[R][Stan]マルコフ連鎖モンテカルロ法の実践ガイド2: ランクプロット他 - ill-identified diary
概要A. Vehtari, Gelman, Simpson, Carpenter, & Bürkner (2020)で提案されているマルコフ連鎖モンテカルロ法(MCMC)の収束確認方法を紹介する. これらはや有効サンプルサイズ(ESS)といった従来よく使われた方法の問題点を解消したものである. 特に重要な, 以下の概念の使い方を紹介する. 正規化ランクと中央値まわりの畳み込み bulk-ESSとtail-ESS ランクプロットを始めとする, 上記の視覚化 今回紹介する方法の多くはbayesplotパッケージで用意されている. これは去年Tokyo.Rの5分間LTやるために書いたものの続きである.ill-identified.hatenablog.com 2021/4/7 追記: この論文は Bayesian Analysis 誌にアクセプトされたらしい (DOI: 10.1214/20-B
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科学者のあり方を変える帰納プログラミング - SmartNews Engineering Blog
こんにちは。スマートニュースの高橋力矢です。前回のブログでデータ分析+ゲーム理論を題材として、帰納と演繹をまとめる利点をお伝えしました。なんらかの入力 (e.g., ゲーム理論における利得表) があり、特定のアルゴリズム (e.g., 各プレイヤーの戦略的意思決定) を記述することで出力 (e.g., ナッシュ均衡) を得るアプローチは、ほとんどのソフトウェア・エンジニアが慣れ親しんでいるプログラミングそのものです。つまり多くのエンジニアが手がけるプログラミングの実態は演繹的プログラミングです。ではこの対極に位置する帰納プログラミング (Inductive Programming) はどの程度進歩しているでしょうか。 帰納プログラミングの一分野である確率プログラミング (Probabilistic Programming) は統計学や機械学習との関係が密接で、日本でも利用者の多いStanを
Stanコードの書き方 中級編
広島ベイズ塾夏合宿で発表したStanコードの書き方中級編です。 回帰分析から，一般化線形モデル，欠損値のあるモデル，潜在変数があるモデル，ゼロ過剰分布，混合分布モデルを扱いました。Read less
時系列データにt 検定を行うことに関してstan 神の解析がやばい - 驚異のアニヲタ社会復帰の予備
時系列データにt 検定を行うことに関して、すごいもにょっていたのだが、そもそもstan 神が既にモデル化してくれていた。 リンクでは2階差分と、変化点検出のコーシー分布の合わせ技を用いている。 そのままパクってやってみる。 diの95%ベイズ信頼区間が0を含んでいない期間が差がある期間と言えるでしょう。さらに、どこから差がありそうなのか、どれほど差がありそうなのかも確率付きで述べることができます。 ということが、stan による柔軟なモデリングで述べることができます。 話は飛ぶけど、読んだ。 はじめての 統計データ分析 ―ベイズ的〈ポストp値時代〉の統計学― 作者: 豊田秀樹出版社/メーカー: 朝倉書店発売日: 2016/06/02メディア: 単行本（ソフトカバー）この商品を含むブログ (11件) を見る 書評はまた書くけれども、この時系列データと同じように、この本では、例えば分散分析や分
Non-linear growth curves with Stan | mages' blog
I suppose the go to tool for fitting non-linear models in R is nls of the stats package. In this post I will show an alternative approach with Stan/RStan, as illustrated in the example, Dugongs: “nonlinear growth curve”, that is part of Stan’s documentation. The original example itself is taken from OpenBUGS. The data describes the length and age measurements for 27 captured dugongs (sea cows). Ca
俺俺Stan manual翻訳:4章 - Qiita
本文章はStan Modeling Language Stan Development Team. 2015. Stan Modeling Language Users Guide and Reference Manual, Version 2.7.0.の4章: Containers: Arrays, Vectors, and Matricesの翻訳となります。 訳者は勉強がてら翻訳しようと思っただけで、プログラムの専門家でもデータ解析の専門家でもありません。そのため誤訳・意味の取り違えなどあると思いますが、その際はご指摘いただけると幸いです。5章はやりたいと思っていますが、その先は未定です。また、翻訳ペースも気分しだいです。ご了承ください。 4.データ格納形式: Arrays, Vectors, and Matrices Stanにはarrays, vectors, matrices3種
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GitHub - julianfaraway/rexamples: worked R examples
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