Cytoscape / cyRESTとpy2cytoscapeを用いたIPython Notebook上でのグラフ解析と可視化 Part 1PythonIPythonnetworkxデータ可視化Cytoscape はじめに (酵母菌のタンパク質間相互ネットワークをCytoscapeとcyRESTにて可視化) IPython Notebook1を用いてグラフデータの可視化を行う場合、以下のようなグラフ解析ライブラリに付属する可視化モジュールを用いて行うのが一般的です: igraph NetworkX graph-tool しかし最近のウェブベースの可視化ツールや、デスクトップの可視化ツールに比べると機能的な部分やインタラクティブ性の面で少々物足りなさがあるのもまた事実です。そこでこれらのライブラリの解析機能と、Cytoscapeのインタラクティブな描画機能などを同時に利用できるようにするため
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