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2009年度春学期バイオインフォマティクスアルゴリズム 隠れマルコフモデル (1) 慶應義塾大学 環境情報学部 この世の現象の多くは偶然性に 支配されている? 決定的でない現象の例: z コインを投げたときの裏表 z サイコロの目 z 天気 (降水確率) z 野球の打者の安打? (打率) 偶然性にはどのような法則があるのか? 確率モデルとは? サイコロが出る目の確率モデル: P(X) = 1/6 確率を取り入れた模型、抽象化 ・ 部分的にはでたらめに見える ・ 全体的には秩序があり、それは確率のルールによって決まる 確率分布 z 確率モデルを記述する上で有用な概念 z 確率変数Xが取り得る各々の値に対して、その 起こりやすさを関数Pとして記述する – サイコロの目をXとすれば1が出る確率は、P(X=1) = 1/6、より一般的にはP(X) = 1/6 – コインをトスしたときに出る面をXと
最新分子生物学即席入門 慶應義塾大学先端生命科学研究所 平成 23 年 2 月 28 日 はじめに この冊子は分子生物学をほとんど知らない高校生や大学生、社会人の方々に手っ取り早く分子生 物学の基礎と現状を理解して頂く事を目的として、慶應義塾大学先端生命科学研究所の若手研究者 有志によって作成されました。 シーケンサーなどの分子生物学用の実験装置の開発が急ピッチで進められ、分子レベルでの生命 現象に関する様々な知見が急速に蓄積しています。分子生物学はまさに激動の時代の中にあると言っ ても過言ではありません。 生物の基本原理を示しつつ、そんなエキサイティングな分子生物学の現状をこの冊子を通じて少 しでも読者に伝えることができれば幸いです。 Saito R. 目 次 1 分子生物学の幕開けと遺伝子 1-4 2 遺伝子発現の中心教義 3-6 3 微生物遺伝子の基本構造 4-7 4 核酸の化学
初心者用 R 言語講座 第 2 版 2010 年 6 月 17 日 文責:斎藤輪太郎・鈴木治夫 2 0. はじめに R 言語は統計処理を得意とする言語です。多量のデータを科学技術計算を駆使して処理し、 そこに含まれる傾向を解析したり、可視化したりといったことが比較的簡単にできます。 本テキストでは手っ取り早く R の簡単な使い方を勉強します。 1. R の起動と終了 システムによって異なりますが、通常はコマンドラインで R と入力するか、R のアイコ ンをダブルクリックして起動します。R を終了させるときは、 q() と入力します。 2. 簡単な変数への代入 変数とは様々な値を格納する箱のような概念です。例えば今 x という変数を考え、そこ に 123 を代入したければ、 x <- 123 とします。その後に x と打ち込むと、下記のように x の値が表示されます。 > x <- 123
文責:斎藤輪太郎 Pythonの勧め Pythonが他のプログラミング言語と比較して優れているのは、考えをプログラムとして表現したり、プログラムを書いた人の意図を読み取る時の障害が少なく人間にやさしいという点にあります。プログラミングを職業としない人も、もうプログラミング言語をいくつか習得した人も、一つだけあるいはもう一つだけ言語を学ぶとしたらPythonを強くお勧めします。細胞シミュレーションプラットフォームE-Cell SystemもPythonをベースに作られています。 ぜひこの機会に本テキストで勉強することをお勧めします。 高橋恒一 E-Cell System アーキテクト The Molecular Science Institute 0. はじめに 1. 文字列の表示 2. 変数とその演算 3. ユーザ入力 4. 基本的な条件分岐:if文 5. while文によるループ 6.
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