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R パッケージのインストール（R コマンダーの例） 今年度（2009年度）から始まった「農環研 統計GISコース」のため， R-2.9.0 のインストールに続いて，パッケージをインストールした。 以下は，その記録である （2009年5月）。 R本体を R-2.10.1 にアップデートしたのに伴なって， パッケージもアップデートした。 なお，パッケージをアップデートする場合には， Rの中から "Update packages..." を実行するよりも， 古いパッケージのディレクトリを削除して （あるいは用心のため名前を変えて取っておいて） 新たにインストールした方が早い （2010年3月）。 以下の説明文の中で， 「ディレクトリ」という用語は「フォルダ」と同義である。 1. パッケージ用ディレクトリ 2. パッケージのインストール 3. Vista へのインストールについて 4. 『指定され
論文： Yamamura, K. 1999. Transformation using (x + 0.5) to stabilize the variance of populations. 掲載誌：Researches on Population Ecology 41: 229-234. [PDF (142KB)] (Copyright by the Society of Population Ecology and Springer-Verlag Tokyo) The original publication is available at http://www.springerlink.com いくつかの環境で生物の個体数が異なっているかどうかを判定するとき，分散分析を行ってその違いをきちんと判定しなければならない。ただし，分散分析にかける前に，その前処理として「対数変換 log
1 一般化線形モデル一般化線形モデル 平成２１年度 数理統計研修 農環研・生物多様性研究領域，山村光司 線形モデル（Ｌｉｎｅａｒ ｍｏｄｅｌ， Ｇｅｎｅｒａｌ ｌｉｎｅａｒ Ｍｏｄｅｌ） 変数変換法 一般化線形モデル（Ｇｅｎｅｒａｌｉｚｅｄ ｌｉｎｅａｒ ｍｏｄｅｌ） 統計ソフトの比較 ＪＭＰ，ＳＡＳ，ＳＰＳＳ，Ｓ-ＰＬＵＳ，Ｒ （ホームページ版では省略） Psuedo-replication（偽反復）の問題 モデルの選択方法 共分散構造分析 2 線形モデル 線形モデル(Linear Model) 回帰分析 Regression 量的要因の影響を分析 分散分析 ANOVA カテゴリー要因の影響を分析 共分散分析 ANCOVA 量的要因とカテゴリー要因の 影響を分析（一つずつの場合） 線型モデル Linear model 一般線形モデル General Linear Mode
Research Topics Effect of land use change to biodiversity and wild life distribution in the rural area. Relationship between traditional land use and sustainable agriculture system in early modern Japan Contribution of FOSS4G on Agro-Environment Study Historical GIS HABS 歴史的農業環境閲覧システム (Japanese) HABS Historical Agro-environmental Browsing System (English) NIAES Stat-GIS Course Handout (Japanses o
QGIS実習第6回 紙地図(?)のGISデータ化 幾何補正の実際 岩崎＠生態系計測研究領域 または いわさき＠OSGeo まずは復習 ● GISデータって何だっけ? ● ベクター形式，ラスター形式? ● shpファイル，GeoTiffファイル? ● これはあくまで「形式」の話であって，本質で はない。 ● じゃ「GISデータ」ってなんだ? ● GISデータに必要な要件 ● データが電子化されていること ● 電子化された地理的位置情報を持つこと。 ということで ● こういうのだって，立派なGISデータ。 ● 農環研の位置の経緯度情報 ● デジタル化されているし，地理的位置の情報も 持っている。 ● ただし，これがGISソフト上で表示できるかで きないかというは，また別の問題 – だいたい，すべてのGISデータを表示できるソフ トは存在しないだろう。 Lat． Lon. Name 36.02
平成１６年度 数理統計研修 一般化線形モデル 一般化線形モデル 農環研・個体群動態ユニット，山村光司 線形モデル（Ｌｉｎｅａｒ ｍｏｄｅｌ， Ｇｅｎｅｒａｌ ｌｉｎｅａｒ Ｍｏｄｅｌ） 一般化線形モデル（Ｇｅｎｅｒａｌｉｚｅｄ ｌｉｎｅａｒ ｍｏｄｅｌ） 変数変換法（線型モデルでの注意点） 統計ソフトの比較 ＪＭＰ，ＳＡＳ，ＳＰＳＳ，Ｓ-ＰＬＵＳ，Ｒ 共分散構造分析（別の方向での拡張） 線形モデル(Linear Model) 線形モデル 分散分析 ANOVA カテゴリー要因の影響を分析 Ｔ１ Ｔ２ 回帰分析 Regression 量的要因の影響を分析 Ｘ 線型モデル Linear model 一般線形モデル General Linear Model 共分散分析 ANCOVA 量的要因とカテゴリー要因の 影響を分析（一つずつの場合） Ｔ１ Ｔ２ Ｘ 単回帰分析 式で書くと
日時：2006年2月28日（火）から毎週火曜 13:00〜15:00 に開講 2007年4月13日（金）から毎週金曜 13:00〜15:00 に開講 場所：農業環境技術研究所・地球環境部・環境統計ユニット（つくば市観音台 3-1-3） 教材：下記を教科書として用いる — M. L. Zelditch, D. L. Swiderski, H. D. Sheets, and W. L. Fink (2004) Geometric Morphometrics for Biologists: A Primer Elsevier Academic Press, San Diego, xii+443 pp., ISBN:0-12-778460-8→目次 シラバス 統計学の知識を踏まえて，幾何学的形態測定学（geometric morphometrics）に関する講義を行なう．生物あるいは無
● 11 oktober 2008（土） ※ “三連働”の初日は成果もなく ◆午前6時起床．曇りときどき小雨．冷え込みはまったくなく，気温は高め．〈Brotzeit〉でパンを買って帰宅．ここのところぜんぜん早朝の歩き読みをしていない．この三日間は世間的には三連休なのだが，個人的には追い込まれの“三連働”だ．「行楽」ということばはワタクシの辞書にはなく，連日のトド撃ちが三日間続くことになる． ◆朝からトド撃ち —— 〈ISHPSSB Off-year Workshop Kobe〉の講演者の滞在ホテルの予約はオーガナイザー一任であることをすっかり失念していた．事前予約の期限が今日までとのことで，あわてて事務局にメール連絡する．とはいえ，当の講演者たちへの連絡が同時並行というのは拙速きわまりないことだ．ごめんなさいごめんなさい．返事をよろしく． ◆小降りだった雨は午前10時には本降りになった．つ
日時：2005年4月21日（木）から毎週木曜 13:00〜15:00 に開講（2006年1月5日閉講） 場所：農業環境技術研究所・地球環境部・環境統計ユニット（つくば市観音台 3-1-3） 教材：下記の本を教科書として用いる — Michael J. O'Brien and R. Lee Lyman (2003) Cladistics and Archaeology The University of Utah Press, Salt Lake City, xxiv+280 pp., ISBN:0-87480-775-1→書評・目次 シラバス 生物体系学において理論・実践の両面で進展してきた系統推定論（系統樹を推定する科学）は，変化を伴う由来という歴史的過程に対しては普遍的に適用可能である．このことは，系統推定論が単に生物の進化的系統関係の推定だけではなく，無生物の
日時：2005年4月26日（火）から毎週火曜 13:00〜15:00 に開講 場所：農業環境技術研究所・地球環境部・環境統計ユニット（つくば市観音台 3-1-3） 教材：下記の2冊を教科書として用いる — Jerold H. Zar (1999) Biostatistical Analysis (Fourth Edition) Prentice Hall, Upper Saddle River, Ner Jersey, xii+664+212+12+20+23 pp., ISBN:0-13-081542-X. M. L. Zelditch, D. L. Swiderski, H. D. Sheets, and W. L. Fink (2004) Geometric Morphometrics for Biologists: A Primer Elsevier Academic
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