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日頃より、「新着論文レビュー」「領域融合レビュー」をご利用いただきありがとうございます。 「新着論文レビュー」では短いお知らせを出しましたが、2018年11月26日に新規のレビューの追加を終了いたしました。また、「領域融合レビュー」につきましても、2019年1月23日をもって、新規レビューの追加を終了いたしました。 「新着論文レビュー」「領域融合レビュー」はこれまで、日本語の科学論文の編集に豊富な経験を持つ研究者が担当してまいりましたが、その担当者がDBCLSを離れることになりました。レビューの編集には高度な科学的知識と編集能力が必要ですが、残念ながらそのような後継者を見つけることができず、これまでのクオリティを維持するようなレビューを提供することは困難と考え、更新終了を決断するに至りました。みなさまには急なお知らせとなり、大変申し訳ございません。また、これまでレビューの執筆にご協力いただ
当センターの山本泰智特任准教授と山口敦子准教授、そしてNovartis Institutes for Biomedical Researchに勤務するAndrea Splendiani氏による論文、「YummyData: providing high-quality open life science data」がDatabase誌に掲載されました。 論文はオープンアクセスで、下記URLからご覧いただけます。 https://doi.org/10.1093/database/bay022 現在、生命科学分野においても多くのRDFデータがSPARQLエンドポイントを経由してアクセスできるようになりつつありますが、どこに、どのようなデータが収められ、そしてどの程度安定して動作しているのか、などの情報が不足しています。また、データベース提供者においては自身のデータがより多く利用されるために必要な
当センターの 飯田 啓介 特任研究員と 小野 浩雅 特任助教による総説「DBCLSが提供する日本語コンテンツ」が日本生物工学会誌に掲載されました。連載「バイオインフォマティクスを使い尽くす秘訣教えます!」の第3回目です。 総説はオープンアクセスで、下記URLからご覧いただけます。 https://www.sbj.or.jp/wp-content/uploads/file/sbj/9501/9501_bioinformatics.pdf « 機能しているカイコガのエノラーゼ遺伝子群を公共データベースからドライとウェットベンチの連携によって同定した論文が BMC Genomics誌に掲載されました 情報・システム研究機構シンポジウム「分野を超えたデータサイエンスの広がり 〜自然科学から人文社会科学まで〜」(2017年2月20日)が開催されます。 »
2016年2月8日に東京大学 伊藤謝恩ホールで開催された情報・システム研究機構シンポジウム「~オープンサイエンスにおける研究データのオープン化~」の講演動画を統合TVより計3本公開しました。 極域科学とオープンリサーチデータ http://togotv.dbcls.jp/ja/20160301.html 生命科学とオープンデータ http://togotv.dbcls.jp/ja/20160302.html データの再現性と再利用を促進するデータジャーナル ~Scientific Dataを例に~ http://togotv.dbcls.jp/ja/20160303.html シンポジウムの一連の動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。 « 既存データベースのRDF化を加速させる D2RQ Mapper が LODチャレンジ 2015 基盤技術部門で最優秀賞を獲得しました
2014年9月1-12日に開催された、バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム(次世代シークエンサ)速習コース の動画を 統合TV から公開しました。全15本、のべ約41時間の内容です。 関連ウェブサイトのリンク情報などを含む資料ページは、 http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq.html#bioinfo_ngs_sokushu_2014 をご覧ください。 YouTubeのリストも作成しました。リストを活用すると動画を連続再生することができます。またYouTube版では、Google ChromeやSafariを使うと倍速再生することが可能です。 各番組のタイトルおよびURLは下記のとおりです。 【NGS速習コース】1. コンピュータリテラシーとサーバー設計~1-1. OS、ハード構成、1-2. ネットワーク基礎 http://togot
[PDF版資料(情報・システム研究機構)] [東京大学大学院理学系研究科プレスリリース] ポイント ゲノム編集(注1)において有力な手法として注目されているCRISPR/Cas9システム(注2)に用いるガイドRNA(注3)を設計するソフトウェアとして「CRISPRdirect」を開発した. CRISPRdirectを用いることにより,目的以外の部位で誤ってゲノム編集の起こる「オフターゲット効果」の少ないガイドRNAを効率よく設計できるようになった. 優れたガイドRNAの設計がきわめて容易になることから,ゲノム編集のための強力なツールとして生命科学および医学研究への幅広い貢献が期待される. 発表概要 ゲノム編集(注1)は,生命の設計図であるゲノムDNAの任意の部位を切断することにより,その位置の配列を削除したり,あるいは逆に,任意の配列を挿入したりする手法であり,遺伝子の機能を解析するのに有
dbcls.rois.ac.jp/~yayamamo
最近は http://bitbacket.org/ を利用してプロジェクト関連のファイルを全てレポジトリに保存しているのだが、昨日コミット&プッシュの後に誤ってファイルを別の内容で上書きしてしまった。 はいはい、こういうときには簡単に復活できるんだよね、と思いその方法を探ってみると‥。 意外と手間のかかる操作ということが判明したので、備忘録を兼ねて記録しておくことにした。情報源はこちらとこちら。 一度コミット&プッシュすればレポジトリにその内容は保存されているので、復活させること自体は当然出来るのだが、そのために必要な処理は大きく分けると二つある。一つはファイルを復活させることであり、そしてもう一つは、復活後に引き続き作業結果を滞り無くコミット&プッシュするための準備作業である。これを忘れると、以後、コミットは問題無いが、プッシュしても「Everything up-to-date」と表示さ
Colilとは 論文の引用情報に関する検索サービスで、ある論文が他の論文から引用されているとき、本文中ではどのような文脈で引用されているかについて、効率良く検索します。 ( http://colil.dbcls.jp/ ) Colilの特徴 論文全文リポジトリPMCのうち、機械的に再利用可能なライセンスが適用されているオープンアクセスサブセット(PMC OAサブセット)約140万件を対象とした論文引用文脈を検索します。 具体的には、論文の本文中で他の論文を引用しているときに、当該引用情報を含む文章を、被引用文献を軸にして閲覧出来ます。 供引用度に基づく関連論文の検索が可能です。供引用度とは、ある二つの論文間の関係について、それらを共に引用している論文の頻度を示す指標です。 全てのデータはResource Description Framework (RDF)*で表現されており、データベース
2013年10月8日に行われた第7回LinkedData勉強会にて「オントロジーエディタprotégéを使う」と題してprotégéの使い方を簡単に紹介しました。時間がおしていたことなどから非常に駆け足の説明となり、分かりにくい点が多々あったと思います。その後、スライドを見るだけでもなるべく分かるようにするために若干加筆修正をしてslideshareにアップしました。 protégé全体の説明を詳細にすることは困難なので、ひとまず、起動して何をしていいのか分からない、という状況にならないような紹介にしようと思いました。非常に簡単な事例を除いて、最初から思い描いていた通りのオントロジーを構築することはほぼ無理なので、実際の作業としては、オントロジーを作る → それを利用したデータセットを構築する → アプリケーションなどから利用する → 問題を見つける → オントロジーを更新する、の繰り返し
2013年の3月13日にLinked Open Dataの構築についての論文が出版されました。これは、生命科学分野の略語に関するデータベースAllieとRDF化されたWikipediaのデータベースDBpediaの間のリンクを自動生成する試みを報告したものです。 Allieを検索すると分かりますが、1つの略語に対して、その本来の表現である展開形が複数存在することは多く(略語の多義性、例えばSPF)、複数の候補が提示された場合には、実際に自分が求めている展開形がそれらのうちのどれに当たるのかを簡単に知ることが出来れば有益であると思います。しかし現時点ではAllieで略語を検索しても、各展開形の意味は書かれていません。本機能を実現するためには各展開形の辞書が必要となるわけですが、その数は180万弱と膨大で全てを我々が構築することは不可能です。しかも、既に同様の資源があり、それを適切に利用できる
大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター Address 〒277-0871 千葉県柏市若柴178-4-4 東京大学柏の葉キャンパス 駅前サテライト6階 TEL. 04-7135-5508 (代表) FAX. 04-7135-5534 (代表) 〒411-8540 静岡県三島市谷田1111 国立遺伝学研究所 生命情報研究センター W412 links 統合ホームページ DBCLS on YouTubeLive Japan alliance for Bioscience Information (JBI) データサイエンス共同利用基盤施設 情報・システム研究機構 バイオサイエンスデータベースセンター 文部科学省 © 2014 DBCLS, Licensed under Creative Commons Attri
第5回LinkedData勉強会が先日開かれて「SPARQLを使い込む」と題した発表をさせていただきました。 ここでは発表中に口頭でのみお伝えした点やお伝えしきれなかった点について補足しておきます。 SERVICEキーワードを利用したfederated queriesではリモートのSPARQLエンドポイントに対して容易に大量のデータを返す様なクエリを発行出来てしまいます。従ってこの便利な機能を使う際には、実際にリモートに投げられるクエリを想定して行うのが良いと思います。 クエリの構造として同じスコープにある変数の場合、実際にクエリに書かれている順番にバインドされていくわけではないので、リモートに投げられる時点で、記述したクエリの変数のいずれかがバインドされていることを想定することが出来ません。従って、探索空間が非常に広くなりえることに注意が必要と思います。 SELECT * WHERE {
BioHackathon series in 2011 and 2012: penetration of ontology and linked data in life science domains Link BioBenchmark Toyama 2012: an evaluation of the performance of triple stores on biological data Link Building Linked Open Data Link The DBCLS BioHackathon 2010 Link The DBCLS BioHackathon 2009 Link Allie at Database TogoDoc / Client at PLoS One The DBCLS BioHackathon 2008 Link Online Resource
Google refineのクラスタリング機能は便利ですが、ファセット(facet)でバリエーションが多い場合は”too many to display”となってしまい実行出来ません。現バージョンでは制限を変えられるようになっていますが、それでもブラウザベースである程度大きなデータに対して処理を行うとブラウザが長時間にわたり重くなるという問題があります。 その一方でソースコードは公開されているので、それを利用することで、上記の問題を回避したクラスタリングが可能になります。 Key collision kNN Key collision については、Clusteringから個々のソースを取得して適宜生成します。 kNN については、下記の要領でダウンロードします。 svn checkout http://simile-vicino.googlecode.com/svn/trunk/ simi
protegeのバージョンアップに伴い、本記事の記述は古くなってしまいました。新規バージョンの利用方法については、こちらを参考にしてください。 2013年10月15日 今回はオントロジー編集ツールとして広く使われているProtegeを用いてオントロジーを作ります。オントロジーの作り方を記録するだけでなく、Protegeの使い方をまとめておく目的もあります。例として、以前にセマンティックウェブ的なウェブサービス提供方法の一つであるSADIに則ったウェブサービスをPerlを用いて構築する際に用いたメタボオントロジーを取り上げます。定義するオントロジーのイメージは図0のような感じです。参考文献はW3CのOWL仕様書になります。 以下のような順序で進みます。編集には、「ラベルをつける」、「関係の定義」も含まれます。 protegeのインストール ファイル名の設定 編集 リリース インストール pr
ライフサイエンス統合データベースセンター(Database Center for Life Science: DBCLS)は、ライフサイエンス分野におけるデータベース統合化の拠点を形成することを目的に、平成19年4月に大学共同利用機関法人情報・システム研究機構(ROIS)に設立されました。ライフサイエンス分野のデータベースとサービスの専門機関として、国内外のデータベース統合化と利用者の利便性向上のための基盤技術開発を行っています。 同じ ROIS に所属する国立遺伝学研究所の生命情報・DDBJセンター(DDBJ)とは、塩基配列データや遺伝子発現データの統合化や再利用のための基盤技術開発や塩基配列データの注釈付のためのツール開発などで協力・連携しています。また、科学技術振興機構のNBDC事業推進部(NBDC)からの委託研究として、NBDCが進めている国内を中心としたデータベースの統合化と保全
ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)では、科学技術振興機構(JST)のJDreamサービスの登載データベースの1つであった「医学・薬学予稿集全文データベース」の一部データを継承し、医学・薬学予稿集全文データベース検索サービス(URL: http://yokou.dbcls.jp/)として公開いたしました。この度のサービス移管にあたり許諾くださいました学会には深く感謝を申し上げます。 キーワード検索の対象となるのは、要旨タイトル、著者名、学会名、雑誌・機関紙名、所属、のみで要旨本文は検索できませんが、キーワードでヒットしたものは要旨全文をPDF画像で閲覧することができます。なお、各要旨については著者および学会の保有する著作権があります。利用にあたっては、著作権法並びに各学会の定める利用条件または利用規約を遵守してください。 現在、公開中のデータ概要は下記の通りです。 公開許
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TogoID 生命科学系データベースのさまざまなIDのつながりを探索的に確認しながらID変換をすることができるウェブツール
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