AlphaFillを用いてAlphaFold2/ColabFoldで予測された構造とリガンド分子候補との複合体モデルを生成する - Qiita

この記事にたどり着いた方であれば、AlphaFold2を用いた予測構造の精度が恐ろしく高いことはご存知のことだと思いますが、AlphaFold2は（まだ）リガンド分子との複合体構造を予測してくれません。これに対応するべく、AlphaFillは入力されたタンパク質の配列や構造をもとに、そのリガンド候補を自動的にサーチし、その位置を自動的に当てはめた複合体構造モデルを返してくれます。コマンドラインでも利用可能ですが、多くの方にとってはブラウザからその機能を利用する方がとても簡単で助かることでしょう。しかしながら、AlphaFillはAlphaFold DBで配信されているmmCIFフォーマットにしか対応しておらず、AlphaFold2/ColabFoldで出力されたpdbフォーマットのタンパク質構造ファイルについては計算を行ってくれません。 この記事ではそれを簡単に解決する方法と、実際の使い方