MEGA: Molecular Evolutionary Genetics Analysis software
MEGAXがリリースされました。(6/1/2018) ダウンロードは www.megasoftware.net からどうぞ！ MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis)は、DNA、タンパク質配列データの分子進化・系統学的解析を行うためのソフトウェアです。最初のバージョンは1993年に開発され、IBM PC-DOS（DOS/Vの英語モード）上で動作しました。その後、バージョン2(MEGA2 )でWindowsアプリケーションになり、バージョン3(MEGA3 )では、系統解析のための配列データ構築機能が装備されました。すなわち、DNAシーケンサからの Trace ファイルや FASTA をはじめとした様々な形式のテキストファイルの入力、内臓Webブラウザを用いたデータベースからのデータの検索（Entrez、BLASTなど）・直接入力に対応して
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2008 56 1 81–99 c �2008 1,2 3 1,2,4 2007 7 4 2007 11 5 1. 5000 Wilson and Reeder, 2005 Nikaido et al., 2000; Nishihara et al., 2006 Graur and Higgins 1994 , Gatesy et al. 1996 , Shimamura et al. 1997 , Nikaido et al. 1999 Nikaido et al. 2001, 2006 , Sasaki et al. 2005, 2006 Simpson, 1945 Madsen et al., 2001; Murphy et al., 2001; Murata et al., 2003; Nishihara et al., 2005 1 200433 220 2 240–0193 3
STAP細胞関係のゲノムデータを解析してみた - biochem_fanのブログ
本記事の目的と注意 注意! 私は、NGS については amplicon sequencing の解析経験(しかも半年)しかない。本記事は、データを解析して、STAP論文(Obokata et al, Nature 2014. Article と Letter)に対して何らかの結論を導くのが目的ではない。これだけリード数が少なくて、しかもサンプルがポリクローナルな混合物であることを考えると、ここから何かを結論するのは極めて慎重にならないといけないと思う。したがって、結果の「解釈」には立ち入らない(し、その能力もない)。本記事は、「ネットで話題になっているデータを、自分も解析してみたい!」と、「行為」そのものに魅力を感じる方のために、私が行った操作の流れを紹介するものである。 私は当初 RNA-seq のデータを解析しようとしたが、リファレンス・トランスクリプトームに存在しない再構成後の T
Pythonでタンパク質相互作用ネットワークを分析する - 雨に煙る
金曜日頃からやや風邪気味だったので週末は自宅でひっそり過ごし、今日研究所バイトのために外出したら冬の到来を体感しました。寒い…。 冬生まれの自負と、汗っかきゆえの蒸し暑さ耐性の低さのために、いつも夏と冬だったら冬のほうが過ごしやすいと答えることにしているけど、こういう時はちょっと夏もいいかなあと思ったりする*1。 研究所で鼻すすりながらPythonのお勉強をしつつコードを書いて、とりあえず欲しいデータを入手することに成功したので達成感に浸る。 備忘録を兼ねて、スパゲティージェノヴェーゼコードを投下します。 プロジェクトの概要 ヒトのタンパク質相互作用ネットワーク(PIN)のデータを、アルゴリズムで小さなサブネットワークに分割していって、そのサブネットワーク内で薬剤ターゲットに使えそうなタンパク質をスクリーニングするというプロジェクト。 サブネットワーク生成までは研究員のかたが済ませているの
Japanase society for quantitative biology | 日本定量生物学の会
定量生物学の会へようこそ go to English page 定量生物学の会は、定量的な解析から生命システムの定性的な性質を明らかにする生命科学の方向性や解決すべき点などを具体的な問題設定のもとで議論する場です。さらに、領域横断的な研究体制や連携関係を、若手研究者（学生、PD、若手PI）を中心にボトムアップで模索することを目指しています。年齢や職位に関係なく、会の趣旨に賛同して下さったり、会の活動に興味を持って下さるみなさまの参加をお待ちしております。 イベント情報 New!! 定量生物学の会 夏の会2021を開催しました。多数のご参加をありがとうございます。 日時：2021年8月7日（土）～2021年8月11日（水） 場所：オンライン 定量生物学の会 夏の会2021ウェブサイト 過去のイベント情報はこちら 最新情報 News page を更新しました。北海道大学大学院 先端生命科学研究
遺伝情報を全細胞シミュレーションして表現型を予測する
Kazuharu Arakawa @gaou_ak NY Timesの記事で、Covertらの全細胞シミュレーションモデルが話題になっている。http://t.co/WskKhW4p Project部外者だが、細胞シミュレーションにとって重要なステップだと思うのでちょっとこの件に関して連続ツイートしてみたい。 2012-07-21 16:32:01 Kazuharu Arakawa @gaou_ak Covertらの今回の仕事 http://t.co/biobiXLe は、マイコプラズマ菌という525個の遺伝子を持つゲノムサイズが最小の自活できるバクテリアの、全遺伝子を含むシミュレーションモデルを作成したというもの。この動画が実行例。http://t.co/uK3G4LgM 2012-07-21 16:37:31 Kazuharu Arakawa @gaou_ak マイコプラズマ菌は所謂「
EBImageを使った画像処理 - もうカツ丼でいいよな
使い方とか． 参考 http://www.eml.ele.cst.nihon-u.ac.jp/~momma/wiki/wiki.cgi/R/R%E3%81%A7%E7%94%BB%E5%83%8F%E8%A7%A3%E6%9E%90(EBImage%E7%B7%A8).html Bioconductor - EBImage (development version) インストール source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("EBImage") このほかにImageMagicとgtkが必要． 以下http://www.bioconductor.org/packages/devel/bioc/html/EBImage.htmlにあるIntroduction to EBImageを読んでメモしたもの．長いです．気が向いたら目次付け
進化 29種の哺乳類を用いて作成したヒトの進化的制約の高分解能マップ : Nature : Nature Publishing Group
進化：29種の哺乳類を用いて作成したヒトの進化的制約の高分解能マップ Kerstin Lindblad-Toh1, 2 Manuel Garber1, 24 Or Zuk1, 24 Michael F. Lin1, 3, 24 Brian J. Parker4, 24 Stefan Washietl3, 24 Pouya Kheradpour1, 3, 24 Jason Ernst1, 3, 24 Gregory Jordan5, 24 Evan Mauceli1, 24 Lucas D. Ward1, 3, 24 Craig B. Lowe6, 7, 8, 24 Alisha K. Holloway9, 24 Michele Clamp1, 10, 24 Sante Gnerre1, 24 Jessica Alföldi1 Kathryn Beal5 J
Bioconductor - Cloud AMI
Please note that AMI IDs may change over time as we update the underlying AMI. Refer to this page for the most current AMI IDs. These AMIs live in the US-East-1 region. For administrative and funding reasons, Bioconductor keeps track of each time a Bioconductor AMI is launched. No identifying information is kept. By using the AMI, you consent to this tracking. Scenarios for using your Bioconductor
Active Motif
Single-Cell Multiome Service 10x Genomics Certified Service Provider of Single-Cell Multiome to measure genome-wide gene expression & open chromatin. Learn More CUT&RUN Assay Kits Target chromatin-associated proteins genome wide. Learn More
Tree of Life Web Project
Learn about ... Agaricales (a group of fungi) image info The Agaricales, or euagarics clade, is a monophyletic group of approximately 8500 mushroom species...read more more featured pages The Tree of Life Web Project (ToL) is a collaborative effort of biologists and nature enthusiasts from around the world. On more than 10,000 World Wide Web pages, the project provides information about biodiversi
Cytoscape + R + igraph
2011年11月(1) 2011年01月(1) 2010年06月(1) 2010年04月(1) 2010年03月(3) 2009年12月(2) 2009年10月(1) 2009年08月(3) 2009年04月(3) 2009年03月(5) 2008年10月(2) 2008年09月(2) 2008年08月(1) 2008年07月(8) 2008年05月(1) 2008年04月(12) 2008年03月(5) 2008年02月(5) 2007年11月(5) 2007年10月(4) Rはあらゆる統計や科学の世界で使われている便利な統計パッケージですが、そこにigraphと言うグラフ関連のライブラリがあります。この中には、複雑ネットワークなどの研究に便利な様々なデータモデルとオペレーションが用意されています。しかしながら、これらはあくまでコマンドラインとバッチ処理を念頭に作られたものなので、インタ
田部井靖生のページ
最適メモリで動的更新可能な圧縮接尾辞配列に関する論文をarXivに公開しました。公開日：2024年4月11日（木）。 2024年4月1日付けでチームリーダーに昇進しました。引き続き、どうぞよろしくお願いいたします。 「機械学習による人間の選択行動とシミュレーションの新展開」と題した理研-AIPのミニワークショップを開催しました。このワークショップでは、機械学習が人間の選択行動の理解やシミュレーションにどのように貢献できるかについて、最新の研究成果と洞察を共有しました。ワークショップの内容は、以下のリンクから動画でご覧いただけます。最先端の研究に基づく知見や議論をぜひご覧ください。 ワークショップの動画を見る ワークショップページに行く 今後も理研-AIPでは、機械学習をはじめとする先進的な研究に関するワークショップを開催していきます。引き続きご注目ください。(２０２３年１２月５日（火）)
Entrez Sequence : NCBI Entrez経由で塩基/タンパク質の配列情報を取得！Androidアプリ421 | オクトバ
こんにちは。タマイ・ラマです！ 生物のゲノムは、たった４つの文字で記述されています！ その４つの文字の組み合わせで色々な機能を持つ遺伝子が作られているのです！ ・・・と、なんか生物の授業のような書き出しをしてみましたが、今回はそんな遺伝子の配列（文字列）を参照できるアプリの紹介です。 NCBI（国立生物工学情報センター）は生物学的な情報を集めてデータベースを公開しており、NCBI EntrezはNCBIのウェブサイトから、データベースを横断検索できるシステムです！ 今回紹介する「Entrez Sequence Mobile」は配列情報に特化した、Android用のEntrezインターフェイスを提供しているアプリです。 Entrezの機能を利用して、楽にNCBIに登録されているタンパク質や塩基配列を検索することが出来ます！ 専用アプリというだけあって、とても使い易いデザインになっています！
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