:runtimepath=~/.vim/,~/vimfiles,C:\app\Vim/vimfiles,C:\app\Vim,C:\app\Vim/vimfiles/after,~/vimfiles/after vimやWindows以外の大半のシステムにおいて~(チルダ)はホームディレクトリを指します。 これはWindows7ならC:\Users\user_name ,Linuxなら/home/user_nameを指しているかと思います。 ここから分かるように設定ファイルはホームディレクトリを基準に配置するのが良いといえるでしょう。 検索されるファイルとディレクトリは以下の通りです。 filetype.vim ファイル名によるfiletypeの決定 scripts.vim ファイルの内容によるfiletypeの決定 autoload/ 自動的に読み込まれるスクリプト colors/ カラ