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  タンパク質の基礎

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  タンパク質の基礎 米田　真純 No.1　2002年5月29日 1.     序章 ヒトを含めて，すべての生物は細胞から作られている．そして，すべての細胞を構成し，複雑な生命現象に関わっている分子(生体分子)は，大きく分けて低分子(小有機分子)と高分子(生体高分子)の2種類がある． 小有機分子は，分子量が100から1000まで，炭素数30までの炭素化合物である．それらは，糖，脂肪酸，アミノ酸およびヌクレオチドの4種類に分けることができる． 生体高分子は，各々の小有機分子がユニットとなり，それらがつながったものである．糖がつながって多糖ができ，脂肪酸から脂質ができ，アミノ酸からタンパク質ができ，ヌクレオチドがつながって核酸ができる．したがって，生体高分子も多糖，脂質，タンパク質，核酸の4種類に分けることができる． 生体高分子のうち，タンパク質は様々な生命現象を直接担っている．タンパク質は数万種

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  • 2014/04/01 13:48
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  遺伝的プログラミングの説明

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  遺伝的プログラミング（Genetic Programing : GP） 遺伝的プログラミング（Genetic Programing : GP）とは，1992年にStanford大学のJohn Kozaらにより提案された進化論的計算手法である． GPは遺伝的アルゴリズム（Genetic Algorithms:GA)の遺伝子型を構造的な表現（木構造，グラフ構造）が扱えるように拡張したものである． これまでにGPは，ロボットの行動ルール，関数，電子回路などを木構造で表現することによって， ロボットの制御プログラムや電子回路の設計，株価予測，音楽の自動作曲など様々な分野に応用されている． GPのアルゴリズムのフローチャートを右下図に示す．基本的に通常のGA と同じく，評価，選択，交叉，突然変異の遺伝的操作を繰り返すものである． 初期集団の木構造の生成(Initialization) ランダムな個

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  • 2012/01/23 22:43

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  2002 advanced seminarIntelligent Systems Design Lab.第 1 回 gprof ゼミゼミ担当者 指導院生 開催日 ： ： ： 澤田 淳二，斉藤 宏樹，勝崎 俊樹 花田 良子2002 年 10 月 21 日ゼミ内容: このゼミでは，プ�

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  • 2011/03/18 16:56

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  遺伝的アルゴリズムの用語集

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  [ B ] ベイジアンネットワーク（bayesian network） 多くの変数があるときに，変数間の定性的な依存関係をグラフ構造によって表し，定量的な関係を条件付き確率で表したモデル．任意の確率分布を表現できる． 関連リンク : [ ベイジアン最適化アルゴリズムに関する調査（１） ] [ 第49回研究報告 ] ビルディングブロック（積木）仮説（building block hypothesis） 最適解に近い良い解は，部分解が組み合わされて生成されるという仮説．この仮説が成立するには，表現型が近い個体は遺伝子型も類似していること，遺伝子座間での干渉が少ないこと，といった条件が必要になる． [ C ] 形質遺伝（characteristic preserving） 親が持つ解の構成要素（building blocks）を子に適切に継承させること． 染色体（chromosome） 複数の遺

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  • 2011/02/01 09:58
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  分散遺伝的アルゴリズムの説明

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  分散遺伝的アルゴリズム（Distributed Genetic Algorithm : DGA） 分散遺伝的アルゴリズム（Distributed Genetic Algorithm : DGA）とは単一母集団GA（Single Population Genetic Algorithm : SPGA）の母集団を複数の分割母集団（島）に分割し，各島内で遺伝的操作を行うというGAの並列化モデルの１つである．DGAでは各島間で解探索の情報を交換するために，移住という操作を行う． DGAの流れを右下図に示す．SPGAの流れと異なるのは移住（Migration）という操作が加わった点である． 移住は，数世代に一度，各島内で選ばれた１つまたは複数個の個体（移住個体 : Migrant）を別の島と交換することで実現される．このとき，各島内における移住個体の割合を移住率（Migration Rate），何世

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  • 2010/10/19 06:14
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  NSGA2

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  1.NSGA2(Non-dominated S orting Genetic A lgorithms-II ） SrinivasらのNSGA(Non-dominated Sorting Genetic Algorithm)にエリート主義を導入したアルゴリズムでDebらによって開発されたものである． また、それ以外にもランキングによるソートの効率化，シェアリングに代わる混雑度の評価指標の導入が行われている． ２.NSGA（高速非優越ソートアプローチ）の複雑性 NSGAの非優越ソートは，個体数Nの個体を非優越のレベルに基づいてソートするためには（ランク1の個体のみを探し出すのに）O(mN^2)が必要となる．次のフロントを探索するために，第一フロントの個体を一時的に無視し，上記の手続きを繰り返す．最悪のケースでは，第二のフロントを見つけるのにもまたO(mN^2)の計算が必要となる．この手続きは，

  • テクノロジー
  • 2010/07/12 18:18
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  http://mikilab.doshisha.ac.jp/dia/research/person/suyara/RL/TD-Learning/

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  • 2010/05/28 04:16
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  http://mikilab.doshisha.ac.jp/dia/monthly/monthly09/20091127/mmiyaji.pdf

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  • 2010/02/23 12:38
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  EqualLogicの導入

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  EqualLogicの導入 渡辺章人, 廣安 知之, 三木 光範 ISDL Report　 No. 20091115001 2009年 5月 7日 Abstract EqualLogic[1]は, DELL[2]が開発した, iSCSIベースの仮想化ストレージシステムである. 本報告では, EqualLogicの初期設定及び, Windowsでのストレージの利用方法について述べる. 1  はじめに EqualLogic[1]は, DELL[2]が開発した, Internet Small Computer System Interface(iSCSI)ベースの仮想化ストレージである. iSCSIとは, SCSIプロトコルをTCP/IPネットワーク上で使用する規格であり, TCP/IPネットワークを利用することにより, ストレージの仮想化が容易にできる. 本報告では, ストレージ仮想化,

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  • 2010/02/22 20:57

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  マイクロblogの台頭

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  マイクロblogの台頭 米本 洋幸, 松井 勇樹, 三木 光範, 廣安 知之 ISDL Report　 No. 20091325001 2009年 6月 17日 Abstract 本報告では, 近年新たなコミュニケーションメディアとして注目されているマイクロblogについて, 他のコミュネケーションメディアとの比較や特徴, 利用例, 今後の展望についてまとめた. マイクロblogは仕組みの容易さと, 心境として投稿の容易さなどからユーザの支持を集めている. また, APIを公開していることが多く, コミュニケーションを行う以外に利用するケースも多数ある. 今後, マイクロblogはコミュニケーションだけでなく, 様々な用途に利用されることが予想される. 1  はじめに インターネットや携帯電話の急速な普及により, ウェブログ(ブログ)やソーシャル・ネットワーキング・サービス(Soci

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  • 2010/01/11 06:20

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  【IT用語】MapReduceとHadoop

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  【IT用語】MapReduceとHadoop 金 裕可里, 木田 直人, 三木光範, 廣安知之 ISDL Report　 No. 20091306001 2009年 7月 2日 1  はじめに 近年, Webページの検索や, 地図の検索を行うためにGoogleのサービスが頻繁に利用されており, 必要不可欠なものとなっている.Web検索は, 莫大なデータを扱うのにも関わらず, 瞬時に検索結果を表示させることを実現している. この事実の裏側では, 想像以上に膨大な計算や多数のコンピュータの働きがある. Googleはその超巨大なコンピュータネットワークを用いて, 膨大なデータ処理を分散化している. そのため, 大量のデータを瞬時に処理することが可能になっている. そのGoogleの分散処理システムはMapReduce[1]と呼ばれており, Googleの検索技術を支えるコア技術である.

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  • 2010/01/08 23:28

  • MapReduce
  • Hadoop
  • アーキテクチャ
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  iPhone自作プログラム実機転送マニュアル

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  iPhone自作プログラム実機転送マニュアル 篠原 翔, 廣安 知之, 三木 光範 ISDL Report　 No. 20091111002 2009年 8月 28日 Abstract 本レポートでは自作のiPhoneネイティブアプリを実機に転送するまでの手順について説明する。なお、iPhone Developer Center[1]への登録、iPhone Developer Proglam[2]への加入については割愛している。 1  はじめに 本レポートでは自作のiPhoneネイティブアプリを実機に転送するまでの手順について説明する。自作のiPhoneネイティブアプリを実機に転送するまでの手順は、iPhone Developer Centerの登録、iPhone Developer Proglamへの加入、証明書の作成の申請、証明書の発行、Deviceの登録、Apple IDの登録

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  • 2009/11/13 14:52

  • apple
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  Pythonにおける正規表現の基礎

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  Pythonにおける正規表現の基礎 清遠 友貴，廣安 知之，三木 光範 ISDL Report　 No. 20081207003 2008年 12月 16日 Abstract 正規表現(regular expression)とは，文字列のパターンを表現する表記方法であり，プログラミングにおいて文字列の検索や置換を行うときに利用される．本報告では，正規表現を利用できる数あるプログラミング言語の中からPythonを対象とし，その基礎的な使用方法について解説する． 1  はじめに 正規表現とは，ある文字列のパターンを表現するために利用される表現手法のことである．通常の文字列とメタ文字や特殊シーケンスと呼ばれる文字の組み合わせでパターンを作成し，パターンに指定された法則で並ぶ文字列の処理(検索や置換)などを行う．例えば，URLやhtmlのように，一定のルールに沿って作られている文字列を処理する

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  • 2009/09/27 16:17

  • python
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  並列処理の導入2 MPIプログラムのチューニング

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  第二回研究報告（01/06/15） 並列研究グループ　：　下坂久司 並列処理の導入2 MPIプログラムのチューニング １．研究内容 前回メッセージパッシング方式のPVMを用いて作成されたTPSAのプログラムを， 同じくメッセージパッシング方式のMPIに変換した． 今回は変換を行ったMPIプログラムをさらに改良し，通信回数を減らすことを試みる． ２．１　単純なポーティング 前回のポーティングでは，送りたい変数一つにつき，一回の送信を行った． しかしながら，この方法ではPVM一回の通信につき，送りたい変数が5つあるので，MPIでは5回の通信を行わなくてはならない． 一回の通信で送りたい変数は次の通りである． INT型　・・・　nDV DOUBLE型　・・・　E，temperature，oF DOUBLE型の配列　・・・　dv[nDV] 単純にポーティングを行うと，MPIでのこ

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  • 2009/08/25 17:21
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  自然言語処理入門

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  自然言語処理入門 澁谷 翔吾, 廣安 知之, 三木 光範 ISDL Report　 No. 20091110003 2009年 6月 8日 Abstract 本レポートは自然言語処理で基本的な処理について解説する．内容としては，文書内の単語の重み付け, および文書間のベクトル計算について解説する. これらを解説するにあたり，Introduction to Information Retrieval[1]の第6章, 「Scoring, term weighting and the vector space model」を参考にし, 得られた知見についてまとめた. 1  はじめに 近年, 検索エンジンでは検索対象となるドキュメント内の文字に重みを付与し, 候補となる情報に順位付けを行い, 効率的に情報を提供する仕組みが用いられている. これは, 検索クエリーとドキュメントの関連

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  • 2009/08/05 15:55

  • tf-idf
  • 自然言語処理
  • アルゴリズム
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  【IT用語】携帯電話の行方

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  【IT用語】携帯電話の行方 藤田 宗佑, 川崎 考蔵, 廣安 知之, 三木 光範 ISDL Report　 No. 20081205001 2008年 5月 20日 1  はじめに 近年, 携帯電話の普及により, 携帯電話を誰でも持つ時代となった. そして, 携帯電話はただ話す機能だけでなく, さまざまな機能も付加されている. ダウンロードコンテンツの大容量化に伴い, 通信速度も格段に向上している. その中で, 日本国内の通信事業では, 次世代の通信規格において規格競争が激化している. 本報告では, 次世代通信と, これからの携帯電話のあり方について考察する. 2  携帯電話の歴史 携帯電話は通信方式により世代として分類されている. Fig.1 に国内における世代推移を示す. 第1世代(1G)の通信方式は, アナログ通信であるため扱うデータは音声が中心であった. 第2世代(2G

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  • 2009/07/20 14:23

  • LTE
  • WiMAX
  • 携帯電話
  • 技術
  • mobile
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  Intelligent Systems Design Laboratory Reserch Reports ( ISDL Reports ) : 2008

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  Intelligent Systems Design Laboratory Research Reports ( ISDL Reports ) : 2008 ISDL Reports are the research reports of Intelligent Systems Design Laboratory, Department of Knowledge Engineering and Computer Sciences, Doshisha University, Kyoto, Japan.

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  • 2009/07/07 12:13
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  データマイニング手法調査報告

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  データマイニング手法調査 真武 信和，廣安 知之，三木 光範 ISDL Report   No. 20050712001 2006年 3月 6日 Abstract 本報告ではデータマイニング手法として広く用いられている手法についての調査結果をまとめた。調査した手法は、決定木、ニューラルネットワーク、最近傍アプローチ、マーケットバスケット分析、アソシエーションルール、リンク分析、クラスタリング、ハザード関数と生存分析、遺伝的アルゴリズムである。本報告では上記の各手法について簡単にまとめた。またデータマイニングをその目的によって6つに分類し、一般的にそれぞれの目的にどのような手法が用いられているかをまとめた。 1  はじめに 本報告ではデータマイニング手法として広く用いられている手法についての調査結果をまとめる。調査した手法は、決定木、ニューラルネットワーク、最近某アプローチ、マー

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  • 2009/06/17 15:38

  • データマイニング
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  personal_1_kawasaki.dvi

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  • テクノロジー
  • 2009/05/29 18:48

  • 開発
  • 画像
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  連結

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  連結 1．4連結と8連結 2値画像内の画素（m,n）には上下左右方向に隣接画素が存在する．これらの画素を画素（m,n）の4近傍といい，さらに斜めの4画素を含めて8近傍という．これらの隣接画素との間に連結性（つながっているか否か）の定義ができる．隣接画素が4近傍で定義されているとき，同じ値の2点間に経路が存在すれば4連結しているといい，8近傍で定義されている場合には8連結しているという． 図 1　連結性とその経路 また，同じ値を持つ画素の連結したひとまとまりの領域を連結成分といい，1（黒）の連結成分の中に存在し，外側の0（白）の画素とつながらない0の連結成分を孔という．なお，黒領域を4（8）連結で定義した場合，背景領域を8（4）連結で定義しないと連結性に矛盾が生じる． 2．内部点と境界点 2値画像の黒領域は背景に接する境界点の集合と背景に接していない内部点の集合からなる．これらの集合は黒領域

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  • 2009/05/22 08:33

  • rits
  • 画像処理
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  凝集法とk-means法

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  凝集法とk-means法 千田 智治, 廣安 知之, 三木 光範 ISDL Report　 No. 20081014002 2008年 7月 5日 Abstract クラスタリング手法は大きく, 階層型クラスタリングと非階層型クラスタリングの2つに分類される. 有名なクラスタリング手法として, 階層型クラスタリングでは凝集法, 非階層型クラスタリングではk-means法がある. 本報告では, この2つのクラスタリングに注目して, アルゴリズムの説明と, 各クラスタリングにどのような違いがあるのか様々なデータを用いて比較した. 1  はじめに クラスタリング手法は大きく, 階層型クラスタリングと非階層型クラスタリングの2つに分類される. 有名なクラスタリング手法として, 階層型クラスタリングでは凝集法, 非階層型クラスタリングではk-means法がある. 本報告では, この2つのクラス

  • 世の中
  • 2009/05/11 09:00

  • クラスタリング
  • algorithm
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  LaTeX Tips

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  TeXを利用した文書の作成の上で役立つ情報を提供します．どれも大したものではありませんが知っているとTeXでの文章の作成がちょっと楽になるテクニックです．ほかにも，役立つ情報があれば是非ご一報ください． □LaTeX Error:Too Many unprocessed floatの解決法 図表を多用したときのエラーの解決法（2000/02/02） □LaTeXでのウムラウトの処理 ドイツ語のウムラウトを入力するためのコマンド紹介（99/10/12） □BiBTeXを利用した文献の引用方法 文献データベースファイルのなかの任意の文献を引用できるようにするBiBTeXの使い方 □秀丸エディタでの文献データベースファイルの作成 文献データベースファイル作成のための秀丸のマクロ． □Excelで作成した表をTeXに変換する Excelの表をTexのソースに変換してくれるマクロの紹介．

  • テクノロジー
  • 2009/05/03 03:20

  • TeX
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  【IT用語】Facebook APIとOpenSocial

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  【IT用語】Facebook APIとOpenSocial 小林祐介, 西岡雅史, 廣安知之, 三木光範 ISDL Report　 No. 20081208001 2008年 5月 20日 1  はじめに 近年, インターネット上で, 様々なサービスが開発されている. 中でもこの数年で急成長したのが, SNS（ソーシャルネットワーキングサービス）である. これは, インターネット上でも現実の友達などと交友を深め, また, 同じものに興味を持つ新しい友達などと出会えるサービスである. 今, SNS上でアプリケーションを開発し, 公開することが話題となっている. そこで, SNS上でアプリケーションの開発を行うためにAPIを一般のユーザに公開しているFacebook APIとGoogleのOpenSocialについて述べる. 2   Facebook Facebookとは, アメリカ

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  • 2009/04/09 00:09

  • facebook
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  LaTeXでのウムラウトの処理

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  1999/10/12 通常はドイツ語やフランス語を扱うことは少ないと思いますが，人名などでドイツ語のウムラウトなどに遭遇することもあると思います． たとえば我々GA班であれば，Tomas Bäck先生などは避けて通れません． 標準のLaTeX(pLaTeX2e)でも，ドイツ語の「エスツェット」やフランス語の「oe合字」といった特殊文字，また，ドイツ語のウムラウトやフランス語のアクサン記号などの入出力が可能です． ただし，これらのすべてをこのページで網羅するのは不可能ですので，とりあえずここではドイツ語のウムラウトの処理に限定して述べます． 1. ウムラウトの入力 LaTeXでウムラウトを入力するためには以下のような簡単なコマンドを入力するだけです．たとえば，äを入力するためには，

  • テクノロジー
  • 2009/02/16 18:32
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  TOP-PAGE--多目的遺伝的アルゴリズム

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  ■多目的遺伝的アルゴリズム -Genetic Algrithms for Multiobjective Optimization Problems- 私たちは，多目的最適化問題に遺伝的アルゴリズムを適応した多目的GAの研究を行っています．このページでは，多目的最適化や多目的GA，そして私たちの研究を説明していく予定です．

  • テクノロジー
  • 2009/02/04 09:42

  • GA
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  複雑ネットワークの基礎

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  複雑ネットワークの基礎 伊藤 冬子, 廣安 知之, 三木 光範 ISDL Report　 No. 20080822003 2008年 12月 20日 Abstract 近年, 計算機の能力が発達してきたことから, 現実に存在する友人関係や伝染病の感染, タンパク質の化学反応など, 大規模なネットワークの分析が可能になっている. 複雑でありながらもいくつかの規則性や機能を持っているこれらのネットワークは複雑ネットワークと呼ばれる. 本報告では, 複雑ネットワークの分析に必要となるネットワークの特性量や複雑ネットワークの生成モデルについて解説する. 1  はじめに 近年, 計算機の能力が発達してきたことから, 現実に存在する友人関係や伝染病の感染, タンパク質の化学反応など, 大規模なネットワークの分析が可能になっている. 複雑でありながらもいくつかの規則性や機能を持っているこれらのネ

  • 世の中
  • 2009/01/29 15:10

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  協調フィルタリング

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  協調フィルタリング 澁谷 翔吾，廣安 知之，三木 光範 ISDL Report　 No. 20081110004 2008年 12月 1日 Abstract 本レポートでは, 「協調フィルタリングに関する研究動向[1]」の論文から得られた知見についてまとめた. 協調フィルタリングとは, 個々の情報収集者が持つ問題解決のための情報を効率的に収集する情報収集手法である. これは, 対象とする問題に関心を持つ者を探して, その者から問題解決のための情報を収集することである. 協調フィルタリングはリコメンデーション（推薦）やパーソナライゼーションに利用されている. 実際にAmazon.com[3]やはてなアンテナの「おとなりアンテナ」[4]などに応用されており, Web 2.0においてロングテールを支える要素技術として注目されている. 1  はじめに 協調フィルタリングとは, 個

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  • 2009/01/24 01:47
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  分子動力学法（Molecular Dynamics method）の調査

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  分子動力学法（Molecular Dynamics method）の調査 中尾 昌広，廣安 知之，三木 光範 ISDL Report No. 20070610011 2008年 3月 17日 Abstract 本レポートでは，分子動力学法（MD：Molecular Dynamics method）の概要を述べ，TINKERを用いてタンパク質の立体構造に対するMDシミュレーションを行った．その結果，MDシミュレーションのパラメータの１つである温度が低いほど良好な結果が得られたが，温度が低いほどタンパク質の立体構造は初期状態からほとんど変化しなかった．温度のパラメータに関して，さらに考察が必要である． 1  はじめに タンパク質は生命活動において，非常に重要な役割を担っている．タンパク質の機能は，その立体構造により決定できるため，計算機シミュレーションを用いてタンパク質の立体構造を予

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  • 2008/12/30 04:37

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