Unity5.5からgradleでAndroidのビルドができるよ - Qiita

Unity5.5b6で確認しています。 Unity5.5では、Build Settingsに Build System という項目が増え、 Gradleによるビルドが選択できるようになっています。 つまり、build.gradle が使えるようになるということです。 とは言え、当面はbuild.gradleを手軽に編集することはできないようで、 一旦AndroidプロジェクトをExportするか、裏技的に PlaybackEngines/AndroidPlayer/Tools/GradleTemplates/ にあるテンプレートを書き換えれば一応変更できる、という状況のようです。 That is not supported in the first version. But... The templates used for creating the build.gradle files

[mk18]

“[追記] 5.5.2からは Plugins/Android/build.gradle で上書きしてくれるようです。 ”