Pythonで書いたコードの中でRを呼び出す必要に迫られたので、備忘録を兼ねてやり方を記録しておきます。 この前から取り組んでいるPPiプロジェクトの一環で、タンパク質相互作用ネットワークを超幾何分析してスコアを記録しよう、みたいな話になった。 超幾何分析自体の話はbeyond the scopeすぎるので専門家に譲るとして、分析そのものはphyperというR言語の関数でちゃちゃっとできる。 phyper(q, m, n, k, lower.tail = FALSE, log.p = FALSE) q:調べる蛋白質のモジュール内のリンク数 m:モジュール内のリンクの総数 n:モジュール外のリンクの総数 k:調べるタンパク質の全リンク数 マニュアル(英語) それで、この前Pythonで生成したファイルにRを走らせるのが一番単純な手法かもしれないけど、面倒だしスマートじゃないので、やはりPyt