形態音韻論(けいたいおんいんろん、英語: morphophonology)または形態音素論(けいたいおんそろん、英語: morphophonemics)は、言語学の一分野で、形態変化に伴う音韻の交替を扱う。形態論と音韻論の境界的な分野である。 形態音韻論が使われる典型的な場合に、英語の規則的な名詞複数形や動詞過去形がある。名詞複数形は単数形の語末が歯擦音ないし破擦音ならば /ɪz/、それ以外の無声音ならば /s/、有声音(有声子音および母音)ならば /z/ を加えることによって作られるが、これを音韻論によって扱うことはできない。なぜならば複数語尾と無関係な場合には母音のうしろに /s/ が続くことは珍しくないためである(house /haʊs/ など)[1]。このように(音韻的でなく)形態的な条件のもとで規則的に異なった音が現れる場合、形態音韻論では同じ形態音素の列(英語の複数形の場合は、