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国内版Biohackathon(BH14.14)1日目。色々話しあった結果、Dockerチームとして活動することに。これまでローカルに動かしてきた解析スクリプト(レシピ)をDockerfileとして記述していこうかということで。まずは動かし方を。 brew tap phinze/homebrew-cask brew install brew-cask -v brew cask install virtualbox -v brew cask install virtualbox -v brew cask install vagrant -v git clone https://github.com/coreos/coreos-vagrant cd coreos-vagrant vagrant up && vagrant ssh docker run -it inutano/cmatrix ぼ

9/5に表題の講習会の講師を務めてきました。普段、日本各所で行っている統合データベースの普及利用促進のための統合データベース講習会AJACSとは異なり、NGSの速習コース(とはいえ、2週間がっつり)ということで気合の入った受講生たちでした。私のパートは「配列解析基礎」ということで、配列解析の歴史や配列、ゲノムデータ記述のフォーマット、基礎的な配列比較解析の原理と実習を3時間ほど。NGS速習コースということでメインではなく、NGS解析に関係する歴史的な背景やデータフォーマットに重点を置いたので、もっとガッツリ配列解析を勉強したかった人には不満足な内容だったかもしれませんがそういう人は独習でカバーして下さい。何でも教えてもらいたいという姿勢が垣間見られ、「主体的に学ぶ」姿勢をもっと着けてほしいな、と思ったのは私だけではないのではないかと。もちろん、ほとんどの人はそう実践していて、ほんの一部の人

Meta-analysis of Transcriptomes in Domesticated Animals Published Written by Hidemasa Bono in papers on 土 06 7月 2024. 公共遺伝子発現データベースを用いた家畜動物トランスクリプトーム比較のメタ解析論文出版 M2の大学院生がfirst authorである公共遺伝子発 … Continue reading » 51 months Written by Hidemasa Bono in misc on 月 01 7月 2024. 4年と3ヶ月 東広島に来てその月日、すなわち51ヶ月が経過した。 埼玉の医科大学にいたのがちょうどその長さであった。 つまり、その時よりも長 … Continue reading » June2024 Written by Hidemasa Bono in