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lme4パッケージが更新されました。 今回は、大幅に仕様がかわったようです。 ・計算アルゴリズムを改善して、より頑健になり、計算が早くなった。 ・PQLが使えなくなった。 ・引数のmethodがなくなった。 ・glmer()という関数ができた。 ・mcmcsamp()のサンプリング方法が変わった。 今回の更新で我々エンドユーザーが特に注意しなければいけないのは、methodでしょう。 尤度を求めるmethodは、正規分布の場合"REML"と"ML"、それ以外の分布では、"Laplace"と"PQL"でした。 しかしながらPQL法は、問題があり、あまり正確な推定をしないことが指摘されています。方法がそれしか使えなかった時代ならいざしらず、現在はglmmMLやlmerのようにLhaplaceやghq(glmmMLのみ)のようにPQLより正確で尤度を求める方法が実装されているので、あえてPQLを
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