分子動力学法ステップ・バイ・ステップ その3 - Qiita

はじめに Step 2では、ペアリストの導入とBookkeeping法を実装した。しかし、ペアリストの作成はO(N^2)だったので、これをメッシュ探索でO(N)に落とす。 今回のコードはgithub/kaityo256/mdstep/step3においてあるので、適宜参照されたい。 その1 $O(N^2)$のルーチンまで その2 ペアリストの構築とBookkeeping法 その3 メッシュ探索 ← イマココ その4 少しだけ高速化 その5 温度制御法を三種類実装してみる その6 圧力測定ルーチンの実装 メッシュ探索 要するに世の中を碁盤の目状(メッシュ)に切って、それぞれに通し番号を振る。そして原子がどの番地にいるかを住所録に登録してから、「12番地にいる人と相互作用する可能性がある人が住んでいるのは11番地、12番地、13番地に限られる(一次元の場合)」という状況を利用して住所