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データを解析する際にPerlとEnsembl APIを組み合わせて使用してみたいと考えております。システム構成としまして Macbook pro (SnowLeopard) Perl 5.13.9 (perlbrewでインストール済み) bioperl 1.6.1インストール済み MySQL5.5.8(64bit)をインストール済み(必要ないかもしれませんが) DBI はcpanでインストール済み まではうまくインストールができているようで、MySQLも起動できます。 次に必要となる DBD:mysql をcpanを用いまして、インストールしたいとと思うのですがエラーがでました。 そこで、DBD-mysql-4.018をソースでダウンロードして、makeするとやはり、cpanのときと同様に Argument "6.57_05" isn't numeric in numeric ge (>=
被覆率(ひふくりつ)じゃないでしょうか。時々シーケンサーの分野で耳にします。 でも、genome coverageまたはゲノムのカバー率と言ってくれた方が意味はわかりやすいですけど(笑)。 以下参照: http://ibisforest.org/index.php?被覆率 追記: 「(read) depth of coverage」は被覆されている領域の(読み)深度(読まれた回数)ですよね。 論文上で通常は平均のdepth of coverageが示されている場合が多いと思いますが。 なので厳密には「coverage」と単独で書いている場合と「depth of coverage」と書いている場合とでは意味は異なると思います。 追記2: ma_koさんがおっしゃるように論文上では日本語の『率(%)』ではなくdepth of coverageの意で使われていることがほとんどのようですね。 de
SRAのデータアクセスをRでおこなうBioconductorパッケージ SRAdbというものがあります。 これは、SRAのメタデータを格納したSQLiteのファイルをNCIの方が公開していて、それを操作する形になっています。詳しくはマニュアルのPDF書類をご覧ください。 簡単な操作とコードを例示します: メタデータのダウンロードと準備、テーブル操作 library(SRAdb) sqlfile <- getSRAdbFile() #メタデータをダウンロード sra_con <- dbConnect(SQLite(), sqlfile) sra_tables <- dbListTables(sra_con) # テーブル名のリストを取得 dbListFields(sra_con, "study") # "study" テーブルのフィールド名の取得 sqliteQuickSQL(sra_con
blast + バージョンのローカルブラスト(StandAlone blast)の使用方法を説明する動画を作っています。 以下にあげるコマンド以外で、よく使うコマンドがありましたら、教えてください。 いくつか取り入れて動画を作成できたらと思います。 またもし、誤っているコマンドがありましたら、教えてくださいm(__)m 追記:みなさんから書いていただいた情報をもとに表を書き換えてみました。もし、お時間ありましたら、チェックしていただければと思います。 説明 blast blast+
2010年12月7日から開催されるBMB2010(第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会 合同大会)でのNGSいわゆる新型シーケンサーを利用した発表をリストしたいと思います。下記のリストはどなたでも編集可能の状態(コミュニティーwiki)にしています。情報をお持ちの方はご協力おねがいします。 12月7日(一日目) 1W20-p-1 DDBJ Sequence Read Archive (DRA) と DRA Annotation Pipeline: 新型シーケンサへの DDBJ の対応 1W20-p-2 高速シークエンサーによるイネのゲノムワイドSNPの検出とその利用 1W20-p-3 全エキソン配列解析による同胞がん罹患症例の原因遺伝子変異の探索 1W20-p-4 遺伝子発現と ChIP-seq データの統合による転写制御ネットワークの同定 1W20-p-5 新型DNAシ
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