論文読みの日課について - ｼﾞｮｲｼﾞｮｲｼﾞｮｲ
かれこれ三年以上ほぼ毎朝論文を読んでいます。 ほぼ毎朝、というのは本当にほぼ毎朝です。この三年のうち読まなかった日はワクチンの副反応でダウンしている日など、あわせて 10 ~ 20 日ほどでしかありません。この日課だけでも 1000 本以上は論文を読んだことになります。 論文読みの日課についての知見が溜まってきたのでこの記事で共有します。 主な想定読者は研究者と学生の皆さんですが、それ以外の論文読みに興味のある皆さんにも有用な情報が詰まっているはずです。 日課の流れ Readable について 🧐 論文の選び方 自分の研究内容と直接関係あるものを読む（特におすすめ） 完全にランダムに選ぶ 被引用数の多い順に選ぶ（特におすすめ） トピックごとに重要な論文を読んでいく 研究者ごとに論文を読んでいく 📝 論文メモの書き方 ⏳ 時間を計測する 🤗 論文メモを公開する 📜 表現集の作成 🔨
どのように論文を読むか - FPGA開発日記
仕事柄論文を読む機会は多くあって、自分なりの読み方、まとめ方、深堀の仕方などはある程度ルーティンがあります。しかしそれが本当に最適解なのかどうかは分かりません。もっと自分に合ったやり方があるかもしれないし、今の方法がベストなのかもしれない。 "How to read a paper" という、論文、というか論文形式のメモがあり、これは当時カナダのWaterloo大学にいたSrinivasan Keshav先生が長年の経験からどのように論文を読めばよいのかというのをまとめたものになっています。これを読んでみて、なるほどなと思ったのでメモとして残しておきます。 ちなみに検索するとこの先生は現在はケンブリッジ大学の先生のようです。よく見てみると日本語に訳されている方もいるようで、原文と日本語訳は一読の価値があります。 http://svr-sk818-web.cl.cam.ac.uk/kesha
執刀医が男性だと女性患者の「術後死亡率」が32％も高まることが判明 | 医者も驚く思いがけないジェンダーギャップ
男性優位と言える医療の世界。やはり男性の医者のほうがより良い結果を残すものかと思いきや、外科医に焦点をあてた最新の研究によると、患者が「女性の場合」はむしろ逆なのだという。いったいなぜなのか？ ジェンダーは医療に関係するか 手術をしなければならなくなり、自分の執刀医を選ぼうというとき、いくつかの要因について考えるはずだ。費用はどのぐらいかかるか。予約はいつ頃取れるか。信頼できる筋からの紹介はあるか。世間の評判はどうか。 そうしたなか、医療格差について調べている医療研究者は近年、患者のケアの質に大きな影響を与えるかもしれない別の要因に注目している。担当医の「ジェンダー」である。そしてもしジェンダーが影響するなら、それはどの程度のものなのか。 医学雑誌「JAMA Surgery」に発表された論文によれば、執刀医が女性であるほうが、男性患者も女性患者も共に術後の結果が良好であることがわかった。女
史学科のゼミとか卒論とかって何やってるの
数学科の事情、すごく興味深く読んだ。 「数学の修得には時間がかかる」ことの概説 - Unhappy Go Lucky! ただ、文系学部の「研究」や「卒業論文」の位置づけとかについて、過大評価していただいているような気がしなくもない。日本語とは縁遠い言語を話す地域を専門とする史学科卒の人間として、「ゼミ」や「卒論」の位置づけについて語ってみたい。 ゼミで何をやっているかいやこれは本当に分野によるのだが、「研究」というよりも「勉強」をやっているところが多い。歴史学というのはまず史料に何が書かれているかを正確に読み解く必要があるのだが、その読み方を徹底的に叩き込まれる。場合によっては修士課程でもこれが続く。もしくは、研究文献の読み方を叩き込まれる。そもそも2・3年前まで高校生だった連中である。文系の研究書をどのように読むべきかよくわかっていない人も多いし、英語の本を通読なんてしたことないですとい
トップレベルのコンピュータエンジニアなら普段からチェックして当然の技術系メディアN選 - kuenishi's blog
〜〜が知っておくべきサイト20選とか、エンジニアなら今すぐフォローすべき有名人とか、いつも釣られてみにいくと全く興味なかったり拍子抜けしたりするわけだが、こういうのが並んでいたらあまりの格の違いに絶望してしまうだろうというものを適当に並べてみた。私が見ているわけではなくて、こうありたいと思っている私の願望である。どちらかというとインフラ系とか基盤系のものに偏っているが、あくまで私が興味ある一連の例だと思ってください。「これが入ってない！」というクレームは受け付けますので、是非教えてください。一緒に成層圏まで意識を高めましょう。 情報サイト、有名ブログ Software Engineering Radio : IEEEが主催しているソフトウェアエンジニア向けのPodCast。データベースからフロントエンド、暗号、ハードウェア、マイクロサービス、などなどとにかく多様なジャンルの最新のトピックの
査読で不正を見破ったときの話2 - 生物学研究者の言いたい放題ブログ
前書きは省略。前回の記事を参考にして欲しい。 2つめ、3つめのケースはコピペ。つまり剽窃だ。 2つめのケースでは少なくとも1段落丸ごとコピペされていた。不正を感づかせたポイントはただ1つ、単語間にスペースがなかったり、不自然な改行があったり。もはや人に見せる体のものとは思えなかった。 「いったいこの著者に何があったのか？」 「間違ったファイル形式のものでもアップしたのか？」 「読みにくいから文章くらいしっかり書かせろってエディターに連絡しようかな...」 などと考えている時にピンときた。 「これはPDFからコピペした時にたまになるやつや」 適当な文章をGoogleに放り込んだら見事にヒット。元ネタのURLをエディターに連絡して終了。所要時間は10分程度。時間は短いけどこんなことに使いたくないよ。多分、その段落以降もコピペだと思うがチェックしていない。 3つめのケースは自分の論文からコピペさ
査読で不正を見破ったときの話1 - 生物学研究者の言いたい放題ブログ
査読は面倒だ。最近はいくつかの雑誌でその年のreviewerリストを公開しているようで、それなりの雑誌に名前が載っているとうれしいのだが、それ以上でもそれ以下でもない。ただ現状では査読システムがないとうまく科学が回らないのも事実で、科学に少しでも貢献できればと思って自分の時間を削ってでも基本的に引き受けることにしている。 そしてこれまでに査読において3回「不正」のある論文に出会った。後進のためにも情報を記そうと思う。 1つめは少し前の話。査読で回ってきた論文がいわゆる捏造論文だった。研究室レベルでは過ちが起こらないように性悪説に基づいた対応も必要かと思うが、査読は性善説に基づいて行われる。いつぞやの事件の時になぜ査読者が捏造を見破れなかったのか？などと世間でも問題提起されていたこともあったが、そんなものは査読者の義務ではない。 ということで基本的によほど怪しい論文以外は捏造を疑いもしないの
arXivに「乗っかった」オープンな学術雑誌の試み（記事紹介）
2016年1月4日付けのNature誌記事で、物理学分野等で用いられているプレプリントサーバ”arXiv”に「乗っかった」（”piggyback”）新たな学術雑誌、” Open Journal of Astrophysics”の試みが紹介されています。 ” Open Journal of Astrophysics”は論文の投稿受付、出版ともarXivを活用する試みで、投稿者は自身の論文をarXivにアップロードした上で、その記事IDを雑誌システムに登録します。登録された原稿を確認した査読者がコメントを返すと、投稿者はすぐに査読コメントを閲覧することができます。査読に対する修正等も修正版を新たにarXivにアップロードすることで対応し、論文が受理された場合には、最終版をarXivにアップロードすると、DOIが付与され、雑誌サイトからリンクされるとのことです。arXivで公開されるので購読料が
研究生活最大のショック - 海の底には何がある
朝、交尾の後にメスの交尾器を壊してしまうクモを発見という記事がナショナルジオグラフィックのサイトに出ているのに気がついてのけぞる。この日記でもたびたび書いてきていた事だが、私もギンメッキゴミグモで交尾後にメスの交尾器が破壊され、それによりメスの再交尾能力が失われる事を発見していたからだな。種は違えども、全く同じ内容の研究だ。これは世界で初めての発見なので、私的には興奮して1年半いろいろ実験してきていたところ、全く同じ研究が他所から出たという事は、発見者は私じゃない事になってしまうわけで、とても辛い。実際は独立に二つの研究が行われていたわけだが、科学の世界では論文の出版が全てなわけで、いくら「私も見つけていた」って言っても仕方ないわけ。いや、こういう事は生き馬の目を抜く最先端の生命科学分野で起こるもので、まさかのどかな動物行動学分野に暮らす私がこんな経験をするなんて思わなかった。。。いや、本
役割語と翻訳、「外国人」のステレオタイプに関する読み物をいくつか紹介 - 誰がログ
はじめに 下記の記事が話題になっていて気になったので、簡単な（断片的な）読書案内などしてみます。色々考えていることもあるのですが、今いろいろなものに追われまくってて詳しく書く余裕がありません… 女性の言葉を変に翻訳するのをそろそろやめてほしい。｜Yuka Masuda｜note 役割語について簡単な読書案内を書きました。基礎文献の ヴァーチャル日本語 役割語の謎 (もっと知りたい!日本語) 作者:金水 敏岩波書店Amazonについてもこちらをご参照ください。 役割語（キャラクターとことばの結びつき）に関する簡単な読書案内 - 誰がログ 社会言語学、社会学、ジェンダー論、翻訳・通訳論から同じような問題を取り扱っている本も色々あるのだと思いますが、僕が詳しくなさすぎるのでここでは取り上げないことにしました。特に社会言語学、ジェンダー関連については誰か補足してくれないでしょうか。 おすすめ：金水
光強度の齟齬の原因 - An Acarologist's Blog
2014-12-24 光強度の齟齬の原因 論文 齟齬の原因の背景には，分野間の測定法の違いがありました． ぼくの場合は，学部・修士時代に植物環境工学（以下，植物分野）の研究室に所属し，そこで光の測定法を学びました． 一方，前記事のコメント欄にある著者の堀先生からの情報の通り，論文に記載されている機器を用いた測定法は，現在，昆虫の光応答の分野（以下，昆虫分野）ではスタンダードになりつつある手法であるようです． その後のメールのやり取りで，堀先生からは，一般に植物分野の光強度測定によく使用されるLI-Cor製ライトメーターによる測定データをいただきました． ぼくからもご紹介させていただきますと，測定された結果，「Fig.1aのショウジョウバエ蛹に照射しているグラフでの光強度は90 umol/m^2/s．ある天気が比較的良い日の太陽光の測定値（400～500 nm）は260 umol/m^2/s
青色光で虫が死ぬ論文がモヤモヤする件 - An Acarologist's Blog
青色光を当てると昆虫が死ぬことを発見～新たな害虫防除技術の開発に期待～ ネットで見る限り，ノーベル物理学賞（青色LED）とのタイミングもあって，けっこう話題になっている様子． ぼく自身，この研究を初めて学会で聞いたとき，可視光で虫が死ぬなんてホンマかいな？！と気になっていました． ↓当該論文はScientific Reports誌でオープンアクセス． Lethal effects of short-wavelength visible light on insects : Scientific Reports : Nature Publishing Group まず気になったところは，どのくらいの光の強さで死ぬのか？ 論文を読んでみると，90%以上のキイロショウジョウバエ（蛹）を殺す青色光の強度（光量子束密度）は，3.0*10^18 photons/m^2/s． photon数だとわかりに
「そのメーリングリストから私を外せ」と繰り返し書かれているだけの論文が受理される
International Journal of Advanced Computer Technology（IJACT）というコンピュータ科学分野のオープンアクセス（OA）雑誌が、“Get me off Your Fucking Mailing List”と題し、本文にも同じ内容が繰り返されているだけの論文を受理したことが、米コロラド大学デンバー校図書館のJeffrey Beall氏のブログで報じられています。Beall氏は著者の支払う論文投稿料（APC）を得ることだけを目的としている、いわゆるハゲタカ出版のリストを公開している人物です。 今回受理された論文は元々は2005年に、雑誌ではなく国際会議への参加を誘うスパムメールに抗議するために作成されたものです。タイトルだけではなく、本文も章立て等はなされているものの、本文は全てタイトルと同じ内容の繰り返しで、見出しも途中から全く同じ文の繰り
ＳＴＡＰ問題、理研調査委員長、辞任へ 自身の論文データに疑義＋（1/2ページ） - MSN産経ニュース
新型万能細胞「ＳＴＡＰ（スタップ）細胞」の論文不正問題で理化学研究所の調査委員長を務める石井俊輔・理研上席研究員らが執筆した論文に対し、インターネット上で疑義が指摘されていることが２４日、分かった。石井氏は同日、産経新聞の取材に対し委員長を辞任する意向を明らかにした。 この論文は乳がんを抑制するタンパク質に関するもので、平成２０年に理研などのチームが英学術誌に発表。石井氏が責任著者の一人になっている。遺伝子を調べる実験結果の画像の一部を入れ替えた改竄（かいざん）ではないかとの指摘が出ていた。 石井氏は取材に対し「オリジナルのデータがあり、不正な改竄ではない」と否定。その上で「疑義を指摘された以上、その部分を突かれると理研や委員会に迷惑をかける。調査委員長がこのような隙を作ってはいけない。不本意だが本日、理研に委員長の職を辞したい旨を伝えた。慰留されても意志は固い」と述べた。石井氏によると学
論文の種類の違い - 発声練習
追記：こちらの方がよりまとまっています。→ 論文の再投稿と多重投稿について IHARA Note：当たり前すぎて教えてもらえない研究のこと。 落ち着きのない三十路（数えで）：もっと当たり前すぎて教えてもらえなかった研究のこと． を読んで、全く内容は違うけども、当たり前すぎて教えてもらえなかった（尋ねるまで教えてもらえなかった）ことを私も書いてみようかと。以下は、私の知っている範囲のお話。分野によっては全く違うことがあるのでご注意を。また、私の理解が間違っている可能性も非常に高いので、ご指摘、ご教示大募集中。 何の話かというと論文投稿についての話。人工知能学会学会誌2008年5月号：「国際会議に通すための英語論文執筆」特集でもあるとおり、計算機科学・情報工学の分野は国際会議が研究発表の場としてかなりの地位を占めている。なので、学術雑誌だけでなく、国際会議も含めて述べてみる。 論文投稿は大きく
論文の再投稿と多重投稿について - 発声練習
まとめ 研究の完成度から、原著論文＞会議録掲載論文＞Letter, Communication＞Short paper, Technical report＞Postion Paper という関係 研究／論文内容を充実させ、上の完成度の論文形式に直して投稿するのはOK 論文の形式や発表媒体が違っていたとしても、同一内容ならば多重投稿とみなされる可能性が高い 使用言語が違っていたとしても、同一内容ならば多重投稿とみなされる可能性がある はじめに asahi.com: 東北大総長が論文「二重投稿」？ 共著者が取り下げ 東北大（仙台市）の井上明久総長が共著者として２００７年に学会誌に掲載された論文が、０８年の国際会議でも発表され、共著者が会議の報告集から論文を取り下げたことが９日分かった。多くの学会が不正行為の一つとして禁じている論文の「二重投稿」にあたるとして、研究者から批判の声があがっている。
小保方氏「ＳＴＡＰ細胞は２００回以上作成に成功」 NHKニュース
ＳＴＡＰ細胞を巡る問題で、理化学研究所の小保方晴子研究ユニットリーダーは、午後１時から大阪市内のホテルで記者会見し、冒頭で論文について疑念が持たれていることについておわびを述べた一方、「ＳＴＡＰ細胞は２００回以上作製に成功している」と述べ、ＳＴＡＰ細胞は存在すると改めて強調しました。 ＳＴＡＰ現象は何度も確認された真実 ＳＴＡＰ細胞を巡っては、今月１日、理化学研究所の調査委員会が論文のデータのねつ造や改ざんを小保方リーダーが行ったとする調査結果を発表したのに対し、小保方リーダーは８日、調査のやり直しなどを求める不服申し立てを理化学研究所に対して行いました。 これについて、小保方リーダーは、９日午後１時から大阪市内で記者会見を開きました。 弁護士と共に姿を現した小保方リーダーは、会見の冒頭で用意したコメントを読み上げ、ＳＴＡＰ細胞の論文に対して疑念が持たれていることについて、「私の不注意、不
小保方リーダー コメント全文掲載 NHKニュース
ＳＴＡＰ細胞を巡る問題で、理化学研究所の小保方晴子研究ユニットリーダーは、９日午後の会見を前に次のようなコメントを発表しました。 この度はＳＴＡＰ細胞に関する論文の作成に関し、私の不注意、不勉強、未熟さ故に多くの疑念を生み、理化学研究所及び共同執筆者の皆様をはじめ、多くの皆様にご迷惑をおかけしてしまったことを心よりお詫び申し上げます。 また、責任を重く受け止め、深く反省しております。本当に申し訳ありませんでした。 今日まで、筆頭著者である私から何も情報の発信が出来なかったことを重ねてお詫び申し上げます。 国際間をまたぐ２つの研究室で、２報分のＮａｔｕｒｅ論文のデータを同時にまとめ執筆していく作業は私の能力を遙かに越えていたのかも知れませんが、私はその時々に論文発表に向け全力で取り組んで参りました。 生物系の論文の基本的な執筆法や提示法について不勉強なままでの作業になり、それに加え私の不注意
William Strunk, "The Elements of Style" (Japanese Translation)
William Strunk, "The Elements of Style" (Japanese Translation) William Strunk, Jr., "The Elements of Style"は、ライティングの古典的テキストとして知られています。英語の文章が対象ではありますが、日本語のライティングにおいても参考になる部分があります。例えば「III 基本的な文章構成の原則」では、実用の文章や論文を書く際に役に立つパラグラフライティングの基本が解説されています。基礎の基礎しか書かれていないし、もういい加減古くなったという声もありますが、まだ有用な場面もあるでしょう。 同書籍は改訂されて現在第4版（2000）まで版が進んでいますが、第1版（1918）はパブリックドメインに置かれています。第3版は日本語訳（William Strunk Jr., E.B.White 著, 荒竹
STAP細胞問題から見えた市民と科学者の乖離ー後編 | Chem-Station (ケムステ)
一般的な話題 STAP細胞問題から見えた市民と科学者の乖離ー後編 2014/3/22 一般的な話題, 化学者のつぶやき, 論文 投稿者: ペリプラノン 前回のポストでも指摘したように科学で最も重要視されるのは論文です。 学会発表は妙な内容でも可能で、物理学会では珍妙な自説を展開する怪しい人(?)たちのセッションが用意されてると聞いたことがあります。 書籍は自由になんでも創作することができますし、特許も新規性が重視され、科学的な正しさの裏付けは不十分なことがあります。 では学術論文はその他と何が違うのでしょうか？それは科学者たちが脈々と受け継いできた科学の正しさを担保する制度作りにありました。ここで学術論文がどのようにして世に出て、どうなっていくのかをあらためて解説したいと思います。論文の仕組みを理解していただくとSTAP細胞問題のどこが問題なのかがすんなりとおわかりいただけると思います。
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