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はじめに こちらの記事 でご存じの方も多いと思うが、商用利用(定義については後述)における Anacondaリポジトリの利用が有償化されたようである。 回避策として、こちらの記事にもあるように、pyenv等をつかえばよいのではないかという話もあるが、ケモインフォマティシャンが良く使うRDKitは実質condaでしか配布されていないため、condaを使わざるを得ない状況である。 最初の記事によれば、miniconda+conda-forgeの運用であれば影響は受けなさそうとのこと。そこで、今回、miniconda+conda-forgeで運用を考えてみた。 情報整理 まずは変更されたAnconda Individual EditionのTerms of Serviceを確認する。 To avoid confusion, “commercial activities” are any use

Deleted articles cannot be recovered. Draft of this article would be also deleted. Are you sure you want to delete this article? はじめに 先日、firewalldで特定IPアドレスのみsshを許可する という記事を書いては見たものの、-add-rich-rule というオプションを使ってゴリゴリの特別ルールでの対応がどうも引っかかった。Firewalldといえばiptablesの後継として比較的新しいライブラリであり、もっと洗練されたうまいやり方があるはずだと。 そこで色々調べた結果、あったあった。その名もマルチゾーン機能。この機能を使うことにより、かなり柔軟かつ効率的に設定できることが分かったので今回調べたことを共有したい。 環境 CentOS 8 firew

#1. はじめに コンピュータ上で化合物の活性や物性を予測することは従来より行われてきたが、特に近年、蓄積データの増大や、Deep Learning技術の発展もあり、AI創薬というキーワードを耳にするようになってきた。 そこで今回、新型コロナウィルス(SARS-CoV-2)の治療薬の予測に関する "Computational Models Identify Several FDA Approved or Experimental Drugs as Putative Agents Against SARS-CoV-2"　という論文の内容を自分で試してみることで、AI創薬を**「無料で」**疑似体験してみたので共有したい。 この論文を選んだのは、以下3つの理由による。 公共データを利用しており、解析手順、プログラムがgithubで公開されているため、再現しやすい。 従来型の解析手法（フィンガー

概要 Google翻訳APIをPythonで実行するでは、四苦八苦しながらも、Google翻訳APIにより、テキストファイルに書かれた英文を日本語に翻訳するPythonスクリプトを書いた。 元々の動機は論文の翻訳する際に、ちまちまGoogle翻訳にコピペするのが面倒くさいということであった。 そこで今回は、Pythonスクリプトを拡張し、PDFの論文を一気に翻訳するようにしたので共有したい。 そもそもなんで日本語に翻訳して論文を読むの？ もちろん、細かい内容は原文を精読する必要がある。そりゃそうだ。 日本語で読む理由はなんといっても、論文の内容を俯瞰的に把握できるということに尽きる。 俯瞰的に把握できることで、以下のメリットがある。 俯瞰的に把握した上で原文を読むことになるため、より早く理解することができる。 俯瞰的に把握できるため、原文を読む前に、自分にとって読む必要がある論文かどうかか

概要 論文を翻訳して読むのに、ブラウザ上でちまちまGoogle翻訳にコピペしていたのだが、いい加減面倒になった。そこでテキストファイルに書かれた英文を読みとり、翻訳結果を出力するPythonスクリプトを書いてみようと思った。 翻訳はGoogleAPIを使おうと思って事例を調べた所、Google翻訳APIを無料で作る方法という記事があったので、試してみた時のメモ 元記事からのAPI変更点 元記事はGetでAPIを叩いていたが、大量の文章を投げる場合の文字列制限が気になったので、以下の通りPostでもアクセスできるようにした。 function doGet(e) { return doPost(e); } function doPost(e) { // リクエストパラメータを取得する var p = e.parameter; // LanguageAppクラスを用いて翻訳を実行 var tra

はじめに 掲題のことが発生したので備忘録 環境 Windows 10 Anaconda 問題と対応 Anaconda環境でモジュールをpipでインストールした時に以下エラーが発生。権限の問題？ pip install pyswams Could not install packages due to an EnvironmentError: [WinError 5] アクセスが拒否されました。: 'C:\\Users\\XXX\\AppData\\Local\\Temp\\pip-uninstall-ywopbx45\\users\\XXX\\appdata\\local\\conda\\conda\\envs\\chemsyo\\lib\\site-packages\\scipy\\integrate\\lsoda.cp36-win_amd64.pyd' Consider using t