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『バイオインフォ 道場 [bioinfo-Dojo]』

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  • R 使い方 集計に便利な関数 aggregate

    4 users

    bioinfo-dojo.net

    データフレームを使って集計を行う場合に、使いやすい関数があります。aggregate関数です。データフレームの計算にはapply系の関数がよく使われますが、わかりづらいという方にはオススメの方法です。 とにかく早く問題解決したい人はこちら>>直接、データ解析相談 関連記事 R 使い方 欠損値 NA データフレームのNAを探す方法 R 使い方 欠損値 NA 除去方法 R 関数 maxの位置・minの位置を求める R 使い方 データフレーム 累積和を求める aggregate関数の使い方 aggregate関数は、データフレームについて「指定した列をカテゴリで分けて集計する」というような計算を行うことができます。引数に、集計したい列(群)・識別したい条件(群)・関数を指定します。 単純構造 構造が単純な場合は、table関数でも同様のことができます。 R> df <- data.frame(n

    • テクノロジー
    • 2019/03/20 19:02
    • R
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    • blog
    • bash 部分文字列・置換・長さ・連結・分割の文字列処理

      4 users

      bioinfo-dojo.net

      bashのよく使う文字列処理、部分文字列・置換・連結・長さ・分割について、サンプルを交えながらまとめます。 とにかく早く問題解決したい人はこちら>>直接、データ解析相談 部分文字列 文字列から部分文字列を取り出すときは、位置を指定した抽出方法か、パターンを指定による不要部分削除の方法を利用すると良いです。パターン指定には、前方一致と後方一致があるので使い分けると便利です。 位置指定 変数に対して、開始位置と長さ(省略可)を指定します。 書式 ${変数名:開始位置:長さ} # 開始位置(先頭は0)から長さ分の部分文字列 ${変数名:開始位置} # 開始位置(先頭は0)から最後までの部分文字列 使い方 $ var="/aaa/bbb/ccc/ddd.txt.back" $ echo ${var:5:4} bbb/ $ echo ${var:5} #開始位置(5)から最後まで bbb/ccc/d

      • テクノロジー
      • 2019/02/17 17:03
      • シェルスクリプト | ファイル存在チェック・空ファイルチェック

        3 users

        bioinfo-dojo.net

        bashでスクリプトを作成するときに、よく使うのがファイルの存在チェックです。 if文と組合せると、ファイルの有無によって処理を分けることができます。エラー処理も記述できて使いやすいスクリプトになります。 様々な処理で活用できるので、是非参考にしてみて下さいね。 シェルスクリプトでファイルの存在をチェックする ファイルのチェックといえば、代表例は「ファイルがあるか?」ですよね。存在すれば、次の処理を実行します。存在しなければ、「指定したファイルがないよ」というエラーを表示してあげると便利です。 bash テストコマンドで真偽を判定する 「ファイルがあるか?」というチェック(評価)は、テストコマンド(test)で調べることができます。 テストコマンドは、与えられた条件式の真偽を判定するコマンドです。以下の例 check_file.sh の場合、条件式は「-e file」の部分です。「ファイル

        • テクノロジー
        • 2018/01/15 12:37

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