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  R-Source

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  作業ディレクトリの変更 ファイルからデータやプログラムを読み込んだり，ファイルにデータを書き出したりする場所を作業ディレクトリという．起動時はホームディレクトリ( R の実行ファイルがある場所)が作業ディレクトリとなっているが，以下のような命令を与えると，これ以後，指定したディレクトリに指定した作業ディレクトリにデータがセーブされたり，R 用エディタなどが保存されるようになる 関数 dir() で作業ディレクトリ内のファイルが表示される． Windows では \ を指定しては駄目．例えば，setwd("c:\usr") とするとエラーが出る．setwd("c:/usr") とするか setwd("c:\\usr") こと． Windows の場合，メニューの [ファイル] から [ディレクトリの変更...] を選択してから，ディレクトリを変更することが出来る．

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  • 2010/06/04 22:34

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  18. NULL，NA，NaN，Infの操作 | R-Source

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  NULL，NA，NaN，Inf なのか否かを調べる NULL (何も無い) ，NA (欠損値) ，NaN (非数) ，Inf (無限大) は，大抵は演算を施してもそのままの値（ NA や NAN ）が返ってくる．すなわち，原則として NaN にどのような演算を施しても結果は NaN になる．よって，比較演算子 == すら使えないことになる． x <- c(1.0, NA, 3.0, 4.0) # NA はどれかを調べても... x == NA # NA に対する演算は全て NA となる [1] NA NA NA

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  • 2010/06/03 02:02
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  ArrogantNonsense

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  【書名】サイエンス・ウォーズ 【著者】金森修 【刊行】2000年6月30日 【出版】東京大学出版会，東京 【頁数】458+xxxiii pp. 【定価】3,800円（本体価格） 【ISBN】4-13-010085-8 【目次】 まえがき 9 I. サイエンス・ウォーズ 21 II. 普遍性のバックラッシュ 119 科学の人類学 157 社会構成主義の興隆と停滞 205 戦後――サイエンス・ウォーズ補論 289 III. 遺伝子研究の知識政治学的分析に向けて 309 生殖のバイオポリティクス 335 エコ・ウォーズ 385 あとがき 455 初出一覧 458 索引（書名・人名・事項） [i] 【書評】※Copyright 2001 by MINAKA Nobuhiro. All rights reserved 評者：三中信宏（農林水産省農業環境技術研究所） 掲載：『科学』岩波書店, 71巻2

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  • 2010/05/05 11:23

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  R. A. フィッシャーの統計理論：推測統計学の形成とその社会的背景

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  【書名】R. A. フィッシャーの統計理論：推測統計学の形成とその社会的背景 【著者】芝村良 【URL 】http://www1.ocn.ne.jp/~kup/sinkan/816rafisher.html 【刊行】2004年2月29日 【出版】九州大学出版会，福岡 【頁数】vi+181 pp. 【定価】4,300円（本体価格） 【ISBN】4-87378-816-1 【書評】※Copyright 2005 by MINAKA Nobuhiro. All rights reserved 統計学史の本．日本でこう言う分野の単行本が出るのはたいへん珍しい．九大出版会はよく出してくれた（拍手）．農業統計学という「場」での統計理論の発展をたどっている．奥野忠一『農業実験計画法小史』（1994年10月13日刊行，日科技連，ISBN:4-8171-0380-9）はタイトル負けしているけど，今回の新刊は

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  • 2010/03/19 04:36
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  R-Source 22.配列

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  配列とは行列を多次元に拡張したものである．行列は 2 次元であったが，配列はその次元に応じて 3 次元，4 次元，… のものを作成することが出来る． 配列の作成 配列は以下の手順で作成出来る． 配列の要素をベクトルなどで用意する 関数 array(ベクトル, 配列の次元数) でベクトルから配列に変換する すなわち，配列は関数 array() で作成出来，引数 dim に各次元の要素の個数をベクトルを指定する．また，k 次元の配列は k 個の要素番号でアクセス出来，関数 dim() で配列の次元を調べることが出来る． ( x <- array(1:8, dim=c(1, 4, 2)) ) # 3 次元配列 , , 1 [,1] [,2] [,3] [,4] [1,] 1 2 3 4 , , 2 [,1] [,2] [,3] [,4] [1,] 5 6 7 8 x[1, 4, ] # x[1次

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  • 2010/03/04 11:34

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  R にはデータの種類としてベクトルや行列，配列などが用意されている（ 1 や 'a' も長さ 1 のベクトル）が，リストはこれら異なる構造のデータを集めて 1 個のオブジェクトにしたものである．異なった型のベクトルを 1 個のリストにまとめてもよいし，リストの要素としてリストを用いても構わない． リストの作成 リストは関数 list() を用いて作成する． ( x <- list(1:5, list("It's my list.", c(T, F, T))) ) [[1]] # 第 1 成分 [1] 1 2 3 4 5 [[2]] # 第 2 成分（リスト）の第 1 成分 [[2]][[1]] [1] "It's my list." [[2]][[2]] # 第 2 成分（リスト）の第 2 成分 [1] TRUE FALSE TRUE

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  • 2009/11/02 14:57

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  画面分割・複数の図 R では一つのデバイスに複数の図を描くことが出来る． 以下に出てくるパラメータの説明はグラフィックスパラメータと割り付けパラメータの節で扱っている． 画面（デバイス）を分割して図を描く まず，画面（デバイス）の外周の余白を指定するパラメータがどこにあるかを紹介する． タイトルや注釈テキストを入れる場合で，余白を指定する場合は par() の引数に以下のパラメータを入れて指定する．タイトルや注釈テキストを入れない場合は指定する必要は無い．ここで紹介する例では，全体のタイトルを描くため，まず oma で上部に 4 mex 分（mex の初期値は 1 なので 4 文字分）の余白を取っている．

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  • 2009/09/10 17:02

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  ノンパラメトリック回帰についての定番質問

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  ノンパラメトリック回帰の広場の表紙に戻る Ｑ１：ノンパラメトリック回帰って何ですか？ Ｑ２：ノンパラメトリック検定（ウィルコクスン検定とか）は、ノンパラメトリック回帰と関係あるんですか？ Ｑ３：ノンパラメトリック統計というのは、ノンパラメトリック回帰のことですか？ Ｑ４：ニューラルネットワークとノンパラメトリック回帰は関係がありますか？ Ｑ５：樹形モデルもノンパラメトリック回帰ですか？ Ｑ６：ノンパラメトリック回帰よりデータマイニングの方が盛んなのは何故ですか？ Ｑ７：平滑化ってノンパラメトリック回帰の別名ですか？ Ｑ８：平滑化パラメータって何ですか？　バンド幅と違うのですか？ Ｑ９：平滑化スプラインの平滑化パラメータの値はどのくらいがいいのですか？ Ｑ１０：局所１次式回帰、局所２次式回帰、局所３次式回帰、---、といろいろ考えられます。どれを使えばいいですか？ Ｑ１１：ノンパラメトリック

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  • 2009/08/24 09:31

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  〈R〉入門

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  【１】Ｒへの入門 統計言語「Ｒ」は，誰でも利用できる無料のフリーウェアであって，しかも信頼のおけるソフトウェアです．オンラインでのドキュメントがたくさんあり，下記はそのいくつかです．日本語による解説や事例紹介もありますので，参考になると思います． まずは日本語で読めるここから！―― ○ RjpWiki――Ｒのための情報交換サイト．燃えてます． 引き続いて，〈R〉の総本山へ —— ○ CRAN（The Comprehensive R Archive Network） ※Ｒの本家． ○ CRAN : Packaged Softwares ※膨大な数の「Ｒ」プログラムパッケージが公開されています． ※求めるパッケージ名が「****」のとき，Windows版の場合，Ｒコマンドラインから「install.packages("****", .libPaths()[1])」と入力するだけで自動的にダウン

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  • 2009/07/24 19:51

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  大統計大曼荼羅

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  • 2009/06/25 11:24

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  三中信宏『分類思考の世界：なぜヒトは万物を「種」に分けるのか』―― 目次構成

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  三中信宏著 講談社［現代新書2014］, 328 pp. ISBN:978-4-06-288014-5 本体価格880円（税込価格950円） 2009年9月20日第1刷刊行 2009年10月8日第2刷刊行 → 正誤表 2009年12月3日第3刷刊行 → 正誤表 2013年7月26日電子本刊行：eBook版｜Kindle版 2015年5月8日第4刷刊行 → 正誤表　*new* 講談社・現代新書ページ 残響録 【目次】 プロローグ：生まれしものは滅びゆく（二〇〇六年オアハカ，メキシコ） 第１章　「種」に交わればキリがない １．日本最低の山と日本最短の川 ２．リンネから三〇〇年－分類学はいま ３．分類するは人の常 ４．開かれた難問＝「種」の問題 第２章　「種」よ，人の望みの喜びよ １．仲間はずれのカモノハシ君 （*4, *8, *9） ２．あるものはある，ないものもある（*4, *9） ３．問わ

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  • 2009/04/30 08:13

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  作業ディレクトリの変更 データを扱う際，まず，データがあるディレクトリ（フォルダ）に作業ディレクトリを変更する必要がある．作業ディレクトリの変更方法は こちら を参照されたい． データフレームの作成（テキストファイルから） 以下に出てくるデータは全て作業ディレクトリにあるものとする．もし，データが作業ディレクトリに無い場合は，ファイルを指定する場所にファイルのパスを指定すればよい（例：x <- read.table("C:/data.txt") ）． data01.txt のようなデータは，関数 read.table() で読む．データファイルに列名が無いので，R が勝手に列名を決めている．

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  • 2009/04/07 23:53

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  生物にとって自己組織化とは何か：群れ形成のメカニズム―― 目次構成

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  スコット・カマジン，ジャン-ルイ・ドノブール，ナイジェル・R・フランクス，ジェームス・シュナイド，ギ・テロラ，エーリック・ボナボ著 『生物にとって自己組織化とは何か：群れ形成のメカニズム』 松本忠夫・三中信宏（訳） 2009年4月1日刊行，海游舎，東京 → 版元トップページ A5判・上製本・xxiv+534 pp.・6,800円（本体価格）・ISBN:978-4-905930-48-8 原書目次｜原書感想 日本語版への序文（ナイジェル・R・フランクス） v カラープレートの説明 xv カラープレート xvii プロローグ　本書の目的と意図 3 Part I　生物自己組織化の概論 1　自己組織化とは何か 2　いかにして自己組織化が働くか 3　自己組織化システムの特徴 4　自己組織化に代わる説明 5　なぜ，自己組織化か 6　自己組織化の研究 7　自己組織化についての誤解 Part II　事例研

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  • 2009/03/02 13:22

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  生物系統学

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  【書名】生物系統学 【著者】三中信宏 【刊行】第１刷：1997年12月15日 第２刷：1999年10月15日（正誤表） 第３刷：2004年9月15日（正誤表） 第４刷：2012年9月14日刊行（正誤表） 【出版】東京大学出版会，東京 【叢書】ナチュラル・ヒストリー・シリーズ 【頁数】xiv+458 pp. 【定価】5,600円（本体価格）／第４刷5,800円（本体価格） 【ISBN-10】4-13-060172-5 【ISBN-13】978-4-13-060172-6 【版元ページ】http://www.utp.or.jp/bd/978-4-13-060172-6.html 「歴史」を復元するための方法論を解説 この『生物系統学』では、急速に変貌し、裾野を広げつつある現在の系統学という学問分野をできるだけ幅広い視点から歴史的にとらえ、その現在の姿と将来への展望を見渡しました。とくに、「系統

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  • 2008/11/29 22:39

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  詳しくは (その関数のパッケージを library() で呼び出してから) それぞれの関数のヘルプを御覧頂きたい． 因子分析 データ v2 はデータ v1 にノイズを加えたデータで，v4 と v3 ，v6 と v5 も同様な関係となっている． v1 <- c(1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,3,3,3,3,3,4,5,6); v2 <- c(1,2,1,1,1,1,2,1,2,1,3,4,3,3,3,4,6,5) v3 <- c(3,3,3,3,3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,5,4,6); v4 <- c(3,3,4,3,3,1,1,2,1,1,1,1,2,1,1,5,6,4) v5 <- c(1,1,1,1,1,3,3,3,3,3,1,1,1,1,1,6,4,5); v6 <- c(1,1,1,2,1,3,3,3,4,3,1,1,1,2,1,6,5,4) m1 <-

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  • 2008/11/23 23:58

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  連番の変数を作成する 他のプログラム言語（例：C 言語）に用意されている配列は x[1]，x[2]，・・・ という形をしている．R でも関数 assign() と関数 paste() を組み合わせることで，他のプログラム言語の配列と似たような変数名を付ける事が出来る． for (i in 1:5) assign(paste("A", i, sep=""), i) # 変数 Ai に i を代入 A5 [1] 5 数値ベクトルの対話的入力：readline() 関数 readline() を用いると，キー入力があるまでプログラムの実行を停止することが出来る．これにより対話的な入力を行うことが出来る（以下の関数は『RjpWiki』の記事より引用した）．キー入力があるまでプログラムの実行を停止するのではなく，秒数を指定してプログラムを停止する場合は関数 Sys.sleep(time) を用いれば

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  • 2008/11/22 23:58
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  Kunio TAKEZAWA

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  • 2008/07/23 13:19

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  48. とりあえず plot() - R-Source

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  とりあえずplot() R で一番良く使われる高水準作図関数が関数 plot() である．最も基本的で機能も多い関数も plot() である．この関数を使って散布図や折れ線グラフなどを描くことが出来る． 例えばデータが入っているベクトル x ，y を点の座標として以下の様に入力する．すると散布図の出力が得られる．プロット範囲は引数 xlim, ylim で決めることが出来る． x <- 1:10 y <- 1:10 # plot(x 軸のデータ, y 軸のデータ, オプション) plot(x, y) # 範囲は自動で決まる(xlim=c(1,10)を指定した場合と同じ) plot(x, y, xlim=c(10,1)) # x 軸の正の向きを左向きにすることも出来る

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  • 2008/07/14 12:45

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  apply() ファミリー 関数 apply() ファミリーには apply(), mapply(), lapply(), sapply(), tapply() が用意されている．一つの関数を複数のオブジェクトに適用して得られた結果をベクトルや行列，リストとして一括で返す．例えば m × n 行列 X の全ての要素に 1 を足す場合，R では繰り返し文 (for や while) を使わなくても X <- X+1 で手軽かつ高速に実現できるが，この apply() ファミリーに属する関数の機能もこれに似ている．すなわち，C や JAVA ならば複数オブジェクトを個別に与えて繰り返し文で回さなければいけないような場面でも，apply() ファミリーの関数を使えば簡潔な記述で高速に計算できる場面が出てくるということである．

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  • 2008/05/18 20:27

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  数式の描画 プロットに数学記号や式を使いたい場合で text() ， mtext() ，axis() ，title() のいずれかを使う場合は，文字列の代わりに expression() を指定すればよい．例えば以下は二項分布の確率関数の公式を書く．

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  • 2008/03/30 12:20

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  ID <- 1:5 sex <- c("F","F","M","M","M") height <- c(158,162,177,173,166) weight <- c(51,55,72,57,64) ( x <- data.frame(SEX=sex, HEIGHT=height, WEIGHT=weight) )

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  • 2008/02/23 04:06

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  Rによる統計解析研修資料

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  Rによる統計解析研修資料 2004年度　HTML  PDF 2006年度 Rを電卓のように使いこなそう　PDF R関数リスト　PDF プレゼンファイル PDF 2007年度 Rを電卓のように使いこなそう　HTML PDF R関数リスト HTML PDF プレゼンハンドアウト PDF

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  • 2008/02/20 18:11

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  社会生物学論争史：誰もが真理を擁護していた

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  【書名】社会生物学論争史：誰もが真理を擁護していた（１，２） 【著者】ウリカ・セーゲルストローレ 【訳者】垂水雄二 【刊行】2005年2月23日 【出版】みすず書房，東京 【頁数】上巻：x, 1-351, 9 pp. / 下巻：vi, 353-725, 51 pp. 【定価】上巻：5,000円 / 下巻：5,800円（本体価格） 【ISBN】上巻：4-622-07131-2 / 下巻：4-622-07132-0 【原書】Ullica Segerstråle (2000), Defenders of the Truth: The Battle for Science in the Sociobiology Debate and Beyond. Oxford University Press. 【書評】※Copyright 2005 by MINAKA Nobuhiro. All rights

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  • 2008/02/09 18:39

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  認知考古学とは何か

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  【書名】認知考古学とは何か 【編者】松本直子・中園聡・時津裕子 【刊行】2003年12月22日 【出版】青木書店，東京 【頁数】vi+262 pp. 【定価】2,900円（本体価格） 【ISBN】4-250-20335-2 【書評】※Copyright 2004 by MINAKA Nobuhiro. All rights reserved 考古学における認知科学：〈分類〉対〈系統〉アゲイン 考古学は伝統的に進化学からさまざまな理論的影響を受けてきた．とりわけ，考古学における〈typology〉すなわち「型式学」の祖とされる Oscar Montelius（1903）には，生物分類学における種概念をモデルとして考古学における遺物・遺跡の分類体系を組み立て，その変遷過程を考察しようとする基本姿勢がはっきりと見られる．生物の時空的変化を跡付けるのが体系学（systematics）であるとするな

  • 学び
  • 2008/02/02 20:11

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  相関係数と無相関検定 以下のような 2 組のデータ x ，y に相関があるかどうかの検定を行う場合は関数 cor.test() を使う． x <- c(70, 72, 62, 64, 71, 76, 60, 65, 74, 72) y <- c(70, 74, 65, 68, 72, 74, 61, 66, 76, 75) このとき，引数 method に次の文字列を入れることで検定方法を代えることが出来る． "pearson" ： ピアソンの積率相関係数の無相関検定を行う． "kendall" ： ケンドールの順位相関係数の無相関検定を行う． "spearman" ： スピアマンの順位相関係数の無相関検定を行う． 上のデータ形式それぞれの入力例である． cor(x, y, method="spearman") # 単なる相関係数 [1] 0.929878 cor.test(x, y, m

  • 世の中
  • 2007/12/14 00:28

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  二変量正規分布の2D/3Dグラフィクス

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  多変量同時確率分布を描画することにより，各変量それぞれの変動（variation）だけでなく，変量間の共変動（covariation）についての直感的な理解を深まるだろう．以下では，〈R〉の多変量正規分布パッケージ〈mvtnorm〉と三次元描画パッケージ〈scatterplot3d〉： mvtnorm: Multivariate Normal and T Distribution (version 0.8-1) scatterplot3d: 3D Scatter Plot (version 0.3-25) を用いて，二変量正規分布の点の散布パターンと密度関数の描画を行なう〈R〉スクリプトを書いた． 1. 基本事項 p次元の変量ベクトル x を考える： x の同時確率密度関数 f(x) は下記の通りである： この式の平均ベクトルμと分散共分散行列Σはそれぞれ次式で定義される： 分散共分散行列

  • 学び
  • 2007/11/10 11:17

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  length <- c(80,73,80,82,74,73,68,81,85,85,93,88) # データ group <- c( 1, 1, 1, 1, 1, 2, 2, 2, 2, 3, 3, 3) # 群

  • 世の中
  • 2007/11/05 12:42

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  ローカル変数と永続代入 <<- について 関数中で値が代入される変数をローカル変数といい，ここでの値は普通の変数（グローバル変数）に影響を与えない．例えば，関数内 <- による代入がなされた変数はその関数の中でのみ有効である．つまり，関数内で <- による代入を行なっても，関数の外部にある同じ名前の変数の値は決して変わることがない．よって関数の内部では外部に及ぼす影響を考えずに変数名を決めてもよいことになる． x <- 10 # グローバル変数 x myfunc <- function(y) { # y は引数（形式パラメータという） x <- y + 999 # x は関数 myfunc() 中のローカル変数 return(x) # 引数でもローカル変数でもない変数は自由変数と呼ばれる } # x [1] 10 # グローバル変数 x の値は 10 myfunc(1) [1] 1000

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  • 2007/10/08 11:23

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