この記事はPerl Advent Calendar 2017の14日目の記事です。 先月始めにアドベントカレンダーを知ったのですが、どの記事も面白くてためになりますね! その流れをぶった切って、Bio::Perlの苦い経験を書いてみました。 序盤の文章は、ほぼPerlと関係ありません。 ニッチな分野でにっちもさっちも行かなかった、消化不良な結果であることをご了承ください。 解決策がもらえると嬉しいです! 始めに 現在、バイオインフォマティクス1という名のもとに、Ensembl2から取得したラットの塩基配列3のうち、snoRNA4群をNCBI5のサイト6でブラスト7しています。 今回は、ブラスト対象、被ブラスト対象がどちらもラットの塩基配列8でなければなりません(重要)。 この全自動化を試してみました。 理想郷 PlantUML文 以下、各アクションについて説明します。 1. Ensembl