RNA-Seqの数理―生成モデルによる発現量推定（1）RNA-Seqの発現量推定とRPKM - Wolfeyes Bioinformatics beta

まとめ：RNA-Seqの数理―生成モデルによる発現量推定：アーカイブ - Wolfeyes Bioinformatics beta 生成モデルの話を始める前に，まずはRNA-Seqの発現量としてよく知られているRPKMという指標からスタートし，生成モデルの話へと繋げていこう． RNA-Seqの発現量推定の基本 RNA-Seqで得られるデータは，ある長さの配列（ショートリード）とクオリティスコアのセットして表現される．それをリファレンスとなるゲノム配列の中から探しだして，読まれた配列が何の転写物由来かを見つける作業をマッピングという．このマッピングをNGSから出力された数千万本/数億本のショートリードに対して行い，ある遺伝子の部位にどのくらい貼り付いたかをカウントすることで特定の転写物がどれくらい発現していたかを推定するという方法が，RNA-Seqの発現量推定では基本となる． この図はRNA

[maxtokiforniigata]

“RPKM”