Cytoscape / cyRESTとpy2cytoscapeを用いたIPython Notebook上でのグラフ解析と可視化 Part 1 - Qiita
Cytoscape / cyRESTとpy2cytoscapeを用いたIPython Notebook上でのグラフ解析と可視化 Part 1PythonIPythonnetworkxデータ可視化Cytoscape はじめに (酵母菌のタンパク質間相互ネットワークをCytoscapeとcyRESTにて可視化） IPython Notebook1を用いてグラフデータの可視化を行う場合、以下のようなグラフ解析ライブラリに付属する可視化モジュールを用いて行うのが一般的です: igraph NetworkX graph-tool しかし最近のウェブベースの可視化ツールや、デスクトップの可視化ツールに比べると機能的な部分やインタラクティブ性の面で少々物足りなさがあるのもまた事実です。そこでこれらのライブラリの解析機能と、Cytoscapeのインタラクティブな描画機能などを同時に利用できるようにするため
Cytoscape.js
Introduction Factsheet A fully featured graph library written in pure JS Permissive open source license (MIT) for the core Cytoscape.js library and all first-party extensions Used in commercial projects and open-source projects in production Designed for users first, for both frontfacing app usecases and developer usecases Highly optimised No external dependencies Compatible with All modern browse
ニコニコ動画のタグネットワークを描画してみた
ニコニコの動画のタグネットワークを描画してみました。 今回の調査には、「(株)ドワンゴと国立情報学研究所が提供しているデータ」を利用させていただきました。 前回からのおさらい 前回、「ニコニコ動画のタグの傾向を見てみた」こういう記事を書きました。 その続きとして、今回はタグネットワークを描画してみました。特にこれといった発見はないんですが、せっかくなので紹介します…(^^) タグネットワークの定義 今回のタグネットワークは大雑把に以下のように定義しました。 2012年9月29日に投稿された動画(1900.dat)のデータを利用した 各タグがノードに対応する 一つの動画に一緒に使わているタグにエッジがあると見なす 一度しか出現しないタグは取り除く エッジは全て無方向 利用回数が多すぎるタグ(ノード)は取り除く
Cytoscape + R + igraph
2011年11月(1) 2011年01月(1) 2010年06月(1) 2010年04月(1) 2010年03月(3) 2009年12月(2) 2009年10月(1) 2009年08月(3) 2009年04月(3) 2009年03月(5) 2008年10月(2) 2008年09月(2) 2008年08月(1) 2008年07月(8) 2008年05月(1) 2008年04月(12) 2008年03月(5) 2008年02月(5) 2007年11月(5) 2007年10月(4) Rはあらゆる統計や科学の世界で使われている便利な統計パッケージですが、そこにigraphと言うグラフ関連のライブラリがあります。この中には、複雑ネットワークなどの研究に便利な様々なデータモデルとオペレーションが用意されています。しかしながら、これらはあくまでコマンドラインとバッチ処理を念頭に作られたものなので、インタ
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