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異なるグループのデータを統合したり、自分なりに情報を整理したいときに必ず必要な辞書やシソーラス(多少階層のついた同義語辞書)をつくります。 作成は手作業を基本に地道にバージョン更新を重ねてゆきます。全ての辞書はダウンロード利用可能です。 1. 遺伝子名称シソーラス検索やDB統合の混乱の主因は同義語の流通です。同義語辞書の使用や配布で統合利用時の混乱を防止せねばなりません。 さまざまなデータベースや論文で利用されている表記を専門的キュレータが編集して、遺伝子が持つ多様な表記のあいだの関係を明かにした遺伝子名シソーラスを提供しています。 Ver1.0 はヒトをはじめ9種類の生物をカバーしています。 現在利用可能な最高の遺伝子名称辞書です。 遺伝子名称シソーラスの内容: (ダウンロード : dictionary.zip ) 第1カラム : SWISS-PROTのID 第2カラム : Entrez
日本語の科学技術用語収集プロジェクト @DBCLSの一環として、生物学関連の辞書を構築します。 生物学辞書の対象範囲 生命科学におけるすべての日本語用語を、英語やラテン語等の外部用語オントロジーと対応づける手掛かりとともに、収集することを目指します。具体的には生物種名と医学・生物学・農学・薬学などの学術用語です。 各用語には、学名、和名、英名、慣用名といった様々な呼び方がなされますが、それらすべてを収集し、活用できるようにします。 辞書構築 生物学辞書の構築の第一段階として、情報源をデータベース化し、辞書の基礎データを作成しました。 概要はこちらを参照してください。 辞書活用 生物学辞書の構築の第二段階として、辞書の基礎データの活用方法を研究します。 概要はこちらを参照してください。 日本語の科学技術用語収集プロジェクトの目的 我が国では科学は二重の言語で行なわれています。最新専門の文書は
Welcome to BodyParts3D/Anatomography. BodyParts3D is an anatomical dictionary where terms are defined by 3D morphology of referents. BodyParts3D serves as a kit to build custom 3D manikins. We plan to define all anatomical concepts listed in Terminologia Anatomica, started from those with volumes. <link to stat> Anatomography is a web application that enables users to build and publish own custom
BodyParts3D/Anatomography : Select parts and Make Embeddable Model of Your Own.
Posted by admin on 2010/03/01 イギリスのNPO団体であるOpen Knowledge Foundationは、2010年の2月19日付のブログで、「科学におけるオープンデータのためのPanton原則」を公開したと発表しました。Open Knowledge Foundationはデジタル時代に則した形で、自由に利用再利用や再配布ができる情報をよりもっと増やし、人類全体の知識をより高めて行こうというOpen Knowledge運動を推進する団体です。メンバーにはクリエイティブ・コモンズやサイエンス・コモンズの人々も多く参加しています。 この団体の取り組むプロジェクトの一例としてオープンシェイクスピアプロジェクトというものがあります。すでに世界遺産ともいえるような古いものなのに、出版などの過程において様々な権利で自由に利用できなくなっている文章を、オープンに、しかも
H20年度「統合データベースプロジェクト」事業成果に対するユーザー評価の結果 H20年度に開発したサービスや実施した取り組み(34種類)を中心に2009年9月17日-10月13日にかけてウェブサイト上で実施したユーザー評価の結果をまとめました。 頂戴しましたご意見やご提案への対応は、2010年1月頃に本サイトより公開する予定です。 なお、昨年度までに実施しましたユーザー評価の結果と対応についてはこちら(H18年度、H19年度)よりご覧いただけます。
IP strategy for Publicly funded science in the Internet age 投稿 大久保公策 ライフサイエンス統合データベースセンター・教授 1.科学の燃料としてのデジタルデータ 科学の実践法はデジタル革命によって急速に変化しています。デジタル機器の進歩は多角的で詳細な自然現象のコピーとなるマッシブな多目的データを生み出しました。 たとえば(1)天文学におけるデジタルイメージング機器 (2)生命科学におけるマイクロアレイやシーケンサー、質量分析器 (3)地球科学におけるワイアレスセンシング (4)気象学におけるシミュレーション計算機 などのデジタル機器はマッシブなデータセットを生成します。 これらのデータはアナログ時代のような「準備された質問への答え」ではなく個人の研究の文脈に依存せず、多くの科学者の観察を代行し、実験計画を助け、自由な理論形成や
Posted by admin on 2009/08/13 An Introduction to the Scholar’s Copyright Project by John Wilbanks サイエンスコモンズ「学者の著作権プロジェクト」紹介-日本語字幕版 このムービーは研究者が雑誌に発表する論文にまつわる権利、著作権と利用について、何をして良くて、何をしてはいけないかを、わかりやすく解説したもので す。これを見れば私たちが論文を発表する際に意識すべきことが自ずと見えてくるでしょう。ムービーから英語を聞き起し翻訳を付加しました。作者John Wilbanksさんは米国サイエンス・コモンズの副理事です。
3. 作成方法研究分野でよく使われる生物種の基準として、塩基配列データベース(DDBJ)の登録エントリー数が多い生物種から順番に編纂を実施しました。以下に挙げる複数のリスト、データベースなどを参照し、編纂者が最も適切と思われるものを和名として採用しました。 農業環境技術研究所 日本野生植物寄生・共生菌類目録農業環境技術研究所 日本産糸状菌類図鑑日本爬虫両棲類学会 爬虫類のリスト厚生労働省検疫所 届出対象動物 種名リスト哺乳類頭蓋の画像データベース(第2版)(MCPA2)The International Seed Federation (ISF) 植物病害関連生物リスト日本産昆虫学名和名辞書(DJI)世界鳥類和名辞典 山階 芳麿(著) ISBN-13: 978-4475001151 世界鳥類名検索辞典 白井 祥平(編著) ISBN-13: 978-4562023509その他の和名が不明な生
次世代のゲノムインフォマティクス等の新しいゲノム解析技術の開発 の 今後5カ年を見通した重要な研究課題5つの1つとして 「基盤的な生命情報データベースを整備するとともに、各種の生命情報を 統合したデータベースの開発」。 また、バイオリソースの整備として、「多数の生物種についての情報がシームレスに 得られるような統合データベースが必要である。 データベース中核機関とバイオリソース構築機関 及びその研究コミュニティが共同してデータベースを作り上げることが必要である。」 産学連携の一環としても、大学での研究成果の内容や権利関係がデータベースとして 開かれた形態で整備されることが必要、との指摘。 平成18年7月28日にアップデート版が出ている。
統合ホームページへ ゲノム特定領域(2005年-2009年)年次報告書データ 一覧 ゲノム特定領域のホームページ 旧ゲノム特定領域(2000年-2004年) 最終報告書データ 一覧
H19年度「統合データベースプロジェクト」事業成果に対する外部評価の結果 H19年度に開発したサービス(17件)について2008年7月22日-8月12日にかけてウェブサイト上で実施した外部評価の結果をまとめました。 なお、昨年度に実施しまし[H18年度の事業成果に対する外部評価の結果と対応はこちらよりご覧いただけます。 文部科学省委託研究開発事業「統合データベースプロジェクト」は、 大型プロジェクトの成果公開が不十分 データベース(DB)の所在情報や利用法が不明 DBの構築・管理がばらばらで、検索・解析・応用が困難 DBやエントリーへの信頼性の高い注釈の不足 (詳細はreport_DB.pdfを参照) という生命科学系DBの現状を背景に、これらの問題を解決することを課題として発足しました。しかし、実際に取りかかってみますと、DBを取り巻く問題は上記4点にとどまらず、その周辺にある問題を
An Introduction to the Scholar’s Copyright Project by John Wilbanks サイエンスコモンズ「学者の著作権プロジェクト」紹介-日本語字幕版 Posted on October 15st, 2008 by Kousaku Okubo このムービーは研究者が雑誌に発表する論文にまつわる権利、著作権と利用について、何をして良くて、何をしてはいけないかを、わかりやすく解説したものです。これを見れば私たちが論文を発表する際に意識すべきことが自ずと見えてくるでしょう。ムービーから英語を聞き起し翻訳を付加しました。作者John Wilbanksさんは米国サイエンス・コモンズの副理事です。 動画の再生にはAdobe Flash Playerのインストールが必要です
BodyParts3Dに登録されている人体臓器を任意の視点やズーム、色、透過度で表示した解剖図譜(アナトモグラム(Anatomogram))を手軽に作成できます。 臓器名と数値(例:発現量など)を表形式(CSVフォーマット)で一括入力して人体ヒートマップを作成する場合は、こちらから。 アナトモグラフィー利用条件 アナトモグラフィーで作成した画像(アナトモグラム)ならびにアナトモグラフィーWeb APIは、 クリエイティブ・コモンズ・ライセンスの下でライセンスされています。 原著者ならびに許諾者は、文部科学省委託研究開発事業「統合データベースプロジェクト」です。
本サイトでの検索サービスは休止しました。バイオサイエンスデータベースセンターの生命科学データベース横断検索のご利用をお願いいたします。 生命科学データベース横断検索 (検索方法)上記URLの詳細検索で対象のデータベース右のクリアボタンを押した後、文献カテゴリーから蛋白質核酸酵素にチェックを入れて検索してください これは蛋白質核酸酵素全文検索のサイトです。 公開の経緯については下記の記事を御覧ください 「蛋白質核酸酵素バックナンバーの全文検索サービス公開にあたって」(PDF) 当サイトから提供されるPDFファイルは個人の用途以外での利用はできません。 PDFファイルや内容を、複製して利用すること、他人に譲渡したりすることは著作権の侵害となります。 PDFファイルへのリンクはお断りしています。 収録論文は1985年から2010年の通常号の総説、計2,230論文です。 ライフサイエンス統合データ
検索 生命科学データベース横断検索 蛋白質核酸酵素 全文検索 文科省「ゲノム」研究報告書 TogoProt (蛋白質関連データベース統合検索) OReFiL (オンラインリソースファインダー) Allie (略語の正式名称を検索) inMeXes (文献中の英語表現を軽快に検索) 医学・薬学予稿集全文データベース検索 データベース DNAデータベース総覧と検索 (DDBJ/EMBL/GenBank) 遺伝子発現バンク(GEO)目次AOEに継承されました KazusaAnnotation & Navigation (かずさDNA研究所) KazusaMart (かずさDNA研究所) ゲノムネット医薬品データベース (京大) 統合医科学データベース (東京医科歯科大グループ) 疾患解析から医療応用を実現するDB開発 (東大グループ) 持続可能型社会への貢献遺伝子データベース (長浜バイオ) t
DBCLS AOE, All Of gene Expression, supports to find gene expression data.
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