RAST Server - RAST Annotation Server
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23andMe API
23andMe is committed to ensuring the API program is accessed and utilized in ways that ensure our customers’ best interests, both in terms of rigorous privacy and scientific standards. To ensure such standards are met, we permit access to the API program through a developer arrangement, subject to set standards. Should your organization be interested in working with 23andMe to further permit our c
Bioinformatics Tips - The Cat Way
Bioinformatics Tips Aug 24th, 2012 General ChromeだとOpenSearchでPubMed検索が簡単にできる Primer3の入力フォーマットが変わったのでeprimer3がエラーを解消する R R/Bioconductor の基礎 …Bioinformatics Tips Aug 24th, 2012 General ChromeだとOpenSearchでPubMed検索が簡単にできる Primer3の入力フォーマットが変わったのでeprimer3がエラーを解消する R R/Bioconductor の基礎 bioconductor のパッケージを高速にインストールする Rでマゼンタ-黒-緑になるバリアフリーなカラーパレットを生成する RでソートできるHTMLテーブルを作る Rでグラフをアニメーションさせてみたよ R でいまどきなパッケージ開
How to get a microarray data from NCBI GEO - The Cat Way
How to Get a Microarray Data From NCBI GEO Aug 24th, 2012 GEOquery を使って公共データベースから発現データを入手する 例としてこのデータを取り出します。 GSE20349 準備
Amazon S3 Glacier ストレージクラス | AWS
Amazon S3 Glacier ストレージクラスは、データアーカイブ専用に設計されており、クラウドで最高のパフォーマンス、最高の検索の柔軟性、最低のコストのアーカイブストレージを提供します。すべての S3 Glacier ストレージクラスは、事実上無制限のスケーラビリティを提供し、データの耐久性が 99.999999999% (11 ナイン) を実現できるように設計されています。S3 Glacier ストレージクラスは、アーカイブデータへの最速のアクセスとクラウド内の最低コストのアーカイブストレージのためのオプションをもたらします。 さまざまなアクセスパターンやストレージ期間に最適化された 3 種類のアーカイブストレージクラスから選択できます。医療画像、ニュースメディアアセット、ゲノミクスデータなど、すぐにアクセスする必要のあるアーカイブデータであれば、ミリ秒レベルの取得時間で最低コス
Comparison of next-generation sequencing systems - PubMed
The .gov means it’s official. Federal government websites often end in .gov or .mil. Before sharing sensitive information, make sure you’re on a federal government site. The site is secure. The https:// ensures that you are connecting to the official website and that any information you provide is encrypted and transmitted securely.
生命情報科学若手の会 - ４会合同シンポジウム「これからの生命科学を考える」
NGS現場の会・オープンバイオ研究会・生命情報科学若手の会・定量生物学の会 ４会合同シンポジウム 「これからの生命科学を考える」 10/16(火)・17(水)＠タワーホール船堀（東京）401会議室 若手主導の４会（NGS現場の会、オープンバイオ研究会、生命情報科学若手の会、定量生物学の会；五十音順）による 「生命科学の10年後」をテーマにした合同シンポジウムを以下のとおり、開催します。生命医薬情報学連合大会と同会場です。 連合大会は参加費がかかりますが、本シンポジウムは参加費無料・事前登録不要となります。それぞれの分野の盛り上りを感じられ、帰って研究したくてしかたがなくなるようなシンポジウムを目指しています。 連合大会参加者の方も、そうでない方も、皆様のご参加をお待ちしています。 また、連合大会でのポスター発表（8/24締切）もご検討ください。会場へのアクセス： http://www.to
ホーム | Sagace - 医薬基盤研究所統合検索データベース
この検索サイトては、遺伝子発現量やプロテオミクスなどの生命科学データや、疾患モデルマウスや培養細胞などの生物資源を、国内のデータベースから検索することができます。詳しくはこちらへ。
A complete workflow for the analysis of full-size ChIP-seq (and similar) data sets using peak-motifs - Nature Protocols
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ぼくのかんがえた「日本の主要なコホート研究」 - aggren0xの日記
冨田先生が個人ゲノムを公開したとのことで、 http://www.keio.ac.jp/ja/press_release/2012/kr7a4300000aubbx.html ここにひっかかるところがあったので。 冨田先生はもちろん有名な方です。E-cellの人でしたね。しかし遺伝統計学者ではないのですが（こういったことで国立遺伝研の相変わらずのプレゼンスの小ささってなんなんだろう、ほんとにヒトに興味ないんだなあ・・・）。わたしが今おりますこちら欧米では、こういう話はすべてかならず遺伝統計学者がやってるんですけどね。 さて、そのプレスリリースにコホート研究の重要性が述べられており（ゲノム研究の歴史を概略で述べながらゲノムワイド関連研究（GWAS）を完全にスルーする時点でかなり政治的な文章であるっぽいですが）、その点についてはまことに同感でありますが、その中で 現在我が国における主要なコホー
SlideSort - SlideSort web site
Introduction † SlideSort is fast and exact method that can find all similar pairs from a string pool in terms of edit distance. The input to slidesort is a set of sequences of almost equal length and a threshold of edit distance. From the input sequences, SlideSort exactly find all pairs within the input threshold. SlideSort also accepts a threshold of maximum number of insertions/deletions. Slide
噂の高速SSDを積んだAmazon EC2インスタンスのI/Oベンチマークをとってみた - 元RX-7乗りの適当な日々
先日、Amazon EC2で使える、2TB分のSSDを積んだ新しいインスタンスタイプ(High I/O Instances / High I/O Quadruple Extra Large Instance)が発表されました。 ディスクI/O性能が高速なインスタンスは初登場なので、I/Oがシビアに要求されるデータベース等の利用においては、期待を寄せちゃいますよねー。 http://aws.typepad.com/aws_japan/2012/07/aws%E7%99%BA%E8%A1%A8-new-high-io-ec2-instance-type-hi14xlarge-2-tb-of-ssd-backed-storage.html というわけで、このSSDのディスクI/Oパフォーマンスがどのくらい速いのかを試してみちゃいました。厳密なベンチマークではないですが、参考になれば幸いです。 ・
ChIP-seq:実験のデザインと落とし穴 2 はじめに 次世代シークエンサー関連の論文 ChIP seq法によるタンパク質の動態解析 ーゲノムのどの場所にいつ結合するのかを明�
ChIP-seq:実験のデザインと落とし穴 2 はじめに 次世代シークエンサー関連の論文 ChIP seq法によるタンパク質の動態解析 ーゲノムのどの場所にいつ結合するのかを明らかにするー • タンパクの位置情報は様々な機能情報をもたらす – 既知の機能配列との相関。既知の機能タンパクとの相関 • 例えば二つのタンパク結合プロファイルが一致する – 二つは同じ機能を持つ複合体に帰属する可能性、制御関係にある可能性 を示唆 – 健常と疾患由来細胞におけるタンパクの振る舞いの違い ✴ 分子病態の解明 ゲノム上の位置 結 合 量 セントロメア テロメアテロメア 複製開始点 複製開始点 ChIP-seq法による制御系とタンパク複合体の予測例 Scc1 （コヒーシン） Sc
Controllability of complex networks - Nature
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ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia
Statistics for Next Generation Sequencing – Meeting Report
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A probabilistic disease-gene finder for personal genomes - PubMed
Genetic origins of the Minoans and Mycenaeans
20120717 ismb2012
