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並列ファイルシステム、或いは分散ファイルシステムと呼ばれるものが最近のPCクラスタでは標準となっています。 これらは複数のサーバ、複数のストレージデバイスを仮想的に1ボリューム化し、更に共有ファイルシステムとしてサービスすることが出来ます。 並列ファイルシステムは大規模システムのものと思いがちですが、計算ノードが数十台以下の小さなシステムでも大きなサイズのファイルを扱うプログラムでは絶大な効果を発揮します。 最近では選択肢が増えたこともあり、規模が小さければそれに合わせた低コストの並列ファイルシステムを作ることも容易になりました。 この解説では並列ファイルシステムの代表的なものとしてLustre、GPFS、GlusterFS、Panasas ActiveStorを紹介したいと思います。(※Panasas ActiveStorはサーバなどハードウェアを含むアプライアンス製品ですが、独自の並列
インテル®MICアーキテクチャ初の製品としてXeon Phi 5110Pが発売されました。 各メーカーからも搭載製品が順次発売される予定です。 今回はMICでのはじめてプログラミングを行うユーザに向けてインテルコンパイラの利用方法を紹介します。 MICのプログラミング手法として以下が可能です。 OpenMPプログラミング MPIプログラミング OFFLOADプログラミング 実際にはこれらを混合したハイブリッドMPIプログラミングが実用的だと思います。 以降に、簡単な例を交えてコンパイルと実行方法を紹介します。 また、本書は既にMPSSパッケージとインテルコンパイラ2013(C++、Fortran)、及びインテルMPIライブラリ4.1がインストール済みであることを前提とします。 OpenMPプログラム 基本的にC、C++、FortranのプログラムはMIC用のオプションを付けてコンパイルし直
Lustre(ラスター)ファイルシステムは代表的なクラスターファイルシステムの一つです。 そのパフォーマンスの高さと、オープンソースという公共性もあり、クラスタファイルシステムのなかでは最もユーザ数が多いと思われます。 Lustreの生い立ちはあまり幸運なものではなく、色々な企業の手を経てきました。 今回ご紹介するのは2012年にインテルに買収されたWamcloudが公開しているLustre-2.1.4のrpmを元にしています。 Lustreの主な特徴、簡単なケースでの構築手順、利用方法をご紹介します。 目次 Lustreの特徴 Lustreの構築手順 Lustreの利用方法 1. Lustreの特徴 Lustreファイルシステムの主な特徴は以下の通りです。 メタデータとストレージの分離 LustreのサーバはMDS(メタ・データ・サーバ)とOSS(オブジェクト・ストレージ・サーバ)の二種
GlusterFSは2011年にRedHatが買収し、2012年からRedHat Storage 2.0 というオペレーティングシステムとして販売されています。 オープンソースとして開発されているため、FedraやCentOS用のrpmも公開されており、手を出し易い並列ファイルシステムです。 この報告ではGlusterFSの概要を紹介し、CentOSを使った導入手順を紹介します。 目次 GlusterFSの特徴 GlusterFSのボリューム構成 GlusterFSの構築手順 1. GlusterFSの特徴 GlusterFSには以下の様な特徴があります。 FUSEによる実装 FUSEとはFilesystem in Userspaseのことで、一般的なアプリケーションと同様にユーザ空間で稼働するファイルシステムの実装の仕組みです。 Lustreの様なkernel依存性がなく、導入が容易です
インテルC++コンパイラ、Fortranコンパイラには最適化オプション「-fast」があり、 これを使えば細かい最適化の指定をせずに最高のパフォーマンスを得ることが出来ます。 ここでは「-fast」に含まれる意味を説明し、インテルコンパイラにおける最適化方法をご紹介します。 最適化オプション「-fast」はいくつかのオプションのセットになっています。 icc、ifortに「-help」をつけるとコンパイラ・オプション一覧が出てきますが、 それによると「-fast」は次の様に説明されています。 enable -xHOST -O3 -ipo -no-prec-div -static options set by -fast cannot be overridden with the exception of -xHOST, list options separately to change b
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