システムメンテナンスに伴うシステム停止のお知らせ いつも「いきものログ」をご利用いただきましてありがとうございます。 2022年11月14日（月）10:00 〜 18:00ごろ（予定）まで、システムメンテナンスのため「いきものログ」の配信を停止させていただきます。 みなさまにはご迷惑をおかけいたしますが、どうぞよろしくお願いいたします。
いきものログ：環境省
システムメンテナンスに伴うシステム停止のお知らせ いつも「いきものログ」をご利用いただきましてありがとうございます。 2022年11月14日（月）10:00 〜 18:00ごろ（予定）まで、システムメンテナンスのため「いきものログ」の配信を停止させていただきます。 みなさまにはご迷惑をおかけいたしますが、どうぞよろしくお願いいたします。
General inference problems and quantifying uncertainty have long been the cornerstone of statistical science. While machine learning advances have permeated many disciplines, inference for these procedures, and in particular, causal inference, has not been widespread. However, this is rapidly changing. As different scientific fields begin to converge on machine learning for causal inference, we th
海洋研究開発機構などの研究チームは、高知県・室戸岬沖で海底下約1200メートルまで掘削調査し、高温かつ高圧の過酷な環境に生息する微生物群を発見したと4日付で公表した。温度は約120度に達し、高温でも生きられる特殊な微生物の仲間とみて種の特定を進める。 チームの稲垣史生・海洋機構マントル掘削プロモーション室長（地球微生物学）は「生物の分布は、さらに深い所まで広がっている可能性がある。検証を進めたい」と話した。 海洋機構の探査船「ちきゅう」を使い室戸岬の南約125キロの場所で、水深約4780メートルの海底から、深さ1180メートルまで掘削して調べた。
哺乳類の首の骨は7個…では魚は何個？ 埼玉大などが解明 | 毎日新聞
魚の「首の骨」は、どこ――？ 埼玉大や国立遺伝学研究所などのチームは、首の骨に当たる頸椎（けいつい）を、魚類は一つしか持たないと考えられるとの研究成果を発表した。背骨を持つ脊椎（せきつい）動物は、陸上に進出した後に頸椎の数を増やし、複雑な「首」を獲得していったことを示唆する結果だという。 哺乳類はヒトや、キリンなど首の長い動物も含め、ほとんどの種類で首の骨は7個。爬虫（はちゅう）類は8個程度、鳥類は11～25個とされる。ところが魚類は、哺乳類と形態が大きく異なっているために比較ができず、頸椎に該当する骨は分かっていなかった。 脊椎動物の背骨は「椎骨」と呼ばれる骨がつながって構成されている。頭側から「頸椎」「胸椎」などの順に連なっている。 研究チームは、脊椎動物が持っている、椎骨の種類を決めている「Hox（ホックス）遺伝子」に着目。ゼブラフィッシュ（コイ科の小型淡水魚）やメダカの受精卵をゲノ
AASJホームページ > 新着情報 > 論文ウォッチ > ６月２１日 ワクチンはT細胞反応誘導効果の検証が重要（６月１７日 Science Translational Medicine 掲載論文） 今、我が国では、新型コロナについておかしな逆転現象が起きている。前にも批判したが、外出自粛や新しい生活様式といった本来なら政治家や経済学者が研究者のアドバイスをもとに語る内容を、医師や科学者が語り、ワクチンや治療薬についての見通しを首相や知事といった政治家が語っている。 一方ワクチンについては科学者内でも、期待できるとかできないとか議論がSNSで白熱している様だが、科学者として丁寧な説明にはあまりお目にかかったことがない。丁寧な説明ができるかは、開発したワクチンの免疫学的特性をどこまで正確に検証できるかにかかっている。逆に丁寧な説明がないと、とりあえず抗体ができるから、感染機会の多い医療従事者に
「合成生物学」を知っていますか──AIとクラウドの成熟がもたらした新産業革命 | Forbes JAPAN 公式サイト（フォーブス ジャパン）
第5次産業革命に発展すると期待され、ピーター・ティールやビル・ゲイツら大物投資家たちが続々と参入──。いま、世界で最も熱い分野といわれているのが「合成生物学」だ。生きた細胞を人工的に作り出そうという研究で、すでに600社以上の関連企業が誕生し、年間投資額は4000億円に上る。 1月24日発売のフォーブス ジャパン 2020年3月号では、「AIが加速させた『合成生物学』600社の衝撃」と題し、急成長を遂げる合成生物学のリーダー企業を紹介する特集を組んでいる。だが、そもそも合成生物学企業とは？ 今までのスタートアップとの違いは？ 業界最大級のアクセラレータ、シンバイオベータ社CEOに訊いた。 表紙をクリックするとamazonのサイトにジャンプします。 2019年10月上旬、著名なテクノロジー業界の関係者が一堂に会するイベントが催された。 グーグルの元CEOエリック・シュミットに、“人工知能（A
DNAメチル化調節因子の作用機作を解明
理化学研究所（理研）開拓研究本部 眞貝細胞記憶研究室の新海 暁男 上級研究員、志村 知古 テクニカルスタッフⅠ、福田 渓 客員研究員、眞貝 洋一 主任研究員らの国際共同研究グループは、さまざまな生命現象やがんや免疫不全などの疾患に関与しているDNAメチル化をコントロールする仕組みを明らかにしました。 本研究成果は、DNAメチル化制御の全容解明に向けた一歩であり、疾患治療や創薬の基礎につながるものと期待されます。 ICF症候群[1]と呼ばれる免疫不全ではDNAの低メチル化が認められ、その原因遺伝子にHELLSとCDCA7が含まれていることなどからHELLS-CDCA7（HELLSタンパク質とCDCA7タンパク質の複合体）がDNAメチル化の制御をつかさどっていると考えられてきました。しかしその分子機構は不明でした。 今回、国際共同研究グループは、両側鎖がメチル化されたDNAの複製の際に形成され
Preliminary genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in the UK defined by a novel set of spike mutations
Preliminary genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in the UK defined by a novel set of spike mutations Report written by: Andrew Rambaut1, Nick Loman2, Oliver Pybus3, Wendy Barclay4, Jeff Barrett5, Alesandro Carabelli6, Tom Connor7, Tom Peacock4, David L Robertson8, Erik Volz4, on behalf of COVID-19 Genomics Consortium UK (CoG-UK)9. University of Edinburgh University of Birming
世界各地で山火事が相次いでおり、深刻な被害が懸念されています。 アメリカでは20年前に比べて3倍の頻度、そして4倍の規模で山火事が発生しているとも言われていますが、このような大規模な山火事は地球にどのような影響を与えるのでしょうか。 実は気候変動によって増加した山火事と人間活動のコンボが、過去に大量絶滅を引き起こしていた可能性があるようです。 約1万年前〜約1万2000年前、サーベルタイガー、ダイアウルフなどを含む多くの大型生物が絶滅しました。 科学者たちは長年、これらの絶滅の原因は気候変動か人間活動のどちらかにあると考えていました。 しかし、ロサンゼルス自然史博物館らの新しい研究により、人間活動と気候変動の両方が関係していた可能性が示唆されたのです。 この研究は、2023年8月23日付で科学誌『Science』に掲載されました。
昆虫が陸上植物の受粉を媒介することはよく知られていますが、”海の世界”も例外ではないようです。 仏ソルボンヌ大学（Sorbonne University）、フランス国立科学研究センター（CNRS）はこのほど、小さな甲殻類が、紅藻（こうそう）の性細胞を運搬することで、雌雄間の受精を手伝っていることを明らかにしました。 この発見は、海の生物が媒介する藻類の”受粉”の最初の例です。 さらに、この紅藻と甲殻類は、陸上植物よりはるかに古い存在であるため、媒介者を用いた”受粉”のあり方は、海で最初に進化した可能性があります。 研究の詳細は、2022年7月29日付けで科学雑誌『Science』に掲載されました。 Like bees of the sea, crustaceans ‘pollinate’ seaweed https://www.sciencenews.org/article/crustac
ハダカデバネズミは哺乳類げっ歯目デバネズミ科の動物で、ネズミの一種です。 種類にもよりますが、小さなネズミの寿命は基本的に1～3年ほどです。 一方ハダカデバネズミの寿命は長く、適切な飼育下では37年以上生きることもあります。 また特殊なのは寿命だけでなく、ハダカデバネズミはがんになりにくく、無酸素化で18分も生きられ、痛みに対する耐性も強いということが分かっています。 今回紹介する熊本大学三浦恭子教授らの研究グループの研究では、「なぜハダカデバネズミが他のネズミよりも長生きなのか？」という疑問の解明に挑みました。 すると驚いたことに、ハダカデバネズミは自らの老化細胞を殺していることが判明しました。 この研究は科学雑誌EMBOpressに掲載されています。 https://www.embopress.org/journal/14602075 最長寿齧歯類ハダカデバネズミでは老化細胞が細胞死を
中国で絶滅したはずのオオサンショウウオが東京と広島にいた！ 京大などが発見 | Science Portal - 科学技術の最新情報サイト「サイエンスポータル」
ニュース 中国で絶滅したはずのオオサンショウウオが東京と広島にいた！ 京大などが発見 2024.02.28 中国で絶滅したとされる世界最大の両生類「スライゴオオサンショウウオ」が日本国内で東京の水族館と広島の動物園で飼育されていることを、京都大学の西川完途教授（動物系統分類学）らが発見した。日本固有種で国の特別天然記念物でもある「オオサンショウウオ」と外来種の交雑状況を調査する過程で分かった。クローン技術と人工繁殖でスライゴオオサンショウウオを保全し、将来的には元の生息地に返すという計画もあるという。 日本固有種のオオサンショウウオは1952年に国の特別天然記念物に指定された。1960年代以降、中国からイボや目の形態に違いがある「チュウゴクオオサンショウウオ」など外来種が持ち込まれているが、一部が野外の河川に逃げ出して日本のオオサンショウウオと交雑。中間の形骸をした交雑種が増えており、絶滅
crisp_bio RIKEN (NISLO, WDCM ...) - NIG (DDBJ/CIB, WDCM, OECD BRC, GBIF, JST BIRD, TPRP ...) - FREE
![[20200528更新] 新型コロナウイルスのPDB公開構造一覧 - その１ : crisp_bio](https://cdn-ak-scissors.b.st-hatena.com/image/square/0fe1deeaa80afe9178f499fe376788c42f9cd546/height=288;version=1;width=512/https%3A%2F%2Flivedoor.blogimg.jp%2Fcrisp_bio%2Fimgs%2Fc%2F4%2Fc4c9a66d-s.png)
【読売新聞】 生命の設計図となるＤＮＡやＲＮＡを構成する５種類の「塩基」すべてを、一つの 隕石 （ いんせき ） から検出したと、北海道大などの研究チームが発表した。生命に欠かせない塩基の少なくとも一部は宇宙から地球に供給されたこと
光合成の過程、一端解明 「人工」技術開発に期待 ｜ 共同通信
Published 2024/02/01 01:00 (JST) Updated 2024/02/01 01:17 (JST) 光合成反応で水が分解されて酸素が放出される過程の一端を明らかにしたと、岡山大の沈建仁教授（生化学）らのチームが31日、英科学誌ネイチャーに発表した。光合成の仕組みが解明され、太陽光と水から水素ガスなど有用な化合物を生み出す「人工光合成」の技術開発につながることが期待される。 光合成は、いくつものタンパク質がくっついた複合体「PS2」が光を吸収し、水分子から水素イオンと電子を取り出して酸素を作り出す反応から始まる。チームは物質の極めて速い動きや変化を観測できるエックス線自由電子レーザーを使い、複合体が光を吸収した20ナノ秒後（ナノは10億分の1）から5ミリ秒後までの動きを捉えることに成功。複合体の中でタンパク質や水分子、色素が「オーケストラのように協奏的に」（研究チ
2019年10月6日 11時0分 リンクをコピーする by ライブドアニュース編集部 ざっくり言うと 米国で「インターネット以来の大革命」として合成が注目を集めている 生命を構成するDNAやタンパク質などを、人工的に改変していくというもの ビル・ゲイツも「この分野が最も熱い」と、多額の投資をしているのだそう グーグルのエリック・シュミット元CEO インターネットが世界を大きく変えたのは誰でも知っている。では、その次に来るのはなんだろう。人工知能？ キャッシュレス経済？ 実は、アメリカでいま「インターネット以来の大革命」として、もっとも注目を集めているのが「合成」なのだ。 合成は英語で「シンセティック・バイオロジー」と呼ばれ、シンバイオなどと略される。いわゆるバイオテクノロジーなども含まれるが、簡単に言えば、生命を科学技術で改変していくことだ。 具体的に何ができるのだろうか。 安価なマラリア
Preface The aim of this book is to provide the fundamentals for data analysis for genomics. We developed this book based on the computational genomics courses we are giving every year. We have had invariably an interdisciplinary audience with backgrounds from physics, biology, medicine, math, computer science or other quantitative fields. We want this book to be a starting point for computational
人体にクマムシのDNAを付与することで、放射線に耐えられる人間を作る計画が進行中クマムシの体内にある「Dsup」というタンパク質は、放射線からDNAを保護する力がある 宇宙への進出は、人類最大の功績でありながら、常に危険と隣り合わせにあります。 微小重力や極低温という環境の中、宇宙飛行士たちは過酷なミッションを遂行しなければなりません。中でも宇宙に渦巻く放射線量は、地球の700倍以上におよび、被曝リスクがきわめて高いのです。 そこで専門家たちは、宇宙飛行士にクマムシのDNAを組み込むという大胆な計画を立てています。 クマムシは、生物界最強の耐久性を持つことで知られており、真空でも絶対零度でも死なず、多量の放射線を浴びても平気です。 研究を進めるワイル・コーネル大学（米）の遺伝子・生物学者クリス・メイソン氏は、「クマムシの能力を遺伝子的に掛け合わせることで、過酷な宇宙環境を耐え抜く人体が作れ
兵庫県立人と自然の博物館（三田市）と京都大学、東京大学が、昆虫の筋肉を市販の薬品に漬けるだけで半永久的にＤＮＡを解析できるようになることを発見した。この方法でデータを蓄積すれば、害虫が農薬への耐性を得る過程や、希少種を絶滅させる環境要因を調べるのに役立つという。今月２４日に科学誌で発表する。（門田晋一） 同館の中浜直之研究員（３０）＝保全生物学＝によると、標本を作るには昆虫を殺して乾燥させる方法が一般的だが、ＤＮＡは殺した直後から劣化し半年後には解析が難しくなるという。冷凍したり、エタノールに漬けたりすればＤＮＡの情報は残せるが、費用は１匹当たり１００円以上になる上、保管に広いスペースが必要になり、自然史系博物館ではあまり使われていない。 今回発見した方法は、保湿性があり、カビに強い液体で車のラジエーター液や食品添加物に用いる「プロピレングリコール」を使用。コオロギの脚の一部を漬けてプラス
ゲノム編集ツールの中でも、世界中の研究室で使われているのがCRISPR-Cas9です。CRISPR-Cas9を活用することで、遺伝子研究はこれまで以上に加速しています。 そこで当記事では、CRISPR-Cas9が開発された経緯から特徴、原理、弱点の克服法などを解説します。原理を正しく理解することで、トラブルシューティングにも対応できるようになります。 ※CRISPR-Cas9関連の無料のお役立ち資料はこちら CRISPR-Cas9の特徴を簡単にまとめると CRISPR-Cas9（クリスパー・キャスナイン）とは、DNAの二本鎖切断を原理とする遺伝子改変ツールです。部位特異的ヌクレアーゼを利用するゲノム編集ツールの中でも、簡便で安価という特長があります。 CRISPR-Cas9は、ガイドRNA（gRNA）と、ヌクレアーゼであるCas9から構成されます。gRNAは、標的とするDNA配列を特異的に
Bulletin of Japanese Society for Neurochemistry 58(2): 84-90 (2019)
脳は複数の異なる神経細胞種がそれぞれ時空間的に決まった順序で発火し、正常な認知・学習機能を発揮すると考えられている。特に、脳情報は神経ネットワークにおける特定の細胞種の神経発火パターン（周波数、発火タイミング、および異なる細胞同士の同期発火）にコードされていると考えられているが、個別の行動と神経発火パターンの関係は不明である。その主要な理由として計測手法が未発達であることが挙げられる。これまでの神経活動（神経発火、シナプス活動）計測には、電気生理学的手法により神経発火を計測する手法が汎用されてきた。この手法は高い時間分解能を有しているものの、細胞種および細胞の空間情報を厳密に同定することはできず、活動をしていない細胞に至ってはその存在を検出できない。近年、この脳情報を読み解くのに、発火に伴い細胞外のカルシウム（Ca2+）が細胞内に流入することを利用して、蛍光Ca2+センサーを用いた神経活動
テロメアの長さが細胞の分裂回数を制限していると考えられる（写真はイメージです） nobeastsofierce-shutterstock ＜米ジョンズ・ホプキンス大医学部の研究者たちが長いテロメアを持つ人たちの健康状態を調査したところ、毛髪などの若々しさが保たれていた反面、一般の高齢者に比べてがんになりやすいことが分かった。その理由をテロメアの発見史とともに解説する＞ 細胞核を持たない一部の生物（細菌や古細菌などの原核生物）以外の動物や植物は、真核生物と呼ばれます。染色体の両端に「老化のカウント装置」と考えられている「テロメア」と呼ばれる部分を持っています。 テロメアは、特徴的な繰り返し配列を持つDNAとタンパク質でできています。細胞が分裂するときは染色体の遺伝情報がコピーされますが、テロメアは重要な遺伝情報を確実にコピーできるようにする保護キャップの役割をしています。 また、細胞には分裂
福井県立恐竜博物館（同県勝山市）は27日、恐竜化石の発掘調査をしている同市の約1億2千万年前（前期白亜紀）の地層から5種のゴキブリ類の化石が見つかり、このうち3種が新種と判明したと発表した。国内の白亜紀の地層で複数種のゴキブリ類の化石が確認されたのは初めてで、研究チームは「ゴキブリ類の進化を理解する重要な手がかりになる」としている。 同館と九大などの共同研究で判明した。記者会見した同館の湯川弘一研究員や九大大学院理学府の大山望特別研究員によると、化石が見つかった地層はフクイサウルスなどの恐竜化石が多数出ている勝山市北谷町の手取層群北谷層。2009～15年に5種の前翅（ぜんし）の化石（最大長さ6・3～15・4ミリ）が発掘され、筋状の翅脈のパターンなどから種を詳しく分析した。 その結果、3種が新種と判明し、「ペトロプテリクス・フクイエンシス」「プラエブラッテエラ・インエクスペクタ」「プラエブラ
東海大海洋学部はこのほど、福井篤教授（６２）らの研究グループが駿河湾でクサウオ科深海魚の新種を発見したと発表した。火の玉のような形と色にちなんでスルガノオニビと命名し、論文が日本魚類学会の学会誌のオンライン版に掲載された。 ２０１４年から１６年にかけ、駿河湾の水深１４３２～１５６２メートルの調査で体長約２０センチの２個体を採集。歯の列数や胸びれの骨格などがほかの種類と異なることから、福井研究室の村崎謙太さん（２７）＝博士課程３年＝が中心となってまとめた論文で新種として報告した。 クサウオ科の深海魚は、魚類の中で最も深い海域に生息し、うろこがなくゼリー状の体表が特徴。同研究グループによる新種の発見は１７年の「スルガビクニン」以来４例目。新種は海岸から約１０キロ以内の地点で見つかり、福井教授は「人間の生活圏にまだ知られていない種があるということで非常に価値がある」と話した。 航空機事故想定し訓
「テレ東NEWS」がリニューアル！
「テレ東NEWS」は「テレビ東京ビジネスオンデマンド」と統合し、 日本最大級の経済動画配信サービス「テレ東BIZ」に生まれ変わりました。 「ワールドビジネスサテライト」「Newsモーニングサテライト」「ガイアの夜明け」「カンブリア宮殿」などテレビ東京の人気経済番組を始め、放送では見ることができない未公開動画やオリジナルコンテンツ、イベント動画など、2012年から9年分の動画5万本がぎっしり詰まっています。 「テレ東NEWS」で無料視聴が可能だったニュース動画は 「テレ東BIZ」でも無料でご視聴いただけますのでぜひご利用ください。
100年以上のなぞを解明 目の水晶体が透明なわけ：朝日新聞デジタル
目のレンズ（水晶体）が透明になる仕組みを、東京大の水島昇教授のグループが解明した。水晶体は、光の直進を妨げている「細胞小器官」が分解されてつくられるが、分解の仕組みは100年以上なぞのままだった。 細胞には、エネルギー分子をつくるミトコンドリアや、たんぱく質を合成する小胞体といった膜に包まれた細胞小器官が詰まっている。 これらが分解される際は、一般には「オートファジー」という細胞内のリサイクルの仕組みが使われる。水島さんは、大隅良典・東京工業大栄誉教授とオートファジーの仕組みを解明し、大隅さんは2016年にノーベル医学生理学賞を受賞した。 水晶体の細胞では、透明になる過程で細胞小器官が分解されていることが、100年以上前から知られていた。 だが、分解にはオートファジーが関わっておらず、別の仕組みが働いているとみられていたが未解明だった。 水島さんらは、実験しやすいゼブラフィッシュを使い、水
AASJホームページ > 新着情報 > 論文ウォッチ > ８月１７日 脳でわかっていても身体で反応できない（８月１５日号 The New England Journal of Medicine 掲載論文） 昨日Zoom開催した「大規模言語モデルと人間の脳を比較した研究論文」についてのジャーナルクラブをYouTube配信しているので是非ご覧いただきたいが（https://www.youtube.com/watch?v=lpzWzTTdcjc）、一般には難しい内容をうまく伝えられたか心配だ。ご覧いただいて、是非問題点を指摘してほしい。 ただ、このジャーナルクラブで伝えたかったのは、Transformer 誕生以前も脳活動と単語や意味を相関させるために機械学習を多用していた脳科学が、Transformer ベースの大規模言語モデルによってさらに新しい可能性を切り開いていることだ。大規模言語モデル
東京大学や北陸先端科学技術大学院大学などの研究チームは、植物原料を用いて最高の耐熱性能を持つプラスチックを合成することに成功した。これまでで最も高いセ氏740度を超える熱に耐えられる。燃えにくさが求められる航空・宇宙機器の部品などへの応用をにらむ。こうした高機能のプラスチックの生産は石油資源に依存しており、今回の成果は有望な代替手段となる。環境問題や将来的に石油資源が枯渇した場合に備え、プラス
「チャボ」はなぜ短足なのか 骨作る遺伝子に特徴、名大 ｜ 共同通信
翼と脚が短いユーモラスな姿で、古くから愛玩鳥として親しまれてきた、ニワトリの仲間の天然記念物「チャボ」は、骨の形成と、DNAの修復に関わる二つの遺伝子に特徴があることが分かったと、名古屋大と放射線医学総合研究所（千葉市）のチームが1日までに発表した。 人でもこれらの遺伝子に特徴がある遺伝性の疾病があり、名古屋大の鈴木孝幸准教授は「病気が発症する仕組みの解明や治療法の開発につながる可能性がある」とした。 チームは、チャボと普通のニワトリを交配して生まれた子を、さらにチャボやニワトリと何回も交配。生まれたニワトリや卵のDNAを調べた。
自己と非自己を分ける謎の細胞「制御性Ｔ細胞」とはなにか？（坂口 志文）
2020年のノーベル賞では、残念ながら日本人はその栄に浴することはできなかった。日本人科学者で受賞の候補として名前が挙がる中で、筆頭とされるのが、免疫学者で大阪大学特任教授の坂口志文氏である。 過剰な免疫反応を抑える制御性T細胞（Tレグ）の発見は、2015年のガードナー国際賞を始め内外で高く評価されており、2019年には文化勲章も受章した。新型コロナウイルスに世界が揺れている2020年には、免疫の世界で著名なコッホとエールリヒの名を冠した賞をダブル受賞している。Tレグの意義と今後の医療への応用の可能性などについて、お話をうかがった。 聞き手＝塚崎朝子 ジャーナリスト 免疫学にもう1つの道を拓いた研究 ――ロベルト・コッホ賞受賞、おめでとうございます。 坂口 ありがとうございます。免疫学における栄えある賞をいただき、光栄です。コッホと、その弟子であるベーリングと北里柴三郎は、いかにして免疫反
ストーリー by nagazou 2020年06月29日 13時18分 もしや絶滅より新種発見の速度のほうが早いのか 部門より ロサンゼルス郡立自然史博物館は、新型コロナウイルスによるパンデミックが発生したため、3月中旬に休館を余儀なくされた。そこで働く昆虫学コレクションマネージャーのリサ・ゴンザレスさんはすぐに仕事に戻れると踏んでいた。しかし、パンデミックは収まらず、博物館に戻るまでに時間がかかることが分かった（WIRED、slashdot）。 そこで彼女は自宅を研究室に変えた。彼女は博物館が市民科学プロジェクトを通じて収集した、何千もの昆虫をふるいにかけ始めた。顕微鏡を駆使して何十もの昆虫種を識別した。その過程で珍しい昆虫を発見することに成功した。彼女は発見した昆虫を、同僚の昆虫学の学芸員であるブライアン・ブラウンさんに引き継いだ。結果、小さなハエの新種9種の発見につながった。 今回の
2020/05/03 公開 MacでRNA-seqデータ解析 業者に委託を行う場合も含めて、塩基配列を読むためのコストが低廉化している。研究対象の生物についてRNA-seqを行い、目的の解析を行うという光景は、生物学の研究室では身近で日常的なものになりつつある。公共のデータベースには多数の塩基配列データが公開されているので、自分でシークエンスしなくてもダウンロードして研究に利用することもできる。もちろん、公開データの利用はプロの研究者だけでなく、一般の方々も自由にできる。パソコンがあって必要なソフトの使い方がわかれば、誰でも解析研究に挑戦できるのだ。 RNA-seqデータのアセンブル（バラバラの塩基配列データを遺伝子ごとにつなぎ合わせること）には、Trinityという無料のソフトウエアが使われることが多い。また、Trinityにはアセンブル後の解析に便利な様々なスクリプトが付属しているので
DNAやRNAに含まれる核酸塩基5種類、炭素質隕石から初めて同時検出
【▲ 初期の地球へ隕石によって核酸塩基がもたらされたことを示したイメージ図（Credit: NASA Goddard/CI Lab/Dan Gallagher）】北海道大学の大場康弘准教授を筆頭とする研究グループは、地球に落下した「炭素質コンドライト」（有機物に富む炭素質隕石）を分析した結果、デオキシリボ核酸（DNA）やリボ核酸（RNA）に含まれている5種類の核酸塩基がすべて検出されたとする研究成果を発表しました。 炭素質コンドライトには太陽系初期の様子を伝える古い物質が含まれています。これまでにも5種類の核酸塩基のうち3種類が隕石から検出されたことはありましたが、研究グループによれば、5種類が同時に検出されたのは今回が世界初のことだとされています。 ■隕石から5種類の核酸塩基を同時検出、二重らせん構造に欠かせない塩基対も地球の生命の遺伝情報を担うDNAやRNAには、それぞれ5種類の核酸塩
海洋研究開発機構や総合地球環境学研究所などの研究チームは、日本の川でとれるサケの多くは米国アラスカ州に近いベーリング海の大陸棚まで回遊していることを突き止めた。サケの背骨を分析して回遊経路を推定した。サケの資源管理には、遠方海域の環境変化にも目を配る必要があるという。サケは日本の川からオホーツク海や北太平洋西部などを回遊し、産まれた川に戻る。従来、回遊経路は各海域でサケを捕獲して推定してきた。
‘Biocomputer’ combines lab-grown brain tissue with electronic hardware
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光合成能力高める酵素改良に成功 CO2削減に期待：朝日新聞デジタル
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グーグルの元CEOエリック・シュミットやソフトバンク・ビジョン・ファンドが巨額投資する最先端バイオテック企業を取材しました。 遺伝子を組み替えた微生物は「魔法の箱」のように、必要な材料を入れると、欲しい素材がポンと出てくる。 実際は、そんな簡単ではないのですが、イメージとしてはそのような形です。初め仕組みを聞いても、本当にそういうことが行われているのか何度も確かめてしまうほど、私にとっては新しい発見に溢れている企業でした。 ザイマージェンは土壌や、池の水から微生物を採取し、そのゲノムを解析。DNAの情報とともに、微生物の特徴、組み替えを加えた微生物の特性なども合わせてデータを集めています。ちなみに、1グラムの土には、１億もの微生物が住み着いていると言われてます。 そのデータから、最もほしい物質を生み出す微生物を探し出し、遺伝子を変えて更に新たな微生物を作り出す。人がラボで手作業・・・という
台風に襲われた海鳥「オオミズナギドリ」は台風の目に向かって飛ぶ傾向にあることを、名古屋大大学院環境学研究科の依田（よだ）憲教授（動物行動学）らの研究グループが、約10年に及ぶ野外調査から発見した。台風で陸上に吹き飛ばされないようにする戦術と考えられるという。ほとんど解明されていない野生動物の自然の猛威への対処方法を解明した研究結果として注目される。 オオミズナギドリは体重約600グラム、羽を広げた翼開長約120センチで、日本や韓国の島で春から秋にかけて繁殖する。子育て期の8～11月、親鳥は餌探しのため巣を1日から2週間離れて時に1000キロ移動することがある。
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Machine learning for causal inference in Biostatistics
120度の高温に微生物群発見 海底下1200メートル掘削調査 ｜ 共同通信
６月２１日 ワクチンはT細胞反応誘導効果の検証が重要（６月１７日 Science Translational Medicine 掲載論文） | AASJホームページ
1万3000年前の大量絶滅は気候変動と人間活動のコンボが原因か - ナゾロジー
海の世界にも「受粉を手伝うミツバチ」のような存在がいた！ - ナゾロジー
ハダカデバネズミの長寿の秘密！老化細胞が細胞死を起こしていた - ナゾロジー
[20200528更新] 新型コロナウイルスのPDB公開構造一覧 - その１ : crisp_bio
生命誕生の謎、解明のヒントか…５種類の塩基すべて一つの隕石から検出
ビル・ゲイツも注目…「インターネット以来の大革命」の沸騰ぶり - ライブドアニュース
Computational Genomics with R
クマムシのDNAを人に組み込む計画が進行中 - ナゾロジー
https://jp.techcrunch.com/2020/08/03/2020-08-02-future-fields-is-tackling-cultured-meats-biggest-problem/
神戸新聞NEXT｜総合｜昆虫のＤＮＡ長期保存、簡単に 市販の薬品使用 人と自然の博物館など
CRISPR-Cas9とは？原理をわかりやすく解説！ - M-hub（エムハブ）
若々しさを保つ「テロメア」は延命効果よりがんリスクの方が高い？
恐竜の足元に「ゴキブリ王国」が？ 白亜紀の地層から新種3種の化石：朝日新聞デジタル
スルガノオニビ命名 駿河湾で新種の深海魚、東海大研究室が発見｜静岡新聞アットエス
８月１７日 脳でわかっていても身体で反応できない（８月１５日号 The New England Journal of Medicine 掲載論文） | AASJホームページ
植物から耐熱プラ 過去最高の740度超に耐える 東大など - 日本経済新聞
パンデミック中の自宅研究で新種の昆虫9種類が見つかった | スラド サイエンス
チョウが食草を見分けるしくみを探る | MacでRNA-seqデータ解析
サケ、ベーリング海大陸棚へ回遊 海洋機構など、経路を推定 - 日本経済新聞
メスはなぜ長生き？ 寿命を精子は縮め、卵子は延ばす 阪大など実験：朝日新聞デジタル
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オオミズナギドリは台風の目に向かって飛ぶ 10年の調査で発見 | 毎日新聞