PyStanによるはじめてのマルコフ連鎖モンテカルロ法 - Qiita

概要 会社で行っている『データ解析のための統計モデリング入門』(所謂緑本)の輪読会に参加した所、 大変わかりやすい本だったものの、Macユーザには悲しい事に実装サンプルがWinBUGSだったため、 9章の一般化線形モデルのベイズ推定によるアプローチをPython + STANで実装しました。 やった事 ざっくり以下のステップを踏んでいます。 1. 特定のパラメータに基いて確率分布からダミーデータを生成 2. 予測モデルを設定 3. ダミーデータと予測モデルから、データを生成したパラメータ(の事後分布)をMCMCで推定して答え合わせ 具体的には、とある植物の体サイズが(3.0~7.0の0.1刻みの離散値をとる)を説明変数として、 ポアソン分布に従う種子数(0以上の整数)の確率分布を推定します。 利用ツール、ライブラリ MCMCサンプラー： STAN(PyStan) 行列計算, 配列操作： N