ImageJ Fiji のインストールと Fiji - バイオ系だけどプログラミング始めました
目次 目次 ImageJ について Fiji について Fiji のインストール Windows へのインストールについて Mac へのインストールについて Linux へのインストールについて 論文への引用 ImageJについての書籍やリンク ImageJ について ImageJとは、Java というプログラミング言語で書かれた画像解析のためのソフトウェアです。 ImageJ - Wikipedia ImageJ はオープンソースソフトウェア、つまり、どういういう仕組みでプログラムが書かれているかが公開されています*1。Java で書かれているので、OS に依存せず Windows、Mac、Linux 上で同様に動作することが特徴です。 オープンソースで、かつ誰もが自由に使うことができ、プログラムが画像をどういう処理をしているかが明確なので科学技術計算に向いているため、広く使われています
ImageJ Fiji + Python で画像解析プログラムを書こう（前編） - バイオ系だけどプログラミング始めました
目次 目次 ImageJ と Python ImageJ で動かす Python の特徴（この項目は意味が分からなければ読み飛ばしてもかまいません） ImageJ で Python を動かそう 1. Hello World! 2. 計算 ImageJ と Python ImageJ Fiji には画像解析のためのプラグインのほかに、スクリプトを書くためのエディターと実行するための機能が付属しています。ImageJ のスクリプトは幾つかのプログラミング言語や元々の ImageJ のマクロを用いて記述でき、その中に Python （厳密に言うと Java 上で実装された Python なので Jython になります）が含まれています。ImageJ 上での Python のエディターと実行のための機能は元々の ImageJ は付属していないため、Python を ImageJ で動かすためには
ImageJ で米粒（細胞）を数えて解析しよう。 - バイオ系だけどプログラミング始めました
目次 目次 概要 動画 米粒の画像を開く 閾値を決める バックグラウンドの減算 米粒のカウントと定量的解析 謝辞 概要 ImageJ には色んな機能がありますが、一方で使い始めたばかりの時はコマンドの多さに圧倒されてしまいます。目的の解析をするためにいったいどのコマンドを選べばいいのかよくわからない状態になりがちです。 そこで、この投稿では「米粒の数を数える」「それぞれの米粒の大きさ・輝度・形の情報を定量的に解析する」という作業を通して ImageJ の機能を体験してもらおうと思います。 今回は例として米粒を解析しますが、米粒を細胞に置き換えればあなたの研究に応用できるかもしれません。 今回の解説は ImageJ Fiji で行うことを前提に書いています。Fiji について、Fiji のインストールについてはこちら。 ImageJ Fiji のインストールと Fiji - バイオ系だけどプ
1
リリース、障害情報などのサービスのお知らせ
最新の人気エントリーの配信
処理を実行中です
j次のブックマーク
k前のブックマーク
lあとで読む
eコメント一覧を開く
oページを開く
