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GeneFisherとGeneWalkerのサイトを利用したPCR用ユニバーサルプライマーの設計と確認方法の概説。 設計元配列の取得 特定分類群全体で利用可能なユニバーサルプライマーの設計には設計元の配列が必要。まずは何という遺伝子の領域を使うかを決める。これには、対象分類群内でそれなりに系統的に遠そうなゲノムが解読されている種間でゲノム対ゲノムのBLASTを行ったり、過去の研究から当たりを付ける。遺伝子に当たりが付けられない場合はそのまま次へ。 ターゲットとする領域が決まったら、NCBI Taxonomy Browserで対象分類群か、対象分類群を含む上位分類群名を入力して検索→分類群名を選択→右上の「Entrez records」テーブル内にある「Nucleotide」を選択してその分類群の塩基配列データリストを表示させる。検索ボックスに遺伝子名やキーワードを追加して絞り込む。必要なら
Parallel::MPI::SimpleモジュールからMPIを用いることでPerlスクリプトをPCクラスタ上で並列に走らせることができる。詳しくはCPANのドキュメントを参照。 コード例 use strict; use Parallel::MPI::Simple; MPI_Init(); my $rank = MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD); if ($rank == 0) { my @work = 1..100; MPI_Bcast(\@work, 0, MPI_COMM_WORLD); &echo(\@work, $rank); } else { my $work = MPI_Bcast(undef, 0, MPI_COMM_WORLD); &echo($work, $rank); } MPI_Finalize(); sub echo { my $work
分子系統学演習 - データセットの作成から仮説検定まで このページでは、テキスト『分子系統学演習 - データセットの作成から仮説検定まで』と関連ファイルを提供しています。 テキスト 2015年度版HTML(2015年10月20日更新) 2015年度版PDF(2015年10月20日更新) 2015年度版EPUB(2015年10月20日更新) 2015年度版mobi(2015年10月20日更新) 第222回農林交流センターワークショップで作成したデータファイル 第222回農林交流センターワークショップで用いたスライド 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成:講義編 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成:実習編 分子進化の統計モデリングとモデル選択:講義編 分子進化の統計モデリングとモデル選択:実習編 最尤系統樹推定と系統樹の信頼性評価:講義編 最尤系統樹推定と系統樹の信頼性評価:
[リンク集] 系統学関連リンク集 系統学・系統解析に関するサイトへのリンク集。網羅的なのがお望みであればPHYLIPのサイトにあるPhylogeny Programsのページをご覧あれ。 ソフトウェア PAUP* 定番の系統解析ソフトウェア。最尤法、最節約法、距離行列法で系統推定が可能。多くの塩基置換モデルに対応している。 PHYML 最尤法による高速な系統推定プログラム。フリーな系統推定ソフトの中では最も多くのモデルに対応している。最新版3.0でこれまでのNNI樹形探索だけでなくより広範囲を探索するSPRにも正式に対応した。 Treefinder 最尤法に対応している系統推定ソフト。系統樹の描画とPostScriptファイルへの出力などの機能があり、便利。分岐年代の推定もできる。mixed modelにも対応している。モデル選択や仮説検定にも対応しており、使い勝手と機能が両方とも秀でてい
このサイトは生物学研究者、田邉(田辺)晶史の公式個人Webサイトです。筆者の研究活動などについて掲載しています。ご連絡は まで。 自己紹介 博士(生命科学)。現在は東北大学大学院生命科学研究科助教。専門は群集生態学、進化生態学。研究対象は魚、二枚貝、水生昆虫、プランクトンなど。 履歴 1980年11月26日 三重県久居市(現津市)に生まれる 1987年4月 久居市立誠之小学校入学 1993年3月 久居市立誠之小学校卒業 1993年4月 高田中・高等学校6年制入学 1999年3月 高田中・高等学校6年制卒業 1999年4月 静岡大学理学部生物地球環境科学科入学 2003年3月 静岡大学理学部生物地球環境科学科卒業 2003年4月 東北大学大学院生命科学研究科生態システム生命科学専攻博士前期課程入学 2005年3月 東北大学大学院生命科学研究科生態システム生命科学専攻博士前期課程修了 2005
[系統解析のための色々] phredによるベースコール オートシーケンサから得られるデータは塩基配列そのものではなく、多くの場合各塩基に対応した波長光のシグナル強度の時間的変化を記録した波形ファイルとなっている。シーケンサの制御ソフトが標準でそのデータから塩基配列を読み出す(この操作をベースコールと呼ぶ)ものもあるが、エラーの有無を確認したり、信頼性を評価するには直に波形ファイルを扱った方がよい。 ここでは、優秀なベースコールソフトウェアであるphredを利用して日立製スラブゲル型オートシーケンサSQ-5500から得られるSCFファイルと、AppliedBiosystems製キャピラリ型オートシーケンサPrism 310および3730xlから得られるAB1ファイルからベースコールを行い、phredが出力するベースコールの信頼性と波形を同時に参照しながら配列を確認・編集するまでを説明する。S
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