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{targets} に身を任せろ {targets}は, 研究のワークフローを構築するRのパッケージです. 最大の特徴は, データ, 関数, 結果をRのオブジェクトとしてその依存関係を管理し, 上流のオブジェクトが変更されたときに, それに依存する下流のオブジェクトを自動的に再計算してくれることです. これにより, 再現性を保ち続けたまま研究を進めることができます. さらにQuartoと組み合わせることで, 研究途中のレポートやスライド, 論文の執筆といった, 研究の全てのワークフローを一つのパイプラインで管理することができます. この記事では以下のQuarto + {targets}を用いた研究のワークフローを解説します. 実際に私が研究で用いており, 研究の進捗に合わせてステップを進めていくことができるようになっています. また, 研究とは直線的なものではなく, 試行錯誤を繰り返しなが
Beamerひしめく経済学の世界の片隅で 2年前, Quarto + Reveal.jsによるアカデミックなスライドの作り方を解説しました. 以来, デザイン等をアップデートしながら, Quarto + Reveal.jsでスライドを作成してきました. Beamerが98%, PowerPointが2%という経済学の世界では異端ながらも, Quarto + Reveal.jsは私にとってはデザインとカスタマイズ性から最適な選択肢でした. しかし, PDFスライドがデファクトスタンダードな世界でReveal.jsを用いたHTMLスライドを使うことには限界があると感じました. Reveal.jsはPDFに変換することができますが, いくつかの問題がありました. HTML版だと1枚に収まっていたスライドがPDF版だと下部分がはみ出てしまうことがある 数式のレンダリングがうまくいかないことがある
Jupyter NotebookやR Markdownをブログにしよう Jupyter NotebookやR Markdownは研究の試行錯誤の段階で, 共著者や指導教官とのコミュニケーションのために非常に便利なツールです. しかしこれらのファイルが溜まってくると中身を忘れてしまい, いちいち開かなければなりません. そこで, これらの分析結果をブログのように管理することを考えました. 日々のレポートを時系列などでならべるのであればブログ形式として管理するのが自然です. 既存のブログの機能を用いれば, タイトルやサムネイルから内容を探しやすくなり, タグ付けや検索機能などでより効率的に管理ができるようになります. この記事ではQuartoを用いて, ブログのように研究を管理する方法を紹介します. 私自身, 指導教官や共著者とのミーティングの際にこのブログを見せながら, その週の進捗について
2022年に書いたRで論文を書く実践的なテクニック集のテーブル編をtinytable版で書き直したものです. Quartoで書かれた英語版もありますので, そちらも参考にしてください. kableExtra, gt から tinytable の時代へ 近年, Rで表を作成するためのパッケージとして kableExtra と gt が人気を集めてきました. 私は kableExtra を使って論文(\LaTeX)で表を作成し, gt を使ってスライド (revealjs) で表を作成しており, 以前行ったRワークショップやZennでの解説記事でもkableExtraを念頭においておりました. しかし, 2024年4月現在, tinytableが従来のパッケージと比べ軽くて使いやすく, 今後のスタンダードになっていくと確信しており, 以前書いた記事を更新する必要があると考えました. この記事で
はじめに もっとミニマルで簡単なポータブルな環境を! 自分自身の研究のための環境構築についてこれまで二本の記事を書いてきました. これらの記事から二年ほどたち, いくつかの点において不満点が出てきました. 特に, GCPや自宅のサーバー上でリモートで作業することが多くなってきたので, よりミニマルでポータブルな環境が必要になりました. 以下では, 現時点で最小限の努力で環境を再現ができることを目標にしたDockerベースのGitHubレポジトリのテンプレートとその使い方を紹介します. このテンプレートを用いて作られた環境は, 新たなコンピュータ上で最短4ステップで環境を再現できるようになります. git clone VSCodeの"Open in Remote Containers" renv::restore() dvc pull この環境とセットアップはこのレポジトリにテンプレートとし
ワークショップを開きました 先日, PhD学生向けに論文を書く際に役に立つRのテクニックのワークショップを行いました. ワークショップ用のレポジトリは以下にあります. せっかく作った資料なので, 日本語での解説をしたいと思います. 長いので3つの記事に分けました.[1] プロジェクト・クリーニング編 グラフ編 テーブル編 お役に立てれば幸いです. プロジェクトベースワークフロー Q. なぜあなたのRコードは私のPC上で動かないのですか? A. パスかパッケージのバージョンに問題があるからです A. あなたがR projectのもとでhereやrenvを使っていないせいです. R プロジェクト ところでみなさんはこのボタンを押したことがあるでしょうか? このボタンはRプロジェクトを作るボタンです. 私は常にプロジェクトのフォルダを (つまりGitのレポジトリ単位) Rプロジェクトにしています
はじめに 研究環境を全部Dockerにしたい みなさん, Dockerって便利ですよね. プロジェクトを複数持っている時に, 環境を簡単に切り替えることができて最高ですよね. また複数人のプロジェクトも同一の環境で実行できるって, 魅力的ですよね. なんなら, 全部 VSCodeのDev Containerにしたい VSCodeのRemote Container Extension機能のおかげで, Docker環境がますます便利になったと思います. コンテナ内をまるでローカルのようにGUIで扱えるのでDockerに関する学習コストがとりわけ少なくなったように感じます. 個人的には共同のプロジェクトでもDockerを使ってもらいやすくなったと感じています (環境はこちらで構築すれば良いので.) 今回の目標はRstudio + LaTeXの研究環境をまるごとDocker + VSCodeで構築
はじめに \LaTeXは誰も教えてくれない みなさん、 いつから\LaTeXを使いはじめたでしょうか。 大学一年生でしょうか。 ゼミや研究室に入った時でしょうか。 はたまた卒論や修論を執筆しはじめた時でしょうか。 そのとき、 誰か今節丁寧に教えてくれましたか? 少なくとも、私の周りではそんなことありませんでした。誰も教えてないのに、みんな元から知ってたかのような顔をして、当たり前のように使っている。でも使い方について話題に上がることもないから、みんながなんとなくで使っている。そんな感じじゃないでしょうか。 BibTeXや文献管理ソフトはもっと教えてくれない テンプレートを使いながら、コマンドをググればなんとか\LaTeXで文章を自力で作成することは可能です。しかし、文献引用についてはどうでしょう。世の中にはZoteroやMendeleyといった文献管理ソフトやBibTeXという文献引用のた
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