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生命科学は、情報学・数学・１分子計測技術の魅力的な実験場です。私たちは、これらの学問を生命科学に取り入れ、DNAとオーミクス周辺の生命科学の研究課題に取り組んでいます。 情報学・数学からのアプローチ 数学的思考等の知的活動を計算機で自動化することには限界があることは、たとえばゲーデルの不完全性定理等で知られています。この限界を意識しつつ、自動化できる範囲が機械学習、データマイニング等の情報学分野で徐々に広がっています。一方、私たちが取り組んでいるのは、生物における自動化メカニズムの理解です。たとえば、ゲノムがどのように情報をコードして細胞や組織を構築し、また進化してきたか？　核内でDNAはどのように畳み込まれ遺伝子の発現を制御しているか？　などを深く知りたいと考えています。このような歩みから、生命科学は情報学と数学の魅力的な実験場であると感じています。特に最適化アルゴリズム、並列計算、機械

, , CGED (Cancer Gene Expression Database) http://cged.hgc.jp/ AdaBoost Marcel Dettling and Peter Bühlmann Boosting for tumor classification with gene expression data Bioinformatics, Jun 2003; 19: 1061 - 1069. Jinyan Li, Huiqing Liu, See-Kiong Ng, and Limsoon Wong Discovery of significant rules for classifying cancer diagnosis data Bioinformatics, Sep 2003; 19: 93 - 102. Manuel Middendorf, Anshul

学部３年 講義名　生物情報ソフトウエア論　平成22年度夏学期　月曜日　２限 教科書　LARGE-SCALE GENOME SEQUENCE PROCESSING　第１～８章を講義 講義名　生物情報科学　情報基礎実験　平成22年度冬学期　10/26 ～2週間 本演習では次世代シーケンサーデータを解析する基本的なプログラムの作成を目指します。 講義名　生命情報表現論　平成22年度冬学期前半　水曜日2限 l  数理論理学 propositional logic,　resolution, predicate logic, Godel’s incomplete theorem Al Aho and Jeff Ullman: Foundations of Computer Science, Chapter 12 & 14 (PDF files of the two chapters are avail

Bin Packing 問題　　近似アルゴリズム ■　Bin Packing 問題は次のように定義される： いろいろな大きさのコップに、その容積一杯に水が入っているとする。各コップ u の容積は正の整数 s(u) とするとき、コップの集合を U とする。 一方、容積がどれも正の整数 B であるビンが K 個あるとする。 各コップの水はどれか一つのビンに注ぐとするとき、各ビンがこぼれないように注ぐ方法はあるか？ このように、方法が存在するか否かを問う問題は、「決定問題」と呼ばれる。 ■　一方、次の問題を「最適化問題」と呼ぶ。 コップの集合Uに対して、最小何個のビンがあれば、各ビンがこぼれないようにできるか？ 最適化問題を解いて、最小のビンの数が OPT 個と分かったならば、決定問題は OPT ≦ K ならば、方法が存在し、 K ＜ OPT ならば、方法は存在しない というように簡単に解くこと

生命科学は、情報学・数学・１分子計測技術の魅力的な実験場です。私たちは、これらの学問を生命科学に取り入れ、DNAとオーミクス周辺の生命科学の研究課題に取り組んでいます。 情報学・数学からのアプローチ 数学的思考等の知的活動を計算機で自動化することには限界があることは、たとえばゲーデルの不完全性定理等で知られています。この限界を意識しつつ、自動化できる範囲が機械学習、データマイニング等の情報学分野で徐々に広がっています。一方、私たちが取り組んでいるのは、生物における自動化メカニズムの理解です。たとえば、ゲノムがどのように情報をコードして細胞や組織を構築し、また進化してきたか？　核内でDNAはどのように畳み込まれ遺伝子の発現を制御しているか？　などを深く知りたいと考えています。このような歩みから、生命科学は情報学と数学の魅力的な実験場であると感じています。特に最適化アルゴリズム、並列計算、機械