実験データ解析再入門：論文を「フェイクニュース」にしないために
脳科学若手の会ワークショップ（2022.3.13） 神谷之康（京都大学・ATR） 概要 概念や仕組みをよく理解しないまま実験データの解析で使っている統計手法はありませんか。神経科学では大規模で多様なデータ取得が可能となり、統計解析の重要性が増しています。昔なら比較的無害だった統計の誤用が致命的な偽陽性を生み、論文を「フェイクニュース」にしてしまうことがあります。このワークショップでは、実験データ解析で最近よく使われるが授業ではあまり学ばない、効果量、サンプルサイズ設計、多重比較補正、交差検証、混合モデル、ベイズ推論、因果推論などの考え方のキモを、演習を交えて解説します。その後、参加者が作成する実験の事前登録（プレレジ）のサンプルについてディスカッションし、オープンで再現可能な研究実践法を身につけることを目指します。
水は変わった物質
水はありふれた物質? 変わった物質? 岡山大学 異分野基礎科学研究所 松本 正和 (理科教室2019年7月号に寄稿) 水に満ちあふれた世界 宇宙から地球を眺めると、水と雲と氷(雪)がほぼ全表面を覆っています。生物は水の中で発生し進化してきました。私たちの生活も水に深く結びついていますし、科学・工業・食品・農業・医療などのさまざまな産業も、水とは切離せません。あまりに身近であるために、私たちは物質の性質を考えるときに、ともすれば水が普通だと考え、水を基準にして比較してしまいがちですが、ほかの物質と比較すると、水はいささか変わった性質を持っています。例えば、汗をかいたり水に氷をうかべて飲んでいる時に、水の異常性を実感する人はまずいないと思います。しかし、他の物質と比べて水の蒸発潜熱は非常に大きいし、融ける時に体積が縮む物質は非常に稀です。水に隠された変わった性質はどのくらいあるのかは、水だけを
LK-99は本当に常温常圧超伝導を達成しているのか - 理系のための備忘録
先月末、「常温常圧で超伝導を示す物質が作成できた」というニュースが飛び込んできた。合成の成功を主張しているのは韓国の高麗大学の研究チームである。超伝導転移温度は歴代最高温度を大幅に塗り替える127℃と報告されており、これが常圧（大気圧）下で超伝導性を発現するとのことである。現在様々な追試が世界中で進められており、ネット世界をリアルタイムで大いに騒がせている。 本稿では、現時点におけるこの周辺の状況について情報を整理したい。 プロローグ：Lu-HN系の超伝導性？ 時はやや遡り、今年の3月。アメリカ合衆国ロチェスター大学の教授であるランガ･P･ディアス（Ranga P. Dias）の研究グループは、294 K（≈ 20.85℃）、1万気圧（≈ 1 GPa; 1ギガパスカル）の条件で含窒素ルテチウムハライド結晶（Lu-HN系）が超伝導性を示すと主張する成果をNature誌において報告した[1]。
タンパク質構造予測・検索は生物学史に新たな章を開いた、かつてのBLASTのように - 殺シ屋鬼司令II
「構造生物学なんもわからん」生物学者でもさわれるのが大事 AlphaFoldの吐く構造をわからんなりにぐりぐりしててわかってきたのは、生物学は完全に新しい章に入った。 thinkeroid.hateblo.jp いきなり大風呂敷広げるやんけ、と思うかもしれないが、こういう状況を私は密かに予見していたというわけではないけど、構造を予測し比較して検索する一連のラインが個人的に欲しい、と思っていた。それがAlphaFoldとその後にでたツールで実現したということだと考えている。 なぜそんなことを考えていたのか？ それは最近、2020年頃までに立て続けに、「配列的な類似性は低い（有意な類似性が見い出せない）が、構造はどう考えても似ている（そして機能的にも非常に似ている）」という研究発表が近い分野で続出したからである。 例えば典型的な例としては2017年にScience誌に掲載された研究だ。 Hol
「恐竜図鑑―失われた世界の想像／創造」展 - logical cypher scape2
上野の森美術館にて行われたパレオアート展。 19世紀に描かれた黎明期の古生物復元画から、ナイトやブリアンの作品群、日本の恐竜関連古書やグッズのコレクターである田村博によるコレクション、さらに現役のアーティストらによる作品群などが展示され、恐竜・古生物のイメージの時代的変遷を追う展覧会となっている。 企画のテーマ自体が珍しいだろうし、実際、なかなか一堂に会することのないだろう作品が揃っているので一見の価値ありだと思う。 パレオアートって一体何だ？！ 古生物を科学的な証拠に基づいて復元した上で描いた絵、というのが教科書的な説明だが、そういうことではなく、何というか、このパレオアートなるジャンルは一体何なのか、というのが見ているうちにどんどん分からなくなってしまった。 おそらくこれは、美術館という場所で、このように作家別などで展示されているところを見ていったからかもしれない。 これらの絵は、普通
古代～中世～近代の天文学史にありがちな誤解 - QmQの日記
プトレマイオスは円をたくさん使うか？ まず、プトレマイオスは惑星の黄経の説明には円を二つしか使わない。そんなに円をたくさん使ったら、古代の貧弱な数学では使いこなせません。そして、後世も円の数は増えません*1。「現象に合わせるために円の数を増やして対応したが、複雑になりすぎて崩壊した」といった解説も昔はよくあったのですが、ほとんどフィクションと言って良いと思います。 データに合うだけなのか？円に意味はないか？ 各々の円には、割合とはっきりとした意味があります。プトレマイオスも惑星の動きと太陽の動きに関係があることは気が付いており、二つの円の片方は太陽の影響、すなわち地球の自転の効果を表現しています*2。 その結果プトレマイオスの理論は、惑星の距離の変動も正確に再現してくれます。惑星までの距離は当時計測できませんから*3*4、これは奇跡といってよいと思います*5*6。 のちに、コペルニクスはプ
ワクチンの直接的な効果と間接的な効果：学校におけるコロナからの実証結果 - himaginary’s diary
というNBER論文が上がっている。原題は「Direct and Indirect Effects of Vaccines: Evidence from COVID-19 in Schools」で、著者はSeth M. Freedman（インディアナ大）、Daniel W. Sacks（ウィスコンシン大学マディソン校）、Kosali I. Simon（インディアナ大）、Coady Wing（同）。 以下はその要旨。 Vaccines influence the course of pandemics both directly, by protecting the vaccinated, and indirectly, by reducing transmission to the unvaccinated, a key externality. Estimating direct effe
ロボット研究のための脳と心のモデル
ヒトと共生するロボットの開発には、脳や心の理解が重要であると考えられる。神経科学や心理学において脳と心に関するさまざまなモデルが提案され、ロボットの設計思想としても取り入れられてきた。しかし、神経科学や心理学の知見は本当にロボットの開発に役立ってきたのだろうか。そもそも、その知見は信頼できるものだったのだろうか。今回のミーティングでは、代表的な脳と心のモデルを批判的にレビューし、今後のロボット開発の指針となりうるモデルについて議論するための話題を提供したい。
専門家と街の接着剤を見て歩く
パッと見える視界の中に絶対とは言えないまでもほぼ確実に存在するものがある。空気や水、都市においては接着剤もその一つだろう。専門家と一緒に街を歩くシリーズ、なんと今日は接着と接着剤を見て歩くのである。 50年接着剤メーカーにいる専門家と歩く 今回一緒に渋谷を歩いてくれる木村修司さんは接着剤メーカー・セメダイン勤続50年超の最古参社員だそう。検索をすると「接着剤博士」という異名まで出てくる。 接着剤について聞くうえではうってつけの方である。 一方、不安もある。街の接着剤を見ると言ってもそんなに話すことがあるのだろうか。違いが微妙すぎやしないか。だが聞いてみるとおもしろい話がたくさんあった。 セメダインの木村修司さん（左）デイリーポータルZ林雄司（右） ビルのガラスは接着剤でついている 渋谷の駅前からスタートです 林：たとえばこの景色で接着剤使ってるところって考えると…。 木村：いっぱいあります
天の川銀河中心のブラックホールの撮影に初めて成功 | 国立天文台(NAOJ)
史上初の天の川銀河中心のブラックホールの画像。これは、私たちが住む天の川銀河の中心にある巨大ブラックホール、いて座A*の姿を初めて捉えた画像です。この天体がブラックホールであるということを初めて視覚的に直接示す証拠です。地球上の8つの電波望遠鏡を繋ぎ合わせて地球サイズの仮想的な望遠鏡を作るイベント・ホライズン・テレスコープ（EHT）によって撮影されました。望遠鏡の名前は、光すらも脱出することのできないブラックホールの境界である「イベント・ホライズン（事象の地平面）」にちなんで名付けられました。ブラックホールは光を放たない完全に漆黒の天体であり、そのものを見ることはできません。しかし周囲で光り輝くガスによって、明るいリング状の構造に縁取られた中心の暗い領域（「シャドウ」と呼ばれます）としてその存在がはっきりと映しだされます。今回新たに取得された画像は、太陽の400万倍の質量を持つブラックホー
「種の保存のための進化」はどこが誤りなのか｜河田 雅圭
「種の保存あるいは種族維持のために生物は進化した」という俗説が、未だに一般的に広く語られています。進化生物学のなかでは、この考えは受け入れられていません。本稿は、この俗説のどこが正しくないのか、について解説しました。 補足として、生物学者でも誤解が多い「生物の死の進化」と「有性生殖の進化」についての簡単な解説も載せました。 本記事を修正・加筆した記事が、以下の新書の第3章に収録されています。 レミングの集団自殺? レミングとは、主にツンドラ地域に生息するネズミの仲間で、3年から4年周期で個体数が急激に増減することが知られている。特に、レミングイヤーと呼ばれる年には、その数は激増し、集団移動をすることがある。この集団移動の時に、多くの個体が海に飛び込み「集団自殺」をするという"迷信"が広まった。この迷信の原因の一つが、1958年に制作された「白い荒野」というディズニーの映画である(ムービー1
【コラム】大規模噴火に伴い発生した大気・海洋の変動について＜トピックス＜海洋研究開発機構
この度の噴火や津波によって亡くなられた方に哀悼の意を表するとともに、被害に遭われた方にお見舞い申し上げます。 日本時間の1月15日13時頃、トンガのフンガトンガ・フンガハアパイ火山が噴火し、これに伴う大きな気圧変動が世界的に観測されました。日本においては、20時から21時頃にかけて2hPa程度の気圧変動が観測され（※１）、これとほぼ時を同じくして、潮位変動が観測（※２）されました。この海面変動は、火山噴火に伴う地殻変動などで発生したと考えられる津波よりも早く伝わってきたことや、潮位変動が火山から陸地を隔てたカリブ海などでも観測（※３）されたことなどから、気圧の変動が海面変動を引き起こした可能性が指摘されています。このような気圧の変動で引き起こされる潮位変動は「気象津波(meteo-tsunami)」（※４）と呼ばれています。その一方で、今回観測された潮位変動には多くの謎も残されています。こ
真鍋氏ノーベル賞でついに光、気候モデラ―たちの試行錯誤
気候モデルは、温暖化のレベルを予測し、気候変動が自然災害の直接の原因であることを突き止めている。その有効性が激しく批判された時代もあったが、今年は気候モデラーがノーベル物理学賞を受賞するまでになった。（PHOTOGRAPH COURTESY NASA） 10月5日、気候モデル開発の先駆者である真鍋淑郎氏とクラウス・ハッセルマン氏が、理論物理学者のジョルジョ・パリージ氏とともにノーベル物理学賞を受賞した。ノーベル物理委員会のトールス・ハンス・ハンソン委員長は、「気候に関する私たちの知識が、観測結果の綿密な分析に基づくしっかりした科学的基盤の上に成り立っていること」を称えるものだと語った。 気候モデラー（モデル開発者）は、地球科学や惑星科学の専門家であり、応用物理、数学、計算科学分野の経験をもつことも多い。彼らは物理学と化学を用いて方程式を作成し、スーパーコンピューターに入力し、地球や他の惑星
「このままでは8割減できない」 「8割おじさん」こと西浦博教授が、コロナ拡大阻止でこの数字にこだわる理由
Search, watch, and cook every single Tasty recipe and video ever - all in one place! News, Politics, Culture, Life, Entertainment, and more. Stories that matter to you. 「このままでは8割減できない」 「8割おじさん」こと西浦博教授が、コロナ拡大阻止でこの数字にこだわる理由緊急事態宣言も出て、新型コロナウイルスの流行拡大を防ぐため人との接触を8割減らすことが求められている。ところが、緊急事態宣言直前に誰かに資料の数値が書き換えられ、「7〜8割削減」「6割でもいいのか」など、様々な数字が出回っている。8割削減という目標をはじき出した「8割おじさん」こと西浦博さんを取材した。
EM菌の正体（構成微生物を調べました）｜片瀬久美子
EM菌は、元々農業用の微生物資材として堆肥作りを目的として開発されましたが、「農業、環境、健康、食品加工、化学合成、工業、エネルギー、土木建築など広範囲で応用可能であり、従来の微生物関連資材の常識をはるかに超えたものである」としてあたかも万能であるかの様に宣伝されるようになりました。しかし、そのほとんどは科学的根拠に乏しく「ニセ科学」だと批判されています。 参考：疑似科学とされるものの科学性評定サイト（明治大学科学コミュニケーション研究所） http://www.sciencecomlabo.jp/health_goods/effective_microorganisms.html これまではEM菌を構成する微生物が大まかにしか明かされておらず、「特殊な善玉菌の集合体」という幻想が守られてきました。そこで、最新技術である「メタゲノム解析」（メタ16S解析とメタITS解析）により、網羅的に構
コンピュータ以前の数値計算(1) 三角関数表小史 -
現代の三角関数計算 三角関数の値を計算する方法として、現代人が素朴に思いつくのは (1)いくつかの角度に於ける値を事前に計算しておき、一般の場合は、それを補間した値を使う (2)Taylor展開の有限項近似 の二つの方法だと思う。Taylor展開を使う場合、角度をラジアン単位に変換する必要があるので、円周率を、ある程度の精度で知っていないといけない。 コンピュータ用に、もう少し凝ったアルゴリズムが使われることもある/あったらしいけど、今のコンピュータでは、(2)の方法が使われることが多い。例えば、Android(で採用されているBionic libc)では、アーキテクチャ独立な実装は、単純なTaylor展開を利用するものになっている。 https://android.googlesource.com/platform/bionic/+/refs/heads/master/libm/upst
『植物たちの戦争』 - 殺シ屋鬼司令II
植物たちの戦争 病原体との５億年サバイバルレース (ブルーバックス) 作者: 日本植物病理学会出版社/メーカー: 講談社発売日: 2019/03/13メディア: Kindle版この商品を含むブログを見るよくきたな。この本は抜群に面白かった。過日公開したウイルスの話題とも関連するのだが、植物分野でも当然ウイルスは大きな関心が集まっている。 thinkeroid.hateblo.jp 当節流行といえば、タピオカである。タピオカはキャッサバという植物の芋（根）から作られる。キャッサバはアフリカの熱帯サバナ気候のような地域でよく生育する。生産性がものすごい。アフリカはいま人口がものすごいから、ものすごい地域のものすごい人口を養うものすごい作物が必要で、それがキャッサバだ。だからアフリカで生産されている量もものすごい。もともと生えていたのはブラジルあたりだが栽培されはじめたのは1万年……MEXICO
脳と機械をつないでいいのか？ ～「BMIの倫理」の議論をもう一度始める～ - 重ね描き日記（rmaruy_blogあらため）
先月、イーロン・マスク氏が率いるNeuralink社の発表が話題を呼びました。 これは、同社が開発した脳とコンピュータをつなぐ技術、いわゆるブレイン・マシン・インターフェース（BMI）の最新の成果に関するものでした。細いファイバー状の電極を、ロボット技術を駆使して脳に何本も刺し、数千か所からの脳活動の記録、および脳細胞への刺激が可能になった、そして、来年には人間での臨床試験を目指すといいます。 この発表の概要と科学的なインパクトについては、紺野大地（@Daichi__Konno）さんによる記事にまとめられています。 イーロン・マスクとNeuralinkは脳科学をどう変えるのか｜Daichi Konno｜note そんなことしていいの？ 「人間の脳に電極を刺して、コンピュータとつなぐ」。こう聞いて、どう思われたでしょうか。「医療行為としてならありかも…」といったあたりが常識的かもしれません。
リリース、障害情報などのサービスのお知らせ
最新の人気エントリーの配信
j次のブックマーク
k前のブックマーク
lあとで読む
eコメント一覧を開く
oページを開く
ジェフリー・エプスタインのような高額寄付者は、「科学をむしばむ」危険性をもちあわせている
『〈現在〉という謎』をめぐる議論