結果的にNginxでのlocationの書き方が問題で起こった事です。 phpMyAdmin/のフォルダに対するアクセス制限が成功したのに、 phpMyAdmin/index.phpにアクセスすると見れてしまう。 ネットを探していた時によく見かけたのが下記の形 listen 80; server_name [公開ドメイン]; root /var/www/html/; index index.php index.html index.htm; location /phpMyAdmin { allow [接続許可したいIP]; deny all; } location ~ \.php$ { fastcgi_keep_conn on; fastcgi_pass 127.0.0.1:9000; fastcgi_index index.php; fastcgi_param SCRIPT_FILENA