GTFとGFFフォーマット - macでインフォマティクス

2019 10/15追記 2020 10/13 リンク削除 GTF（General Transfer Format)）はgeneのアノテーション専用のフォーマットと定義されている。それに対してGFF（General Feature Format）はtranscriptなどにも使えるよりジェネラルなフォーマットとなっている。この違いのため、例えばUCSC genomeではgeneアノテーションファイルはgtfフォーマットでのみダウンロード可能になっている。 GFFはバージョンにも注意する。GFF3はGFFのバージョン３を意味する。GFF2とGFF3には相違がある。GFF2はGTFと同じである。 フォーマットの説明； GTF、GFF3いずれも９のカラムからなるが、1〜8行目はGTFとGFFで同じのため、GTFを例に1-8行目を説明する。例えば以下はUCSCのgenomeデータベースからダウンロ