わけわかんない進化をゴチャゴチャ言わずに直接観察する話 - 雨に煙る
この記事は 今年読んだ一番好きな論文2016のエントリーとして書かれました。 こんにちは。なんと昨年の #今年読んだ一番好きな論文2015 ぶりのブログ更新になってしまいました。その間に修士号取得したり学振取って辞退したりアメリカの博士課程に留学開始したりといろいろあったのですが、まあその話はまたの機会にするとして、今年も論文紹介してみます*1。 今年ご紹介する論文はこちら。 http://science.sciencemag.org/content/353/6304/1147 和訳すると『抗生物質ランドスケープにおける微生物の時空間的進化』、なかなかカッコイイ論文タイトルです。 とっても長い前置き：進化と進化実験 本論文のテーマはずばり『進化』です。 ドブジャンスキーの有名な"Nothing in Biology Makes Sense Except in the Light of Ev
Pythonでタンパク質相互作用ネットワークを分析する - 雨に煙る
金曜日頃からやや風邪気味だったので週末は自宅でひっそり過ごし、今日研究所バイトのために外出したら冬の到来を体感しました。寒い…。 冬生まれの自負と、汗っかきゆえの蒸し暑さ耐性の低さのために、いつも夏と冬だったら冬のほうが過ごしやすいと答えることにしているけど、こういう時はちょっと夏もいいかなあと思ったりする*1。 研究所で鼻すすりながらPythonのお勉強をしつつコードを書いて、とりあえず欲しいデータを入手することに成功したので達成感に浸る。 備忘録を兼ねて、スパゲティージェノヴェーゼコードを投下します。 プロジェクトの概要 ヒトのタンパク質相互作用ネットワーク(PIN)のデータを、アルゴリズムで小さなサブネットワークに分割していって、そのサブネットワーク内で薬剤ターゲットに使えそうなタンパク質をスクリーニングするというプロジェクト。 サブネットワーク生成までは研究員のかたが済ませているの
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