scikit-learn準拠で Label propagation とか実装した - でかいチーズをベーグルする
scikit-learn準拠で Label propagation 的なアルゴリズム達を実装した。なんで実装したかというと、 グラフそのもの（隣接行列）を入力したい。 scikit-learnには既にsklearn.semi_supervised.LabelPropagationが実装されてるけど、これはグラフを入力するんじゃなくて、普通にサンプル数×特徴数のデータ行列を与えて、そこから類似度グラフを作るようになってる。これだと例えば手元にソーシャルグラフがあって、そのユーザ（ノード）の属性（興味とか）を Label propagation で推定するということができない。 ハイパーパラメータを楽に決めたい。 自分でグリッドサーチとかやるのはめんどくさいので、sklearn.grid_search.GridSearchCVとかを使いたい。そのためにsklearn準拠にした。 自分の研究成果
Python/NetworkXで簡単ネットワーク分析 - あんちべ！
slaさん主催のNumpy/Scipy勉強会でLTをします。 内容はNetworkXというPythonのネットワーク分析パッケージの紹介です。 Pythonで簡単ネットワーク分析 View more presentations from AntiBayesian ネットワーク分析と言えば、PajekやRのigraphが定評有りますが、 これらはどうしてもサブグラフの扱いに不満がありました。 ネットワークからサブグラフを抽出するところまでは出来ますが、 各サブグラフがどのような性質を持つか分析したい場合、 指定したサブグラフを形成しているノード、エッジ、重みの情報を簡単に取り出す方法がありません。 NetworkXであれば、指定したノードやエッジだけ隣接行列や辺行列の形で入出力することが可能です。 また、ネットワーク分析は非常に計算量が大きく、高速な演算が求められるため、データをNumpyへ
ネットワーク可視化プラットフォームCytoscapeの現状まとめ - Qiita
Cytoscapeとは？ Cytoscapeとは、欧米の研究機関によって開発されているオープンソースのネットワーク可視化ソフトウェアプラットフォームです。ネットワーク（数学の用語ではグラフ）可視化ソフトウェアとは、要するにデータを分析して、最終的には以下の様な描画を行うものです。 元となる情報は基本的に何でも良いので、以下の様な分野で利用されています: 遺伝子ネットワーク分析（主な開発目的です） ソーシャルネットワーク分析（日本語でも幾つか著作のあるJames Fowler教授にも協力していただいています） コンピュータ・ネットワークの可視化とセキュリティ分析 オントロジー等、グラフ構造を持つデータの可視化 このソフトウェアはもう10年以上も開発が続いています。私もカリフォルニア大学のチームの一員として、かなり初期から開発に加わっておりますが、私の努力不足もあり、日本語のドキュメントはとて
Pythonでタンパク質相互作用ネットワークを分析する - 雨に煙る
金曜日頃からやや風邪気味だったので週末は自宅でひっそり過ごし、今日研究所バイトのために外出したら冬の到来を体感しました。寒い…。 冬生まれの自負と、汗っかきゆえの蒸し暑さ耐性の低さのために、いつも夏と冬だったら冬のほうが過ごしやすいと答えることにしているけど、こういう時はちょっと夏もいいかなあと思ったりする*1。 研究所で鼻すすりながらPythonのお勉強をしつつコードを書いて、とりあえず欲しいデータを入手することに成功したので達成感に浸る。 備忘録を兼ねて、スパゲティージェノヴェーゼコードを投下します。 プロジェクトの概要 ヒトのタンパク質相互作用ネットワーク(PIN)のデータを、アルゴリズムで小さなサブネットワークに分割していって、そのサブネットワーク内で薬剤ターゲットに使えそうなタンパク質をスクリーニングするというプロジェクト。 サブネットワーク生成までは研究員のかたが済ませているの
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