とある病んだ院生の体内時計（サーカディアンリズム）
StanのToDoリストが長すぎて若干引き気味のberoberoです。 BUGS/Stan勉強会#2の発表した内容の一つを紹介をしたいと思います。 スライドは埋め込んで、ソースコードのコピペ＆解説をメインにします。 使用したデータは以下。自由に使ってください。 ・元データ: data.txt ・起床時刻だけ抜き出したもの: data_sleepout.txt ・起床時刻から起床時刻の時間: data_out2out.txt ・起床時刻の累積時刻: data_cum.txt まずはじめに起床時間の分布のパラメータを求めたStanコードは以下になります。 7行目・11行目、Stanでvon Mises分布を使うときはsigmaをある程度小さくしましょう。 kickするRコードは以下になります。 9行目: von Mises分布に渡すために0-24を0-2πに変換しています。 次に起床時刻から起
sage/graph/rjagsを使った階層ベイズ法 - PukiWiki
2011/07/15からのアクセス回数 6106 ここで紹介したSageワークシートは、以下のURLからダウンロードできます。 http://www15191ue.sakura.ne.jp:8000/home/pub/17/ また、Sageのサーバを公開しているサイト（http://www.sagenb.org/, http://www15191ue.sakura.ne.jp:8000/）にユーザIDを作成することで、ダウンロードしたワークシートを アップロードし、実行したり、変更していろいろ動きを試すことができます。 Sageでグラフを再現してみよう：階層ベイズ法 † この企画は、雑誌や教科書にでているグラフをSageで再現し、 グラフの意味を理解すると共にSageの使い方をマスターすることを目的としています。 今回は、 道具としてのベイズ統計 のp196の学生のテスト結果を階層ベイズ法
CRC
CRC implements a model-based Bayesian clustering algorithm. The cluster assignment procedure can be regarded as following a iterative Chinese restaurant process. This program is designed to cluster microarray gene expression data collected from multiple experiments. missing data is allowed. The program is written in C++, and can be run under Linux, Unix, Windows, MAC OSX operating system as a comm
Edwin Chen's Blog
I built a visualization to explore embeddings a few years ago, but never posted it more broadly. So here it is! http://blog.echen.me/embedding-explorer/ These are GloVe embeddings projected into 2D, colorized via k-means in the original space. You can see, for example, that the cluster in pink at the bottom right is a cluster of names. And the cluster in red on the right is a cluster of geographic
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