. The group hopes eventually to use engineered genomes to make organisms that can produce clean fuels and take carbon dioxide o
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テクノロジー – ペアエンドシーケンス – イルミナ株式会社
遺伝子検査（解析）ならジーンクエスト
A programmable system to perform the polymerase chain reaction - PubMed
Single-nucleotide polymorphism - Wikipedia
Du học Thanh Mai – Thanh Mai Group
http://www.geneticengineering.org/chemis/Chemis-NucleicAcid/RNA.htm
RNA Animation
AAAS