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StringTieで計算したデータをDESeq2に乗せるprepDE.py - Qiita
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StringTieで計算したデータをDESeq2に乗せるprepDE.py - Qiita
*コマンドにミスが見つかりましたので直しましたが、内容やバージョンは変えておりません。更新はされて... *コマンドにミスが見つかりましたので直しましたが、内容やバージョンは変えておりません。更新はされていますが、内容は2020年1月に書いたものです。最新情報ではありませんのであしからず。 StringTieからのBallgownは固定じゃない Nature Protocolがあまりにも分かりやすいので、僕は「StringTieとBallgownはセット!StringTieを使ったら、Ballgownでしょ。」などど考えていたが、マニュアルにも記載があるように、DESeq2やedgeRというソフトも計算に利用できるらしい。今回はStringTieで出力されたGTFファイルからDES eq2用のファイルを書き出し、最終的にDESeq2のマニュアルを参考に、データ解析をする方法をやってみたいと思う。DESeq2のマニュアルをざっと見たがヒートマップが一番おしゃれな感じがするので、今回はヒートマップ