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2021 5/8  タイトル修正 Conda-forgeのMiniforgeレポジトリには、conda-forge に特化した Conda の最小インストーラーが用意されています。Miniforgeレポジトリは Miniconda と同等ですが、Conda-forge がデフォルトのチャンネルとして設定されています。また、様々な CPU アーキテクチャのサポートに重点を置いており、まだexperimental扱いではあるものの、Apple silicon向けのインストーラーも用意されています。さらに、Mambaをオプションでサポートしています。 今回は、提供されているインストーラースクリプトを使ってwindowsのWSL2にconda環境をセットアップします。 レポジトリ Linuxとmacosのx86_64 (64 bit)とarm向け、LinuxのPOWER8/9向け、windows（

2021 2/11 誤りを修正 2021 4/26 Rについて追記 2021 4/30 tips追記 2022 2/7 再インストール追記 Githubより Mamba は C++ での conda パッケージマネージャの再実装です。マルチスレッドを使ったリポジトリデータとパッケージファイルの並列ダウンロード、依存関係の解決をより高速にするための libsolv、Red Hat、Fedora、OpenSUSE の RPM パッケージマネージャで使用されている最先端のライブラリです。 mambaのコア部分はC++で実装されており、最大限の効率化が図られています。 同時に、mamba は可能な限り互換性を保つために、codaと同じコマンドラインパーサ、パッケージのインストールとデインストー ル、トランザクション検証ルーチンを利用しています。 開発の動機のブログ記事。condaの問題点についても

Spalnは、哺乳類サイズの真核生物ゲノム配列にタンパク質のクエリ配列をスプライスアライメントし、自己完結的にゲノムマッピングを行うための最も初期の実用的なツールである。しかし、その計算速度は、急速に増加するゲノムおよび転写産物配列データの解析には不十分である。 Spalnの動的計画計算は、(i)多重中間一方向Hirschberg法の導入、(ii)SIMDベースのベクトル化、の2つの方法で高速化された。新バージョンのSpaln3は、最新のSpalnバージョン2より約7倍高速で、遺伝子予測精度は常にMiniprotより高い。 インストール ubuntu22.04でビルドした。 git clone https://github.com/ogotoh/spaln.git cd spaln/src/ ./configure make -j8 make install > ./spaln No in

ブログで開発の動機は説明されています。 Reversing Docker Images into Dockerfiles https://samaritan.ai/blog/reversing-docker-images-into-dockerfiles/ インストール mac os10.13のgo version go1.11 darwin/amd64でビルドした。 Go言語がないなら先に導入しておく。 Github go get -u github.com/P3GLEG/Whaler cd ~/go/src/github.com/P3GLEG/Whaler go build . > Whaler -h $ Whaler -h Usage of Whaler: -f string File containing images to analyze seperated by line -f

2019 4/15 Githubリンク追加 2019 6/21 seqmit sample コマンド追記 2019 8/7 help追加 2019 8/8 stats追記 2020 3/18 help更新 2021 ツイート追加（対応するバージョンを使っている人は注意） 2016年に発表されたfastqの操作ツール。競合ツールより多機能とされる。seqtkと同様、動作は非常に早い。メモリ使用量はseqtkより少ないとされる。 マニュアル Usage - SeqKit - Ultrafast FASTA/Q kit チュートリアル Tutorial - SeqKit - Ultrafast FASTA/Q kit 公式マニュアルの機能比較。競合のツールより多機能に見える。 公式マニュアルより。 2023/03/22 SeqKit has got 1000 citations 🎉 We've

2019 4/11  twitterリンク追記 2020 3/2  関連リンク追加 近年、いくつかのグループが、データの要約ではなく実際のデータをグラフで表示することを提唱している[ref.1-4]。生データは、ヒストグラムやドットプロットなど、さまざまな方法で視覚化できる。データ解釈を補助するにはデータ要約が表示されてもよい。さらに、95％信頼区間（95CIs）が与えられている場合、異なるカテゴリー/条件の直接比較は「視覚的推論」によって行うことができる[ref.5,6]。 データとその要約を引き出すために、いくつかの市販のソフトウェアパッケージが利用可能である。しかしながら、理想的には、そのようなツールはオープンソースで、自由に利用可能で、そしてユーザによる貢献または修正を可能にするべきである。生データと要約の組み合わせをプロットするための無料のオープンソースWebベースアプリケーショ

AlacrittyはRustで書かれたGPUをレンダリングに使う高速な端末エミュレータ。OpenGL（wiki）を使ってレンダリングを行う。開発はまだアルファ段階らしいが、すでに色々なプラットフォームに対応している（windowsはこれかららしい）。開発の大きな動機は、WUXGAから4k、5kのような高解像度ディスプレイでtmuxを起動し、vimを開いてコーディングしている時の画面描画の遅さだったと述べている。 Announcing Alacritty, a GPU-accelerated terminal emulator https://jwilm.io/blog/announcing-alacritty/ Alacrittyに関するツイート。 twitter.com インストール mac os10.13に導入した。 本体　Github mac osへのインストール #Rust com

1随時更新 ・2024/05/24 古いSNS情報を整理 MinION（ミナイオン）でシーケンスする流れを説明する。 ナノポアに関しては模索中の段階です。書いていることが必ずしも正しいとは限らないことに注意してください。 wiki MinION (Oxford Nanopore) - wiki 公式ツイッター LONDON CALLING 2022 TOPICやPRESENTATION TYPEでスピーカーの絞り込みが可能 追記 動画マニュアルリンク削除 & HTMLマニュアルについて追記 公式のリンクをいくつか貼っておく。 White papers https://nanoporetech.com/resource-centre/white-papers Videos https://nanoporetech.com/resource-centre/videos Posters http