DNA 塩基配列を文字列で表現する - Engine Trouble

(図1) この日記で書きたかったことを漫画にしました。 TL;DR DNA の塩基配列は ATGC の 4 文字からなる文字列で表現できます。 二本鎖 DNA や二本鎖 RNA を 1 次元配列で表現できるのは、塩基対によって相補鎖を求められるため。 DNA や RNA について調べるときに文字列の問題として計算機上で扱えば、文字列のアルゴリズムを適用できます。 NOTE: どうして専門分野外の DNA の話を？ 文字列アルゴリズムに関する論文やテキストを読むと、かならずと言っていいほど「DNA は ATGC からなる文字列で表せる」と書いています。 特に文字列の編集距離の話でよく登場します。 例えば、 Text Algorithms [MR] や Algorithms on Strings [MHL] といった書籍にも出てきますし、 O(ND) Difference Algorithm