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体力トレーニング
trans.nsc.nagoya-cu.ac.jp/~mano
タンパクのデータベース 1951年,SangerとTuppyにより,タンパク(insulin)のアミノ酸配列が初めて決定されました.これにより大量の配列データが産出されるようになったのを受けて,1965年,Dayhoffらにより,タンパクのアミノ酸配列のデータベースPIR (Protain Information Resource)が構築されました. 配列と系統樹 次のようなマルチプルアラインメントがあるとしましょう. A: M A T H Y S L W B: M V T H H T L W C: M V T H Y T L W parsimonious(置換数を最小にする)には次のような系統関係が推定されます(詳しくは後述). サメ,ニワトリ,ヒトのヘモグロビンのアルファ鎖のペアワイズアラインメントにおいては,アミノ酸が異なる割合は,サメとニワトリの間で59.7%,サメとヒトの間で53
ドットマトリクス法 比較する2本の配列を正方形の2辺に並べ,アミノ酸が一致するサイトに点をうつことで類似性を視覚化する手法を,ドットマトリクス法といいます.類似性の低いタンパクのアミノ酸配列やDNAの塩基配列の比較では偶然の一致が視覚化を妨げるため, 一定の大きさの正方形の中における類似の割合に注目して点をうつ手法(フィルタリング)がよく使われます.次の図は,前節の配列A,Bにドットマトリクス法を適用したものです.右は,大きさ3,割合2/3のフィルタリングを適用した例です. [練習] 配列A,Cについてはどうなるでしょうか. [練習] LDL受容体(Low Dencity Lipoprotein receptor)のアミノ酸配列を取得し,Dotletにより配列自身に対してドットマトリクスを作成しましょう. ダイナミックプログラミングによるアラインメント アラインメントのアルゴリズムは,ダイ
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