腸内細菌には「善玉菌」「悪玉菌」「日和見菌(ひよりみきん)」の3種類があり、それぞれ作用やからだに与える影響が異なります。 この腸内細菌は、年齢によって割合が変わってきます。 代表的な腸内細菌は作用によって3種類に分類されます。 善玉菌は消化吸収の補助や免疫刺激など、健康維持や老化防止などへ影響がある菌で、代表的な菌にはビフィズス菌や乳酸菌があります。 反対に悪玉菌はからだに悪い影響を及ぼすとされ、代表的な菌にはウェルシュ菌・ブドウ球菌・大腸菌の有毒株があります。 また日和見菌は健康なときはおとなしくしているが、からだが弱ったりすると腸内で悪い働きをする(日和見菌感染症の発症)菌で、代表的なものにバクテロイデス・大腸菌(無毒株)・連鎖球菌があります。
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